「公投立法」是陳水扁進行「台獨」活動的一個重要手段。盡管在一九九九年他被民進黨正式提名為「總統」候選人之前，為了消除白宮對他「台獨」背景的疑慮，曾親到美國作解釋，許下了「倘當選絕對不會推動公民公決」的諾言，也盡管他在就職典禮上所作的「五•二零講話」中，信誓旦旦地聲稱「不會推動改變台灣現狀的統獨公投」，但他始終沒有忘懷「台獨公投」。從今年初開始，他就暗中策劃推動「台獨公投」，並將自己的嫡系弟子、「正義連線」會長余政憲安插在主管選舉投票事務的「內政部」出任部長，主持「公民投票法案」的創制統籌工作，並指示余政憲，為了避免「打草驚蛇」，可採用「兩階段公投立法」的方式，先行草擬「公投」範圍並不包括變更「國家定位」的「公投法案」，以減低在野政黨的反對力度，待該法案獲「立法院」三讀通過後，再伺機推出「公投」適用內容包括「全國性重大議題」，亦即利用部份不認同中國國民黨理念的台灣民眾，對《中華民國國歌》歌詞中「三民主義，吾黨所宗」的情緒，提出「國號」、「國歌」、「國旗」等也可修改的「公投法案」，由「行政院」提交「立法院」審議。陳水扁生怕已將「全民公決」列入黨綱的台聯黨不了解他「二階段公投立法」的苦心，還特地在與台聯黨「立委」會晤時，透露他推動「公投立法」的策略步驟，希望台聯黨不要有所誤會，而未能高度配合，致使「公投立法」破局。

由此可見，在去年底「立委」選舉，民進黨成為「立法院」第一大黨，台聯黨也拿下了十三個議席之後，陳水扁認為推動「公投立法」的時機已經成熟，就撕毀自己對內對外的政治承諾，迫不及待地運用自己手中的行政權力，積極推動「公投立法」。而余政憲也並沒有令陳水扁失望，很快就主持草擬了「行政院版公投法案」，搶在上會期結束之前透過「行政院」將之遞交「立法院」，而「立法院」程序委員會亦已接納，並決定將之與「蔡公投」蔡同榮提交的「公民投票法」草案，交付「內政暨民族委員會」併案審查。

其實，「公民投票」在台灣並不是一個新鮮議題，它早就被「台獨」份子拿來作為進行「台獨」活動的重要「武器」。實際上，老牌「台獨」份子廖文毅早在一九四七年就在《處理台灣問題意見書》中提及，「台灣的歸屬問題……必須尊重台灣人的意志，應舉行公民投票來決定」。一九九零年，「台灣公民投票基金會」力主兩岸政策、「外交」政策、「總統」選舉方式應全體公民議決。一九九一年十月民進黨「五全會」一次會通過由陳水扁修飾的「台獨黨綱」，其文字表述就是「基於國民主權原理，建立主權獨立自主的台灣共和國暨制訂新憲法，應交由台灣人民以公民投票方式選擇決定」。同年，「公民投票促進會」推動以公民投票議決重要政策，重建「憲政」體制，確保「主權國家」地位，以「台灣」名義申請加入聯合國；「人民制憲聯盟」主張公投制定一部「台灣新憲法」。到一九九三年，各種版本的「公民投票法」紛紛出籠。在一九九四年至一九九六年間，台北縣、台北市在沒有明確法源基礎下，陸續舉辦公共政策層面的「核四公投」〔其中台北市的「核四公投」是由時任市長的陳水扁藉「總統」選舉之機同時進行的〕，而達至最高峰。

至於已提交給「立法院」的「公民投票法」草案，從一九九三年起，共有十多個。其中較有影響的，計有「立委」蔡同榮、林濁水、黃爾璇、郁慕明等人分別草擬的「公民投票法」草案，趙永清提交的「創製複決法」草案，以及「立法院」院會將蔡同榮、林濁水、黃爾璇、郁慕明各自提出的「公民投票法」草案交付「內政及邊政委員會」、「法制委員會」審查，在審查過程中，蔡同榮、高育仁、郁慕明、林濁水、黃爾璇、黃昭輝與蘇嘉全等「立委」經過多次協商，提出了一部「公民投票法協商版」共十七條。這個「協商版」經「內政及邊政」、「法制」兩委員會多次討論後，以「公民投票法協商版」為基礎，對「協商版」作了若干修正之後〔簡稱為「審查會版」〕，由「內政及邊政」、「法制」二委員會提交給「立法院」院會公決，但「立法院」一直未將其交付「三讀」審決〔按﹕國民黨和新黨籍「立委」高育仁、郁慕明等所提「公投法」草案，僅適用於公共政策層面，目的是反制民進黨籍「立委」所提「台獨公投」法案〕。

至於「立委」趙永清所提出的「創製複決法」草案，並未與前述「立委」所提交的「公民投票法」草案共同交付「內政與邊政」、「法制」二委員會審議，反而是與「行政院」所草擬的「創製複決法」草案一齊交付「內政及邊政」、「法制」、「司法」三委員會審議。本來，趙永清的版本只是規範地方性事務的創制、複決，後來在該版本的審查過程中，趙永清又提出了「複議案」，將「全國性事務」也列入其草案的規範的對象內。最近，趙永清又建議採用「兩階段公投」，即現階段不適宜對「國號」、「國旗」、「國歌」等標的進行「公投」，但應在「公投法」中增列「危機處理條款」──當「國家」遭遇緊急危難時，「總統」得邀集各黨派代表協商，經「行政院」提案，呈交「立法院」同意後，交全體國民行使對「統獨公投」的投票權。而在今年初，余政憲接到陳水扁的指令之後，也由「內政部」擬制了「行政院版」的「公民投票法」草案，並已由「行政院」提交「立法院」。

然而，「台獨」勢力企圖以「公民投票」方式改變台灣是中國一部份的分裂行徑，是非法的，無效的。台灣是中國領土的一部份，從來沒有成為一個獨立的國家，根本不存在更改國號而舉行公民投票的問題。「台獨」分裂勢力，沒有任何權力以任何方式改變台灣是中國領土一部份的事實和地位。實際上，從國際法的角度看，國際上關於「公民自決」的原則，只適用於殖民地和「非自治領土」，是為了使這些地區的人民擺脫外來的殖民主義統治和壓迫。而台灣在歷史上雖曾先後被荷蘭、西班牙和日本帝國主義所侵佔，但《開羅宣言》已規定，「日本所竊取於中國的領土，例如滿洲、台灣、澎湖列島等，歸還中國」，這就顯示台灣地區的主權歸屬問題早已解決，並不是所謂的「殖民地」，因而並不能適用「住民自決」的方式。