陳水扁前晚終於與李登輝在高雄市同台，為選情正趨危急的謝長廷助選。這不但是扁李二人自「農漁會信用部改革」事件而交惡之後的首度碰頭，而且更是兩人兩個月來的首次會面。不過，盡管兩人在台上同時拉起謝長廷的手高叫「凍蒜」，李登輝還當眾澄清他與陳水扁二人「不合」的傳言，但兩人仍是「貌合神離」，同在台上的時間十分短暫，似是未見過去的熱絡﹔也因兩人是一前一後登台，亦未能按幕僚事前的設計在舞台後方會面，亦即並無任何的私底下互動。

陳水扁與李登輝雖然因為防止謝長廷選情崩盤、導致阿米諾骨牌效應「綠地變藍地」的共同利益而又站在了一起，但總因陳水扁並沒有忠實執行李登輝的「台灣的主張」，在撤銷「戒急用忍」、批准八吋晶圓往大陸投資、方向性地同意兩岸「直航」等議題上，與李登輝大唱「對台戲」，而令李登輝對陳水扁頗多意見，尤其是一個「會失掉政權」的「農漁會信用部改革案」，更令李登輝萌生要讓「聽話聽教」的台聯黨中人來取代陳水扁，以繼承自己衣缽的念頭；而陳水扁則對李登輝老是要做他的「太上皇」，在自己的頭上指手划腳、說三道四，甚至辱罵自己「只懂選舉，不懂治國」，憋了一肚子的火，有意走出李登輝的陰影，「走咱自己的路」。因此可以說，目前只是因為捍衛「泛綠」地方政權的共同利益，掩蓋了兩人的矛盾，而使二人又走到了一起；但在選戰過後，兩人的政治矛盾又將會再次上升。

不過，不排除李登輝今次甘愿與陳水扁同台「挺長」，是帶有「被迫」的成份。這是因為，劉泰英在接受司法機關偵訊的過程中，「爆」出了李登輝涉案甚深的案情，這就使「新瑞都案」的矛頭直指向李登輝。陳水扁完全可以將之當作是手中的緊箍咒，隨時嵌掣李登輝，甚至是將李登輝送進司法機關進行偵訊。在此情況下，李登輝不得不以「同台挺長」的「合作」態度，來換取陳水扁「手下留情」。

李登輝在「同台挺長」的問題上表達了「合作」態度，是否就意味著陳水扁將會「自廢武功」、丟掉掣肘李登輝的緊箍咒，並原諒李登輝的「太上皇」霸道言行，甚至是再與李登輝重度「政治蜜月期」呢？在陳水扁與李登輝兩者之間都懷有阻止「泛藍」勢力「變天覆辟」並走向「台獨」的共同利益的前提之下，這個可能性還是較高的。今後的關鍵，是李登輝不再時時刻刻以「台灣之父」自居去教訓陳水扁這個「台灣之子」，而陳水扁也不能背離李登輝的路線太遠。不過，由於陳水扁有爭取連任壓力，在下任「總統」選舉的關鍵時刻，為了為自己的選情加分，不排除他會再次違背李登輝的「政治囑咐」，而打出「三通牌」。屆時，扁李關係可能又會再度惡化。在經過一番「惡化──緩和──再惡化──再緩和──更惡化」的演變之後，或許李扁二人最終是會分道揚鑣，甚至成為政敵。除非是年已八旬、身患多種痼疾的李登輝提前「蒙主寵召」，這才一了百了。

還有一個因素絕對不能忽視的是，影響扁李關係變化的其中一個重要因素──民進黨內「新潮流系」的態度。台灣政壇中有一個觀點，是認為民進黨內部長期以來一直存在著一股「反李」雜音，其中音量最大的就是「新潮流系」。實際上，「新潮流系」除了是以組織嚴密、紀律嚴明、作風嚴肅，及擅長戰略思考著稱之外，還有一大特點就是有「政治道德潔癖」。在「農漁會信用部改革案」問題上，「新潮流系」把農漁會信用部視為中國國民黨的樁腳金庫，是「黑金共犯結構」的溫床，是破壞基層政治生態的惡性腫瘤，有必要對之進行徹底改革。即使不是為拔掉國民黨的選舉樁腳而著想，也要割掉這個「黑金」惡性腫瘤，兌現陳水扁在競選「總統」時開出的「改革」、「鏟除黑金」支票。

因此，在「新潮流系」的強力推動下，陳水扁果然下定了向農漁會信用部「開刀」的決心。當李登輝聲稱這樣做將會「喪失政權」時，「新潮流系」「立法院」召集人邱太三公開要求陳水扁，在改革的道路上，必須思考「政黨的自主權」和「政策的主導性」。陳水扁受「新潮流系」所力主的「改革」理念所驅動，也針尖對麥芒地高呼「寧愿喪失政權也要進行改革」。「新潮流系立委」當即召開記者會，聲明支持陳水扁的「改革」理念，並批判李登輝是「黑金」的總根子。

正因為「新潮流系」將李登輝視為「黑金」的總根子，而劉泰英的供詞又進一步証實了「新潮流系」的指控，作為有「政治道德潔癖」的「新潮流系」，今後就必然更是會強烈主張陳水扁應與李登輝保持一定的距離。如果「新潮流系」在民進黨內得勢，日後扁李關係就未必會「重返蜜月期」。如果台灣地區的「反李」媒體再在這個「傷口」上加撤幾把「鹽花」，或許更會促成扁李關係徹底鬧翻。

「新潮流系」成了扁李關係的重大障礙，使「台獨」勢力看在眼裡，急在心中。「台獨」報紙《台灣日報》就在「一一•二三農漁自救會大遊行」後，於十一月二十五日發表題為《民進黨新潮流系對李登輝的無理批評，該休矣！》的社論，嚴厲批評「新潮流系」。由此看來，陳水扁的內心應是十分矛盾，在是否與李登輝搞好關係的問題上，將會左右為難、進退失據。