陳水扁在這次「西非之旅」的過程中，不斷地隔洋拋出「震撼炸彈」。其中的「籌組國安聯盟」這個「震撼炸彈」，可能會「炸」得台灣政局更為混亂，朝野對立更為尖銳；而「海基會已完成階段性任務」這個「震撼炸彈」，則其所產生的「衝擊波」，可能會劇烈衝擊兩岸關係和台海局勢，並使恢復兩岸事務性協商和進行「三通」談判遙遙無期。
關於「籌組國安聯盟」的問題，是陳水扁舊話重提，人們並不感到意外，本欄過去也曾多次議評。而關於「海基會已完成階段性任務」之說，則是陳水扁最新的提法，在台灣工商界和民眾高呼「盡早與對岸進行三通談判」，而「陸委會」又反覆強調「海基會是唯一獲得政府授權與對岸談判的機構」之際，此語使人感到頗為兀突。
有關「海基會已完成階段性任務」之說，陳水扁曾兩次作出宣示。其中第一次是在七月五日，他在非洲對媒體表示，包括海基會、「陸委會」、「國安會」兩岸事務部份等人事佈局，短期內不會有重大變化。不過針對海基會功能問題，「不可能十年來都一成不變」。這與辜振甫董事長的領導及海基會全體員工的表現沒有關係，只是兩岸關係講求互動，在中共調整海協會定位後，海基會階段性的任務已經完成。第二次是在昨日，陳水扁在專機返台途中與隨行記者對談時說，台灣當局准備調整處理大陸事務的組織架構。盡管海基會在過去十年來的存在及所作出的努力具有歷史意義，但十年來兩岸互動的態勢已有明顯改變，處理兩岸關係必須與時俱進。言下之意，是台灣當局日後在與大陸方面進行兩岸談判時，將會脫下海基會這個「白手套」。
陳水扁為何會與「陸委會」的「海基會獲得政府授權的地位，不可取代」宣示，作出截然相反的思考？從各種訊息綜合研判，估計陳水扁此舉，可能是出於以下兩個意圖：
一、反制北京「冷凍」海峽兩會接觸、談判管道的策略，從而企圖趁機將兩岸接觸談判正式提升到「官方對官方」的層次。眾所周知，十一年前台灣當局成立海基會，是在台灣當局開放大陸探親後，兩岸間的往來日趨頻繁，也衍生了許多問題，需要透過兩岸接觸、談判予以解決。但是，當時台灣當局作出的與大陸當局「不接觸、不談判、不妥協」的「三不政策」無法立即拋開，因而就設計成立一個民間機構──海基會，來作為「政府」當局的「白手套」，解決「政府」不能直接出面處理的問題。而在實際上，在上世紀九十年代前半期，海基會與大陸海協會的接觸、談判，確是完成了一些受兩岸政府授權處理的接觸、談判事務。
但在李登輝提出「兩國論」，及陳水扁進而拒絕承認「一中原則」與「九二共識」後，海峽兩會進行談判的基礎已被破壞殆盡，無法再循「兩會談判」模式進行兩岸接觸、談判。但兩岸交往中發生的一些問題，又必須及時予以解決。為了維護兩岸同胞的切身權益，大陸方面就委托台灣一些民間團體，如馮滬祥的「兩岸人民服務中心」等，作為兩岸中介，先後處理了「台商間諜案」、偷渡客遣返大陸等事務性問題。在此基礎上，大陸方面又提出了「由兩岸政府委托民間團體、人士進行三通談判」的建議。對此，「陸委會」卻以「海基會是我方政府唯一授權單位」為由，堅持兩岸接觸、談判仍應依循「海基會ＶＳ海協會」的模式進行，甚至要趁港台航權談判之機，塞進「官方」色彩，提出「官方對官方」談判的要求。當這一要求被香港特區政府理所當然地拒絕之後，又變著戲法，要以「國際航約談判」的慣例，分主、副協議，並須由「民航局長」「背書」。直至在港台航約簽署後，還對外界宣稱協議的名稱已去掉了「商業協議」一詞，及實質上是由以「顧問」名義的「陸委會」、「交通部」官員代表台方談判等。
因此，陳水扁突然提出「海基會的階段任務已經完成」，不排除是他一方面要以此來反制大陸方面「冷凍」海基會，並由民間團體進行兩岸事務以至「三通」談判的主張，並乘機將兩岸談判提升至「官方」甚至是「准國際化」的層次。亦即是企圖在「ＷＴＯ」的架構之下，由大陸和台灣的駐「ＷＴＯ」代表團進行談判，將兩岸事務提升為「國際事務」，以此來與大陸方面的「兩岸三通是一個國家的內部事務」來個針鋒相對。如果大陸方面提出議異，陳水扁就可「振振有詞」：既然有現成的「海峽兩會」管道不用，就唯有循「ＷＴＯ」架構途徑來解決了。如果陳水扁真的是有此構思，當然也不排除是他要以此藉口來遏制大陸當局及台灣工商界催迫進行「三通」的呼籲，以紓緩他目前所面臨的「三通談判」壓力。
二、陳水扁要擱置海基會談判功能，也不排除是他要藉此來迫使大陸方面接受他的「兩岸執政黨接觸、談判」的主張。實際上，在五月十日的「大膽講話」中，陳水扁已經提出了「兩岸執政黨接觸、談判」的主張，並表示在他兼任民進黨主席之後，將會派遣民進黨中國事務部主任到大陸訪問。可能是陳水扁認為，政黨並非是政權實體，民進黨也就無須對「一中憲法」負責；而由兩岸執政黨來進行接觸、談判，也就可使民進黨得以迴避對「一中」原則表態。而要促成「兩岸執政黨接觸、談判」，當然就需為此主張創造正當性理由。因此，如果海基會被「廢掉武功」，陳水扁就可接過大陸方面曾經提出過的「兩岸黨對黨平等談判」的主張，扯起大旗作虎皮，「師出有名」地提出「由兩岸的執政黨進行兩岸談判」的主張。
不過，北京方面已經申明，在民進黨未有廢除「台獨黨綱」之前，中國共產黨和大陸當局將不會與民進黨接觸。因此，他的這個算盤是肯定打不響的。