民進黨第九屆第二次「臨全會」上發生的「新主流聯盟」與「福利國連線」之間的派系權力鬥爭，繼續延燒，昨日又有新進展。謝長廷為了鞏固「秘書長得兼任案」被推翻的「戰果」，放話聲稱陳水扁不支持在七月「十全會」上對「秘書長得兼任案」進行「翻案」，並要求陳水扁提前在五月二十日就任「總統」兩周年之日起兼任黨主席；「總統府」則放話「尊重謝主席的任期」，而堅持按常規在八月一日才進行新舊主席交接；陳水扁迫於黨內反對派的反彈，作出了適當讓步，聲稱為尊重「國會自立」，將不會設所謂「國會副主席」，只會取其代表性，但又以「堤內損失堤外補」的手法，在中執會中強力運作，通過了「《民主進步黨中央黨部組織規程》修正案」，規定國際事務部等五個一級部的主任得由「立委」兼任，而這項內容原本就是郭正亮等「正義連線立委」向「臨全會」提出的「秘書長得兼任案」的其中一項內容。昨日中午，陳水扁與謝長廷兩人為新舊主席交接日期等問題交談了一個多小時，雙方都有所堅持，也都有所退讓，於是在下午舉行的第九屆第十二次中央執行委員會會議上，就有了前述的種種決定。

實際上，正如本欄前日所述，「秘書長得兼任案」被否決後，屬於陳水扁「子弟兵」的「正義連線立委」，隨即醞釀在於七月中旬舉行的該黨第十屆第一次全國黨員代表大會上，對該案進行翻案，並計劃屆時在黨內挾陳水扁的聲望進行強力動員，力圖為該案護盤過關。隨後，才按照慣例於八月一日舉行新舊主席交接儀式，並由新任主席陳水扁委任三名副主席及指定具有「不分區立委」身份的「新潮流系」大老洪奇昌出任秘書長。但是，謝長廷卻以「中央黨部」名義，「懇切要求」陳水扁提前於五月二十日接任黨主席。表面上看，是謝長廷寧願提前兩個月讓出主席「寶座」，風格甚高，但實際上卻是設下一個陷阱讓陳水扁去踏踩：如果陳水扁在此時接任，就必須同時宣佈委任洪奇昌出任秘書長。而受「秘書長必須專任」規定影響，洪奇昌就必須辭去「立委」職務，等於是砍掉洪奇昌一雙手臂。更重要的是，洪奇昌的秘書長功能遭嚴重弱化，而兼任主席的陳水扁又不可能將太多時間放在中央黨部的具體事務方面，這就製造機會讓有可能會出任黨務副主席的謝長廷，可繼續操控民進黨的黨務，使其在黨務方面的實質權力與「黨務改造」之前並沒有多大改變。因此，謝長廷、蘇貞昌等「福利國連線」大老，都放話要求陳水扁提前接任黨主席，謝長廷昨午與陳水扁會面時也當面提出這一建議。陳水扁則明確答覆，為了尊重體制和謝主席的任期，將在謝長廷的任期屆滿時才予接任〔按：謝長廷與林義雄的新舊主席交接儀式是二零零零年八月一日在台北市晶華酒店舉行〕。陳水扁的密底算盤可能是，如果拖到七月「十全會」通過「秘書長得兼任案」後才委任洪奇昌出任秘書長，洪奇昌就無須辭去「立委」職務。

「正義連線立委」郭正亮等二十二人在「臨全會」上提出的「秘書長得兼任案」，其內容也包括了在「黨章」第二十條中增列「一級主管得由立委兼任」。由於該案是以「捲包袱」式表決，故「一級主管得由立委兼任」也連同「秘書長得兼任」一道被否決。但在陳水扁昨午與謝長廷會商後，本來就對「一級主管得由立委兼任」並不持反對態度的謝長廷，就在主持中執委會議時，以該項內容只須由中執會通過修正「中央黨部組織規程」即可為由，主持通過了「中央黨部組織規程修正案」，決定增設族群事務部，並將國際事務部、社會發展部、婦女發展部、中國事務部、族群事務部等五個一級部門的主任改列為得由「立委」兼任，加上原先主任已由「立委」兼任的政策會〔沈富雄〕，共有六個一級部門的主任得由「立委」兼任。至於文化宣傳部、組織推廣部、民意調查中心的主任，則因其業務牽涉到民進黨黨內初選提名制度作業，將繼續維持專職制度。

目前，社會發展部主任李文英、婦女發展部主任何碧珍、國際事務部主任陳建仲〔上周才由中執會決定任命，填補已離職的田欣之空缺〕、中國事務部主任顏建發、青年發展部主任阮昭雄等，都不具「立委」身份。「得兼任案」通過後，他們既有可能會繼續得到留任，也可能會被「立委」所取代。如是採用後一方式，中國事務部的主任有可能會是由屬於「新潮流系」的林濁水取代。這是因為：一、中國事務部向來是由「新潮流系」「嚴防死守」的部門，不願落在其他派系的手中；二、林濁水長期以來對兩岸關係問題有較深的研究，去年還曾一度有他將會接任「陸委會」主委的傳說。但是，由於他又是「台獨理論大師」，故如由他接任「陸委會」主委，就勢必會引發對岸及台灣「泛藍軍」的疑慮和反彈。不過，林濁水可能是對能夠出任「陸委會」主委抱有較高的意願期待，故在「政黨輪替」後所撰寫的評論文章，已改採「新中間路線」態度。

實際上，《認識民進黨》一書就指出，林濁水是民進黨內最著名的「台獨理論大師」，同時也是「新潮流系」的大將。他對關於「台灣獨立」的前途，一向有獨到的見解，在兩岸關係緊張的時刻，他總是能夠准確看到台灣未來發展的方向。「台灣獨立」對他而言，不是任務，而是使命與天職。但是，林濁水卻不是一個「台獨」的基本教義派，他了解台灣政治環境的現實和限制，因此他著力於文章論述，以及「台獨」理論的基本准備工作，希望透過滴水石穿的作用，能讓一般民眾認識「台獨」的意義。稱林濁水為謀士，不因為他在黨內派系鬥爭中扮演的角色，而是他在兩岸關係思考中所具有的能動性。