陳水扁一句「政府准備調整大陸事務的組織架構」，在台灣地區大陸事務系統中「攪得周天寒沏」，海陸兩會人翻馬仰。「陸委會」和海基會人馬紛紛出面澄清，陳水扁並無解散海基會之意，至今為止海基會仍是台灣當局授權與大陸接觸談判的唯一民間機構。

然而，也正因為陳水扁在非洲放話「政府准備調整大陸事務的組織架構」之前，並未向「陸委會」和海基會高層「吹風」，才導致產生對海陸兩會實施「突然襲擊」、使他們「人翻馬仰」的效應。這正從一個側面凸顯了連海陸兩會高層也不知悉陳水扁此番言論的真正用意。既然如此，海陸兩會人員急匆匆作出的「澄清」，就可能並非是陳水扁的真正意圖所在，他們只不過是循著過往十年來海陸兩會的定位及運作習慣軌跡作出的自然反應而已。

但是，在陳水扁談話中，是有著「十年前的兩岸關係和十年後的兩岸互動，已經有了明顯的改變，這是一個鐵的事實，我們不能裝聾作啞，也不能一成不變，以十年前的思維以及海峽兩會所扮演的角色功能，來思考十年後的今天兩岸關係發生質與量的重大變化。所以處理兩岸關係，我們必須要與時俱進，這是一個非常嚴肅的課題」這麼一大段話的。按照陳水扁這段話的內涵，海陸兩會人員按照過去「一成不變」的思維習慣所作出的「澄清」，就可能正是陳水扁要「與時俱進」地加以「改革」的核心內容。

這亦正是「大陸事務組織架構」系統內人員的悲哀。實際上，現時台灣當局的「大陸事務組織架構」的主責人員，大多並非是陳水扁的嫡系子弟，並沒有得到陳水扁「心裡面大陸政策」的「真傳」。在「陸委會」內，陳明通副主委雖然在陳水扁競選「總統」的過程中，為其捉刀起草「競選綱領」──《新世紀、新出路，陳水扁國家藍圖》中的《中國政策白皮書》，但他並非是民進黨員〔即使是在「政黨輪替」後，他出任「陸委會」副主委兩年多了，直到目前還未加入民進黨，最近才聲稱「如有需要，會作考慮」〕，與陳水扁也沒有什麼淵源，而且還是台灣大學三民主義研究所〔現改名為「國家發展研究所」〕的教授。只不過是因為他曾在台大求學時期參加「學運」的背景，思想感情傾向於「反對國民黨威權體制」而拔「刀」相助陳水扁。而蔡英文主委也不是民進黨員〔直到如今仍未入黨〕，相反倒是李登輝執政時代的大陸政策「核心智囊」，據說是李登輝將她介紹給陳水扁的。因此，她只是李登輝「兩國論」的執行者，而並非是陳水扁「新中間路線」的執行者。其實，兩年來也屢有所聞蔡英文與「扁團隊」無法合作的事例，尤其是陳水扁在就職一周月記者會上宣稱可以考慮接受「九二共識」時，她隨即以「陸委會」名義發表聲明，對陳水扁的表態予以「澄清」。因此可以說，「陸委會」主事人的「舊思維」，並未能准確領悟、執行陳水扁「心裡面的大陸政策」。

至於海基會方面，情況也頗為複雜。雖然在「政黨輪替」後，民進黨派去了原中國事務部主任顏萬進任副秘書長，但他在黨內屬於「新潮流系」，並非是陳水扁的嫡系。許惠祐則是李登輝「心裡面大陸政策」的堅定執行者。其餘人員，從董事長辜振甫到下面的中層幹部，大多是「國統綱領」的忠實擁護者，這與陳水扁的「新中間路線」卻又是相左的。這就形成蔡英文、許惠祐與辜振甫及海基會中層人員分別從左和右的方向牽制陳水扁的大陸政策的情況。

陳水扁上台兩年多來，由於出自台灣當局責任的原因，兩岸未能恢復談判，故即使海陸兩會主責人員並非是陳水扁所完全信任的人，也沒有什麼大礙。但在陳水扁發出「大膽講話」，有意與大陸方面進行接觸、談判，以為自己爭取勝選連任「總統」作「加分」之時，海陸兩會或許就將會成為他落實「大膽講話」的障礙。但是，陳水扁又不可能撤銷「陸委會」和海基會，因為這樣做將會引致島內政壇民眾以及大陸方面，以至美國人的疑慮和反彈。因此看來，陳水扁所說的「調整大陸事務組織架構」，並非是要撤銷「陸委會」和海基會，而是要另闢渠道，以兩岸「ＷＴＯ」代表團或民進黨與中國共產黨「黨對黨」的架構模式，來進行兩岸接觸談判，而「陸委會」和海基會則將仍繼續存在，但其功能將會逐漸弱化、虛化，只是承擔一些處理兩岸實際事務的職能。故此，陳水扁在聲稱「政府將調整大陸事務架構」的同時，卻又表示「肯定海基會存在的歷史意義」。

現在最令人擔心的是，陳水扁的「政府將調整大陸事務組織架構」，是「阿扁舞劍，意在國統會」。盡管他在「五•二零講話」中，有「也沒有廢除國統綱領和國統會的問題」，但兩年多來他一直沒有按照規定新聘「國統會」的委員，更沒有召開「國統會」委員會議，使「國統會」名存實廢。另一方面，陳水扁拒絕承認「一中」原則的表現，也是與「國統綱領」有抵觸的。因此可以說，有「國統綱領」和「國統會」存在一日，對陳水扁貫徹其「心裡面的大陸政策」都始終是一道「障礙」。既然如此，就不如藉著「調整大陸事務架構」的煙幕，變著戲法干脆廢除「國統綱領」和「國統會」，代以「國家發展綱領」和「國家發展委員會」。實際上，他在拋出「准備調整大陸事務架構」之時，亦聲稱「願與政黨領袖談修憲」，而目前的「中華民國憲法」的基調是含有「一個中國」元素的，故「調整架構」與「修憲」之間就很可能具有內在的聯繫。