前日舉行的台灣「行政院院會」在審核「兩岸關係條例部分條文修正草案」時，因有與會的部會首長對其中一些條文的內容或是文字表述提出修改意見，故在會後「陸委會」立即按照這些意見進行文字修訂工作，直到當日晚上九時才告完成，使之成為「行政院」向「立法院」提交的正式版本，並通知各媒體前往領取文本。但當時已有部分平面媒體接近截稿時間，故各媒體昨日均無法予以詳盡報導。

這個「草案」是採用「條文對照表」的方式予以表列，即每頁為上下兩欄，上欄是「修正條文」，下欄是「現行條文」，每一個條文都作上下兩欄對比，即使是沒有修訂的條文也是如此。因為「兩岸關係條例」共有九十六個條文，故致使該「草案」文本長達四十四頁，約二萬八千餘字。

被認為是「兩岸關係條例」修訂工作具有指標意義的其第一章第一條第一句「國家統一前」是否被刪去的問題，在「行政院版本」中仍然保留，這使人們鬆了一口氣。然而，在「立法院」審議該「草案」時，「泛綠軍立委」尤其是台聯黨籍「立委」是否會堅持並主導刪去這至關重要的一句，尚有待觀察。實際上，「立法院」於一九九七年初審議「港澳關係條例草案」時，在「行政院」遞交「立法院」的「草案」中，也是像「兩岸關係條例」那樣，其第一章第一條的第一句就是「國家統一前」。但在「立法院」審議過程中，有民進黨籍「立委」以「港澳只是地方行政區域，無須將規范台灣與其關係的法規抬升到兩岸關係的層次」為由，提出「刪去這一句」的建議。結果在付諸表決時獲得通過，故「港澳關係條例」的正式文本的第一條，是並沒有像「兩岸人民關係條例」那樣，有「國家統一前」這麼一句的。如果今次「立法院」在審議「草案」時，「泛綠軍立委」也照板煮碗，提出刪去「國家統一前」並獲得通過的話，就將會對兩岸關係產生極為負面的影響。

另外，「兩岸關係條例」第二條中關於「大陸地區」的定義：「指台灣地區以外之中華民國領土」，「草案」亦予以保留，並未作修改。這也與「國家統一前」仍被保留一樣，顯示「兩岸關係條例」的修訂，在行政系統中並未受到「一邊一國論」的影響，也未受到民進黨「台灣前途決議文」的影響，而是繼續沿用「國統綱領」和「國統會」關於「一個中國」涵義的相關規定。如果這個「定義」與「國家統一前」的表述能夠闖過「立法院」審議這一關，就將會顯示在現實環境之下，「台獨」分子尚不至敢在法律層面進行分裂國土的活動，從而形成「法律台獨」。

「草案」在第四條中，增加了「複委托」內容。即未來兩岸談判，「陸委會」將實行委托海基會及再由海基會複委托民間團體進行的「雙軌制」。但是，台灣當局仍為這個「複委托」設置重重障礙，包括受委托民間團體必須符合以下兩項要件：一、設立時，「政府」捐助財產總額逾二分之一；二、設立目的為處理台灣地區與大陸地區人民往來有關事務，並以「陸委會」為「中央主管機關」或目的事業主管機關。這就不但將馮滬祥、曹原彰的「兩岸人民服務中心」排除在委托和「複委托」名單之外，而且連半官方的「全國航運業公會」也將無法受委托參加兩岸「三通」談判，盡管它一直被看好是兩岸以「民間對民間，團體對團體，公司對公司」方式進行「三通」談判的台方談判單位。這是因為，這個團體的「中央主管機關」是「交通部」，並非是「陸委會」。

另外，「草案」還在第七十九條增設一款，規定受託處理兩岸有關事務或協商簽署協議，如逾越委托范圍，致生損害於「國家安全」或利益等，處行為負責人五年以下有期徒刑、拘役或併科新台幣五十萬元以下罰金。

「草案」第四條增加的第二款，是「行政院大陸委員會」統籌辦理台灣地區與大陸地區訂定協議事項；協議內容具有專門性、技朮性，以該主管機關訂定為宜者，得經「行政院」同意，由其會同「行政院大陸委員會」辦理。「陸委會」或經「行政院」同意的各該主管機關，得委托上述機構或民間團體，以受托人自己的名義，與大陸地區相關機關或經其授權的法人、團體或其他機構協商簽署協議。第四條增訂的第三款則規定，得依所處理事務的性質及需要，逐案委托具有公信力、專業能力及經驗之其他具公益性質之法人，協助處理兩岸人民往來有關之事務；並得委托其代為簽署協議。這條規定，似是為「全國航運業公會」參與「三通」談判鬆了綁。海基會經「陸委會」同意，得複委托其他具公益性質的法人，協助處理台灣地區與大陸地區人民往來有關的事務。

「草案」第四條所增訂的第四款，對受委托或複委托的團體在受托期間，作出了如下的限制：一、派員赴大陸地區或其他地區處理受託事務或相關重要業務，應報請委托機關同意，及接受其指揮，並隨時報告處理情形；因其他事務須派員赴大陸地區者，應先通知委托機關。二、其代表人及處理受托事務的人員，負有與公務員相同的保密義務；離職後，亦同。三、其代表人及處理受託事務的人員，於受託處理事務時，負有與公務員相同的利益迴避義務。四、其代表人及處理受托事務的人員，未經委托機關同意，不得與大陸地區相關機關或經其授權之法人、團體或其他機構協商簽署協議。