中共「十六大」開幕前夕，台灣一家報章報導稱，出席「十六大」的二千一百餘名代表，將組成三十八個代表團，這些代表團，除了是全大陸三十一個省、自治區、直轄市之外，還以中共中央直屬機關、中央國家機關、解放軍、中央企業系統、台灣、中共香港工委、中共澳門工委為單位。
這個「三十八個代表團劃分」的報導，並不准確。據「十六大」新聞中心發出的資料，三十八個代表團的劃分是，三十一個省、自治區、直轄市，中共中央直屬機關、中央國家機關、中央金融系統、中央企業系統、全國台聯、解放軍、武警部隊。而香港和澳門的代表，是按其所在機構的管轄關係，分別參加中央直屬機關，中央國家機關，中央金融系統，解放軍代表團，並沒有單獨的香港工委和澳門工委代表團。實際上，據說澳門中聯辦主任白志健，就是中共中央直屬機關代表團的成員，而該代表團的駐地，是在由全國總工會主管的「職工之家」。
香港工委和澳門工委沒有像台灣報章所說的那樣，單獨組團參加「十六大」，並不等於是沒有這兩個機構。可能一來是這兩個機構是中共中央書記處派出的機構，二來代表人數較少，比台灣省籍代表團即「全國台聯」的九名代表還要少，故而未能單獨組團。實際上，據台灣出版的《中國最高領導班子的左右手》一書所載，中共港澳工作委員會是中共中央的派出機構，代表中央專責港澳地區黨務及其相關工作的協調和領導，簡稱「中共港澳工委」或「港澳工委」。其前身為層級較低，且歷經几度解散的中共香港工委或香港市委。一九五零年初始改稱「港澳工委」。一九七八年後改由中央直接領導。一九九一年九月又決定將「港澳工委」分開為黨中央直接領導的「中共香港工委」和「中共澳門工委」。
《中國最高領導班子的左右手》一書又指出，中共在香港的黨組織的歷史甚為悠久。早在一九二六年即設有中共香港工委，由梁桂華任書記。其後曾多次設置香港市委，隸屬於廣東省委或兩廣省委。至上世紀四十年代末期後稱「香港工委」，曾劃歸中共香港分局領導。一九五零年初重建香港工作專責機構，「中共港澳工委」的機構名稱自此開始；但此一階段其機構的級別仍未見提升。直到一九七八年後情況方才有所轉變。當年四月，國務院港澳辦公室正式成立，港澳工委也改由黨中央直接領導，書記為王匡。依據一九八三年三月國務院辦公廳編印的《國務院各部門的主要任務和職責〔試行稿〕》所載，港澳工委下列工作由國務院港澳辦公室協助中央掌管：一、上層統戰工作；二、工人、學生等基層群眾工作；三、新聞、出版、電影等愛國宣傳文化教育事業；四、黨團工作和幹部工作。上述情況，許家屯在其回憶錄中，也有類似的記載。
一九八三年六月，許家屯以中共中央委員，原江蘇省委第一書記的資歷赴港履新，港澳工委書記一職更深受關注，工委也隨之成為正部級的機構。在中央有關香港問題談判及「香港基本法」起草過程中，港澳工委皆承擔了一定的工作份量。許家屯後來因受「六四事件」所累而去職，一九九零年一月改由周南接替。
《中國最高領導班子的左右手》一書還指出，本部設在香港的港澳工委，下設組織部、宣傳部、統戰部、辦公室、研究室、紀委等部門。另外為了工作需要，於澳門成立分工委，作為港澳工委的派出機構，負責澳門地區相關工作的推動事宜。澳門分工委書記，向來由港澳工委其中一名副書記兼任。
值得一提的是，從上世紀五十年代以後，凡出任港澳工委書記者，必同時兼任新華社香港分社社長職務，對外也以新華社香港分社社長的名義從事各種活動。其次，儘管港澳工委未正式列入中共中央直屬機構，但就一九五零年五月十日中央組織部發佈新修訂的《中共中央管理幹部職務名稱表》觀之，港澳工委書記、副書記、委員及紀委書記，均與中共各中直機構主要負責人劃歸一類。機構的定位已經相當明確。至於未能出現在中直機構的名單之列，或許與其長久以來「半公開，秘密存在」的角色有關。
《中國最高領導班子的左右手》一書又指出，為了加強港澳地區的統戰工作，以確保「九七」和「九九」香港、澳門回歸後各項工作的進行，一九九一年九月六日，中共中央決定提升澳門地區黨務機構的位階，於是「港澳工委」一分為二，分別成立「中共香港工委」和「中共澳門工委」，二者皆直隸黨中央。此一決定於翌年元旦正式付諸實施。新成立的中共香港工委，由周南續任書記，同時兼任新華社香港分社一職，至一九九七年七月始由姜恩柱接任。至於新成立的中共澳門工委，則由郭東坡任書記〔郭原任中共澳門分工委書記〕，並兼任新華社澳門分社社長，王國章任副書記。至一九九八年四月，郭東坡主任由王啟人取代。
另外，由內地中央文獻出版社出版的《中共第十四屆中央委員會中央紀律檢查委員會委員名錄》、《中共第十五屆中央委員會中央紀律檢查委員會委員名錄》，及《中央第一屆至第十五屆中央委員會委員名錄》等書，在「郭東坡」條目之下，都有「一九九零年五月後，任新華社澳門分社社長、中共港澳工委委員、澳門分工委書記、澳門特別行政區基本法起草委員會副主任委員。一九九一年三月當選為全國政協委員。一九九二年二月任中共澳門工委書記」的文字記載。
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