據台灣媒體報導，陳水扁競選「總統」時提出的《政府再造白皮書》中有關「政府組織再造，建立一個效能型政府」的政綱，正逐步落實。「政府組織再造委員會」提出的方案，是將「中央機關」現時的三十六個部會機關，縮併為二十三個部會。其中與兩岸關係事務有密切關係的，是曾任「台獨聯盟」主席的民進黨籍「立委」蔡同榮曾強力推銷的「裁撤陸委會和僑委會，將其業務歸併進由外交部重組的外務部，分別成為其下屬的中國司和和僑政司」，因為帶有強烈的「台獨」色彩，不符民進黨「台灣前途決議文」的精神，未被接納，算是消除了人們對民進黨當局是否會趁這次「政府再造」之機，在「政府」架構方面進行「台獨」活動的部份憂慮。

不過，這樣的憂慮並不能完全被消除。因為在這一波「政府再造」中，「行政院新聞局」將分為四大塊併入相關部會，其中國內處併入新設的「行政院」本部新聞處，中央通訊社和中央電台也將撥歸這個新聞處管轄；國際處將併到「外交部」，「外交部」為接收及容納「新聞局」國際處及其派駐世界各地的新聞官，將新設文宣資料司和國際傳播司，而「外交部」現時負責新聞發佈及與媒體聯絡的新聞文化司，則仿效「總統府」的模式，改名為公共事務室；廣播電視事業處則分別併入「交通部」和新設的「文化部」，或是有可能會設立的「通信暨傳播委員會」；電影處和出版處則納入新設的「文化部」。如果單就對「新聞局」本部的處置而言，是並不會引發「台獨」疑云的。但由於香港光華新聞文化中心是「新聞局」的派出單位，在體制上亦是「陸委會香港事務局」〔即香港中華旅行社〕的新聞組。因此，如果是將香港光華新聞文化中心的管轄關係跟隨國內處移交給新設的「行政院新聞處」，或是索性移交給「陸委會」，並不存在「台獨」疑慮；但如果是跟隨國際處移交給「外交部」，則就是明顯的分裂國土，將港澳視為「外國領土」的「台獨」作為了。實際上，在港澳先後回歸前，「新聞局」與港澳媒體的聯絡業務，曾長期由國際處主管；但在港澳回歸後，隨著台灣當局將其派駐港澳的機構由「外交部」移交給「陸委會」主管，「新聞局」與港澳媒體的聯絡業務，也轉移給了國內處。希望在香港新聞文化中心的隸屬關係轉移問題上，不要走「回頭路」。

值得注意的是，雖然在海外華僑的強烈關注之下，民進黨當局並沒有討好黨內部分「台獨」分子而裁撤「僑委會」，但卻在黨內「台獨」分子從未提出建議的情況下，計划裁撤「蒙藏委員會」，將對內蒙古和西藏事務的業務移交給「陸委會」，並在「陸委會」之下成立蒙事處和藏事處；而外蒙業務則因台灣當局已與蒙古國互設「代表處」，故而移交給「外交部」。

這是一個實事求是的做法。因為既然內蒙古自治區和西藏自治區是中國大陸的民族自治地方行政區划，故台灣當局將其辦理內蒙、西藏事務業務的職能機構併入「陸委會」，是合理的。但外蒙古已於一九二四年宣佈獨立，「中華民國政府」亦於一九四六年一月五日宣佈承認外蒙古獨立，中華人民共和國成立後亦隨即宣佈承認外蒙古政府並與其建交，蒙古國亦已於一九六一年十月加入了聯合國，故在裁撤了「蒙藏委員會」之後，如亦將其對外蒙古的業務一併轉移到「陸委會」，就並非是實事求是的做法。

較早前台灣當局決定在蒙古設置代表處，內地一些媒體將之批評為「去中國化」，這顯然是陷入了「否定一切」的誤區。實際上，台灣當局進行的一系列旨在脫離中國版圖的活動，如「文化台獨」、採用「通用拼音」、「台灣正名」、在「護照」上加注「台灣」…等，確是貨真價實的「去中國化」圖謀的重要內容。但將外蒙視為一個獨立國家，則是實事求是的做法；而過去長期以來台灣當局印行的「中華民國地圖」是「秋海棠」狀，將外蒙也當作是中國領土，反倒並非是實事求是的。我們應當反對台灣當局的「實務外交」，也不容許台灣當局與蒙古國發展官方關係，但將台灣當局承認蒙古是一個獨立國家，並在蒙古設立非官方代表機構，視為「去中國化」行為，則是混淆概念，很容易被台灣當局以中國政府亦承認蒙古國獨立，並在蒙古國設立大使館為由，來「反將一軍」，甚至是以此來指責大陸方面對其「去中國化」活動進行的批判都是「無理取鬧」，從而使對台灣當局「去中國化」進行批判的實效被抵銷。

儘管台灣當局承認蒙古國已經獨立，及內蒙和西藏已受到北京中央政府的有效管治，因而不再追求外蒙和西藏的「高度自治」，決定裁撤「蒙藏委員會」，這是實事求是的做法，但對於「蒙藏委員會」的被裁撤，筆者仍是感到若有所失。實際上，從國民政府自一九一二年四月開始設置蒙藏事務處，到後來幾經改制，最後於一九二九年一月五日正式成立「蒙藏委員會」，該機構的工作目標都是扶植蒙古各盟及西藏地方的自治，促進民族團結，維護國土完整與主權統一，協助文化及經濟等建設，使蒙藏與內地能均衡發展。是一個促進國家統一，阻遏「蒙獨」和「藏獨」的機構。而「蒙藏委員會」的工作人員，也大多是追求國家統一、反對國土分裂的。近年該會所出版的蒙藏專題研究報告，從《內蒙古烏蘭夫「內人黨」事件始末》到《西藏的巨變──從一九四九年到一九九五年》，從《後鄧小平時期中共治藏之政經政策》到《西藏地區中共的文化事業──從一九五零年到一九九六年》，都是正面評價中共治理內蒙和西藏的巨大成就，否定「文化大革命」的，並有「自鄧小平上台後，力倡改革開放，而西藏也在這改革開放的大氣候中獲得復甦與新生。今日西藏，已遠非昔比」的美言，這是台灣當局諸機構中，難得的獨立思考語言。如今他們卻因「蒙藏委員會」被裁撤而四散，今後也就再難有這麼一個使他們可實事求是地研究蒙藏問題的平台了。