「陳呂總統競選總部」已鐵定於二零零四年一月十五日正式成立。這不但是比「連宋總統競選總部」成立的時間〔二零零三年十二月七日〕遲了一個月，而且也比四年前的「陳呂選戰指揮中心」的成立〔一九九九年八月三日〕，相對地延後了五個半月。據說，之所以推延的原因，是因為陳水扁要找回他四年前做總部的舊地，因為這是一塊讓他險中當選的「風水寶地」，希望今次也能再次順風順水地將他推送上「總統」寶座。只不過是，四年前這裡仍是一塊空地〔停車場〕，是臨時搭蓋簡易建筑物作為競選總部的，而現在則已興建了商業大廈，剛剛收則，且競選總部內部還需要進行簡單的裝修，施工耽誤了時間，而一拖再拖。由此可見，陳水扁是一個頗為迷信的人，也相信「風水」的那一套。當然，連戰、宋楚瑜與之相比，也不遑多讓，因為「連宋總統競選總部」所在的八德大樓，也曾在一九九六年第九任「總統」選舉時做過「李連總統競選總部」，及二零零二年底台北市長選舉時做過馬英九的競選總部，兩次都是以壓倒性多數勝出，連戰、宋楚瑜二人也希望能承沾這一「好采頭」，奪取第十一任「總統」選舉的勝利。
與四年前相比，「陳呂配」競選總部的組織架構，已大為精簡。當時，是分為七個「群」──組織群、動員群、媒體群、研究群、行政群、候選人事務群及發言人群，還有一個組織龐大的「國家藍圖委員會」，另加一個國際事務部。而今次則縮編為四個「群」──組織群、動員群、文宣暨研究群及候選人事務群，分由李進勇、李應元、吳乃仁、馬永成四位副總幹事任召集人〔總幹事為蘇貞昌〕。取消了「國家藍圖委員會」，將其職能併入文宣暨研究群轄下的政策協調部。
據說，四年前陳水扁之所以設置「國家藍圖委員會」，是考慮到自己是在野人士參選，盡管也曾當過台北市長，任內政績相當不錯，但畢竟地方首長與「國家元首」是兩個不同層次的領導人，大多數選民仍未知他究竟是否具有足夠能力「治國」，而他自己也希望能透過「端出牛肉大菜」，來讓選民們認同他是有心搞改革、拼經濟的候選人，故而專門設立了一個近四百人的「國政幕僚群」，對外名稱為「國家藍圖委員會」，專門負責撰寫競選政綱。這個「委員會」由林嘉誠任主任委員，郭正亮、顏建發任副主任委員，其成員大多是各領域的專家學者。而其組織形態又分為「國家安全白皮書」〔總召集人陳隆志，轄下中國政策組召集人陳明通，國防政策組召集人張旭成，外交政策組召集人陳隆志，成員包括有林濁水、柯承亨、張國城、顏萬進等二十多人〕，「國家體制改造白皮書」〔憲政體制組召集人許宗力，政府再造組召集人黃秀瑞，司法改革組召集人范光群，成員包括有林佳龍、許志雄、周弘憲等三十多人〕，「財政經濟白皮書」〔總召集人林全，總體經濟與金融政策組召集人張清溪，財政政策組召集人陳博志，產業及貿易政策組召集人林向愷，產業組織政策組召集人許松根，農業政策組召集人林國慶，成員包括有李桐豪、蘇煥智、蔡宏進等二十多人〕，「國家建設白皮書」〔總召集人蔡丁貴，科技政策組召集人黃昭淵，公共工程建設組召集人蔡丁貴，生態環境組召集人王塗發，水資源組召集人林意楨，交通組召集人賀陳旦，成員有尤清、邱金棟等六十多人〕，「婦女白皮書」〔召集人劉毓秀，成員包括有尤美女、平路、林芳玫、張小虹、管碧玲等三十餘人〕，「教育文化白皮書」〔總召集人郭生玉，教育政策組召集人郭玉生，文化政策組召集人李敏勇，傳播媒體組召集人馮健三，成員包括有林玉體、曾貴海、謝志偉、郭力昕、劉昌德等二十餘人〕。另外，還有客家政策小組、青年政策小組、原住民政策小組、宗教政策小組、治安政策小組、醫療政策小組、社會福利政策小組等。李遠哲也是該「藍圖委員會」的成員，但他為了表明「行政中立」，而不具名。長庚醫學院校長張昭雄原本也是「醫療白皮書」的撰稿學者之一，但他後來卻轉而出任宋楚瑜的競選搭檔。這個「藍圖委員會」也確實是似模似樣，撰寫出版了六大本「白皮書」，百多萬字，是五組參選人中，唯一有系統、有層次、有深度地撰寫競選綱領的一組。
而現在，則取消了這個龐大的「國政幕僚群」，改而降格為在「文宣暨研究群」轄下的政策協調部〔主任梁文傑〕負責。據說，其原因主要是民進黨已是執政黨，而無須花費那麼大的精力搞一百几十萬字的競選綱領，反正也沒有多少選民能花時間認真地將之全部閱讀完。而梁文傑是黨內「新潮流系」中的新秀，台大政治研究所碩士及英國政經學院國際關係學博士候選人。不到三十歲就已出任民進黨中國事務部副主任，現任黨中央政策委員會副執行長〔執行長為林濁水〕，參與「修憲小組」工作，前段時間民進黨版「公投法案」就是出自他的手下。據耳語傳說，陳水扁頗為欣賞他的才幹，倘若能當選連任，可能會向他委以重任。
到目前為止，「陳呂競選總部」已就位的各部門負責人名單如下：在「組織群」方面，客家部主任彭添富，海外部主任張維嘉，扁友會主任郭文彬，組織部主任張郁仁；在「動員群」方面，宗教部主任趙永清，工商事務部主任高志鵬，青年部〔含網路小組〕主任羅文嘉，婦女部主任葉宜津，勞工部主任賴清德，社團部主任卓榮泰；在「文宣暨研究群」方面，民調部主任陳俊麟，新聞暨媒體公關部主任鄭文燦，文宣部主任鄭運鵬，政策協調部主任梁文傑；在「候選人事務群」方面，文稿小組總召集人劉導，行程小組召集人林得訓。
其中的劉導，也是一匹未來「黑馬」。他也是黨內「新潮流系」成員，曾任黨中央政策委員會副執行長。與蘇貞昌關係甚篤，蘇貞昌當選台北縣長後，將他「挖」去當台北縣政府主任秘書。據傳，陳水扁已許諾，倘能成功連任，將任命蘇貞昌為「行政院長」，屆時劉導就有機會出任「行政院秘書長」。