陳水扁的「綠化工程」，正在緊鑼密鼓進行。繼對「國營企業」進行「全面綠化」之後，現正運用手中掌握的行政權利，要對各可受操控的「智庫」和工商團體展開「綠化工程」。不過，由於學術界自主性較強，「工程」進展遇到了一些障礙。比如，陳水扁原計劃在今年二月「內閣」改組後，指派已卸任「經建會」主委的陳博志去出任「中華經濟研究院」〔下簡稱「中經院」〕的院長，以換掉高擎「藍旗」的現任院長麥朝成。但陳博志卻「捨大取小」，寧願去出任新成立不久，以年輕新生、無知名度學者組成，被外界視為「陳水扁智囊團」的「台灣智庫」的董事長，而不願做對不起其恩師、已故的「中經院」前董事長費景漢的事。

在台灣地區的「智庫群」中，有「三大財經智庫」之說。其中的「台灣綜合研究院」〔下簡稱「台綜院」〕，因是由李登輝任榮譽董事長〔劉泰英任院長〕，且院內也招納了不少「本土意識」濃厚、意識形態偏向台聯黨的學者，早已是「綠旗飄揚」；而「台灣經濟研究院」〔下簡稱「台經院」〕，因其院長吳榮義在「政黨輪替」後與陳水扁保持友善關係，也同樣是「綠旗招展」。唯有「中經院」仍是「藍旗不倒」。這不但是因為麥朝成本人與中國國民黨的歷史淵源頗為深厚，也因為「中經院」內的專家學者，大多是外省人，「反獨」立場頗為鮮明，而且是最早從學術理論的角度，鼓吹兩岸經貿合作及「三通」的。在「總統」大選期間，「中經院」幾乎成了連戰的「財經智庫」，並為連戰草擬了經濟政綱。在「政黨輪替」後，「中經院」曾多次發表政見，批評「扁政府」的財經政策。而院長「備胎人選」于宗先，在「經發會」期間是親民黨推荐的學者代表。因此，陳水扁早就想拔掉「中經院」高擎的「藍旗」，換插上「綠旗」。這除了是要拔掉這枚「眼中釘」之外，也是要「全面綠化」「三大財經智庫」，一統財經研究領域的「天下」。

「中華經濟研究院」是一九八一年台灣當局為因應美國與其「斷交」，確保台灣經濟永續發展，而出資十億元〔「新台幣」，下同〕成立的。「中經院」以學術研究為主軸，參與「國家」重大經濟議題研究，近年亦跨足「政府」機關委託研究計劃。有關中國大陸經濟情勢的理論與實務研究為台灣地區之翹楚，擁有豐富的中國大陸財經資料。研究員多為博士學位以上，素質整齊。一九八二年八月，「中經院」與台灣大學簽訂長期學術合作合約；一九八四年七月初，台灣大學經濟研究館建成，「中經院」於七月二十一日遷入，並以其為該院院址。「中經院」的院長是麥朝成，副院長是巫和懋。

「中經院」除在創院時始設三個研究所外，還先後成立了三個研究中心。這三個研究所分別是進行中國大陸經濟研究的「大陸經濟研究所」，所長為田君美〔女〕；進行國際經濟研究的「國際經濟研究所」，所長為杜巧霞〔女〕；及進行台灣經濟研究的「台灣經濟研究所」，所長為王健全。而三個研究中心則分別是：進行與能源及環境有關的研究的「能源與環境研究中心」，主任為王京明；進行計量模型的建立及應用研究、經濟預測及資料彙整的「經濟展望中心」，主任為王儷容〔女〕；舉辦各種推廣教育課程及學術活動，服務產業界及社會大眾的「財經策略中心」，代主任為承立平。

另外，「中經院」還由院長視業務需要核定，或為特定的研究課題，以任務編組的方式，由院內有共同興趣的研究人員組成的小組或研究中心，現有「中小企業研究中心」、「東南亞研究中心」、「交通運輸產業研究中心」、「科技與知識經濟研究中心」。「中經院」出版的經濟研究專著及座談會論文集甚豐，並出版《經濟前瞻周刊》。

「台灣經濟研究院」的前身是「財團法人台灣經濟研究基金會」下設立的「台灣經濟研究所」，一九七六年九月一日由辜振甫捐資六千萬元創辦，是台灣地區最早民間設立的獨立學術研究機構。「台經院」成立的宗旨，是積極從事島內、外經濟及產業經濟的研究，並將研究成果提供「政府」、企業及學術界參考，以促進台灣地區經濟發展。為與「中經院」作出區隔，「台經院」設有「產業發展諮詢委員會」，作為民間參與「政府」經濟決策的管道。另外，「台經院」亦負責「太平洋盆地經濟理事會中華民國總會〔PBEC〕」、「太平洋經濟合作理事會〔PECC〕」、「APEC企業諮詢委員會〔ABAC〕」、「中華台北亞太經濟合作〔CTAPEC〕研究中心」等國際組織的秘書處業務。劉泰英曾於一九八二至一九九三年擔任「台經院」院長。「台經院」現任董事長為辜濂松，院長為吳榮義〔一九九四年起接任〕。

「台經院」的研究領域，包括「國內外一般經濟」、「製造業、中小企業產業」、「科技政策」、「資源經濟、環境經濟」、「能源經濟、運輸、民生產業」、「景氣預測、財務金融」等六個研究所，並出版有《國際經濟情勢周報》、《重要經濟指標卡》、《台灣經濟研究周刊》、《太平洋企業論壇簡訊》、《能源報導》、《鄉土情》、《東南亞投資雙月刊》、《景氣趨勢調查報告》等定期刊物及各種叢書和研究報告等。

「台灣綜合研究院」成立於一九九四年，由李登輝、劉泰英向各大企業及「政府」機構募資一億元創辦。與李登輝關係密切，李登輝執政時期的許多政策多採納自該「智庫」的建言。目前李登輝任該院榮譽董事長，他自「總統」任內退休後的辦公室亦設於此，劉泰英任該院院長。「台綜院」研究人員碩士以上學歷佔人力結構最主要比例，是目前台灣地區研究機構中編制最為完整的研究院之一。

「台綜院」共設四個研究所，其中第一研究所為「企業管理研究所」，第二研究所」為「科技管理研究所」，第三研究所為「政治、社會、文化、兩岸交流研究所」，第四研究所為「究戰略與國際研究所」。出版《台灣綜合展望》、《戰略與國際研究》、《源》、《金融與投資》、《兩岸產業與投資》、《兩岸前瞻研究》、《兩岸精英論壇》、《產業科技交流快訊》等定期刊物。