較早前台灣政壇盛傳，謂陳水扁為迎接明年三月的「總統」選戰，將在農曆新年之後對「行政院內閣」動「大手術」，撤換部分政績並不彰顯、未能為「扁團隊」「加分」，或是未能與「扁團隊」「同步」的「閣員」。但農曆新年未到，陳水扁倒是先行對屬於「總統府」管轄的幾個部門的主管進行「大執位」。其中現任「國安會秘書長」的邱義仁將接替陳師孟出任「總統府秘書長」，陳師孟則改任「總統府」有給職資政，並內定出任民進黨「黨校」──凱達格蘭學校校長〔李應元亦已內定出任凱達格蘭學校執行長〕；而現任「國防部」軍政副部長康寧祥，則接替邱義仁升任「國安會秘書長」，現任「國安會諮詢委員」林中斌，則接替康寧祥改任「國防部」軍政副部長。以上人事異動，將從二月一日起生效。
這一人事異動，很明顯是完全為迎接明年三月的「總統」選戰的考量：一、陳師孟雖然是對陳水扁忠心耿耿的追隨者，但他性格過於耿直、傲慢，與朝野「立委」的關係鬧得很僵，身為「總統府秘書長」不但未能為陳水扁充當阻隔「立委」炮火的「擋火牆」，反倒是在闖了禍之後卻要由陳水扁出面為之緩頰。這對未來一年的「府會」關係來說，是一大負數，因此有必要搬掉這塊「石頭」，改由較為沉穩內斂、與朝野「立委」關係都不錯的邱義仁出任「總統府秘書長」，以緩和「總統府」與「立法院」的緊張關係。至於對陳水扁忠心耿耿的陳師孟，則利用他的理論長處，出任民進黨的「黨校」校長，為選戰培養人才。由於凱達格蘭學校只是民進黨下屬的一級部門，並非公共行政機構，而無須接受「立委」的監督及質詢，故對陳師孟這樣的安排也可算是「揚長避短」之舉。何況，「總統府」有給職資政領取的是「院長」級的工資，比「總統府秘書長」領取的「副院長」級工資可說是「加薪」，也不枉陳水扁對他信用一場。
二、邱義仁不但性格沉穩、長於協調，先後出任民進黨秘書長、「行政院」秘書長和「國安會」秘書長，都有出色表現，如今再出任「總統府」秘書長，就使他成為台灣政壇史上連任「四大秘書長」的唯一人，可充分發揮他長於協調的特長，緩和折衷陳水扁與在野勢力的緊張關係，為陳水扁在「總統」選舉中起「加分」作用，而且也因邱義仁是著名的政治戰略專家，長於政治謀略和選舉策略，在明年初的「總統」選舉中，就可充分運用「總統府」的政治和行政資源，為陳水扁的競選總部擔當實質的操盤角色。實際上，邱義仁在二零零零年初的「總統」選舉中，就已出任陳水扁選戰指揮中心的執行總幹事，並有出色的表現。尤其是在宋楚瑜遭遇「興票案」的過程中，邱義仁極力壓下黨內要乘機「發難」的主張，而是靜待中國國民黨陣營起事，從而避過了「意識形態迫害」的先入為主偏見的指責，使民進黨爭取到主動，並使「興票案」對宋楚瑜的傷害性得以擴展到最大。如今，邱義仁在民進黨已經執政、掌握了政治和行政資源的有利條件之下，以「總統府秘書長」的身份再次為陳水扁披掛出征，就可能將會發揮更為重要的作用。
至於康寧祥升任「國安會」秘書長，及林中斌轉任「國防部」軍政副部長，則與選戰並無必然聯繫，但亦有一定的間接關係。不過，卻折射出陳水扁在未來一年多的國際戰略部局中，十分重視與美國的關係，並對借助美國的軍事「保護傘」，抱有較高的期望值。這或許是陳水扁面對中美關係逐步改善，美國總統布殊重申恪守「一個中國」政策，表態「不支持台獨」，而國家主席江澤民亦提出以「導彈後撤」來換取美國停止軍售台灣建議的新形勢，而作出的因應部署。
實際上，與蔣介石、蔣經國、李登輝等歷任前任相比，陳水扁是一個絕對的「親美派」，其對美國的依賴程度高於其任何一位前任。早在他決定參加競選二零零零年「總統」之時，就跑到美國去，以其律師的能言巧辯之舌，消除美國人對他若當選將可能會導致「台灣獨立」的困惑及疑慮。去年八月他在拋出「一邊一國論」後，擔心會引起美國人不滿而棄到遺棄，又在第一時間派出蔡英文到美國去作「解釋」。這對於尚保持了民族自尊心及自信心的蔣氏父子，及親日多於親美的李登輝來說，都是較為罕見的。
林中斌因在美國企業研究所擔任了多年的亞洲部副主任，而與美國官方、軍方和智庫人士稔熟，互動關係較佳。陳水扁上台之後，就曾多次利用林中斌的這一有利條件，派他到美國進行游說和「摸底」，向白宮傳遞了陳水扁的重要信息，也為陳水扁了解到白宮對台海政策的重大及微妙的調整變化。因此可以說，委任林中斌出任「國防部」軍政副部長，固然是要利用林中斌對中國人民解放軍戰略意圖的了解，來加強台灣軍隊的反制能力，但也不排除是也要利用林中斌與白宮及美國軍方、智庫的關係，來加強台灣與美國的軍事合作。尤其是要在美國攻打伊拉克的軍事活動中插上一手，以避防台灣當局在「國際反恐戰」中被邊緣化。這樣，就既可保障台灣當局的「軍事安全」，亦可避免陳水扁在競選連任「總統」的過程中大洋彼岸的「後院起火」。
由於林中斌是外省人的第二代，但因父母曾受到「白色恐怖」迫害而拒絕加入中國國民黨，卻又堅持自己是「中國人」的理念〔他在美國工作多年，卻沒有申請加入美籍〕，故陳水扁起用林中斌出任「國防部」軍政副部長，還可附帶收到以下幾個效果：一、針對過去長期以來是由中國國民黨的大陸籍軍人掌控「國防部」的情況，推出一名無黨派的大陸籍文人出任「國防部」副部長，就可凸顯陳水扁的「改革」形象，並讓林中斌與「國防部」內大陸籍職業軍人「別瞄頭」；二、林中斌雖是無黨派人士，但卻是外省人第二代，且無「台獨」言論，可避免軍隊將士及外省籍民眾反彈，但又因林中斌父母均受「白色恐怖」迫害，而有利於執政民進黨對他的掌控；三、倘若林中斌的表現令陳水扁滿意，而陳水扁又能贏取二零零四年的「總統」選戰，陳水扁就有可能會在當選連任後提升林中斌出任「國防部」首位文人部長，從而鞏固其「改革」的形象。
不過，林中斌為人老實、木訥，而出任「國防部」副部長就必須接受「立委」的質詢，看來他的性格難以適應「立法院」的政治生態，未來很可能會難過「立法院」的「質詢關」。但也不排除朝野「立委」有感於林中斌為人老實，且是一個朝野各派均可接受的人物，而手下留情，在「總質詢」中輕輕放過他。