國際知名刑事鑑識專家李昌鈺前日將「三•一九槍擊案調查報告」，透過台灣當局「駐紐約經濟文化辦事處」轉交台灣檢察總長盧仁發。這份長達一百三十多頁的「未經簽字的最後報告」，台灣當局及其司法機關收到後，未必會全文公佈，但或許將會以適當的方式透露其中的主要內容。不過，由於「立法院」已經通過了「三一九槍擊事件真相特別調查委員會條例」，盡管「行政院」已對其提出了「覆議案」，但由於藍軍在「立法院」仍佔有「脆弱優勢」，估計「真調會」在九月下旬可在綠營拒絕派出代表的情況下宣佈成立。由於「真調會條例」中有由該會接收檢調部門及警方偵查「槍擊案」全部案卷文件的條文規定，故這份「調查報告」必將會由「真調會」接收。藍軍為了政治鬥爭的需要，尤其是要力圖影響將在九月底十月初高等法院就「當選無效之訴」及「選舉無效之訴」作出的判決，很有可能會透過被其認為「適當」的方式，披露這份「調查報告」中被其認為有利於「連宋配」的內容。屆時，「調查報告」中的一些詳盡內容，才會有「見天日」的機會。

不過，李昌鈺在將「調查報告」送交「紐約經文處」時，還是向在場媒體述介了他在「報告」中所作出的結論﹕由於槍枝火藥威力不夠強大，故「三•一九槍擊案」絕對不是一起政治謀殺案。另外，根據射擊出來的子彈紋路研判，子彈應是從同一枝槍枝或由同一槍枝鋼管鋸成兩段改造成兩把槍發射。如今真正破案的關鍵，是找到槍枝及槍管。為此，他希望島內刑事單位繼續查緝私槍，以進行地毯式對比，並建議對台灣所有地下槍枝工廠作全面偵查，及必須對案發當時的熱區，重新全面確認線索，包括確定彈殼的掉落地點。

李昌鈺的這幾點結論，尤其是「排除政治謀殺」這一點，其實今年四月間他到台灣進行實地勘察後臨離台時，也有說過。而其中的一些技術鑑定，也與台灣「警政署」刑事警察局的偵查所得及判斷，沒有多大的出入。因此，可能會令那些將破案的希望寄托在這位「神探」身上的人，大感失望。但其實這是寄望過高，不切實際。實際上，李昌鈺只是一位刑事痕跡鑑定專家而不是刑事偵查人員，而刑事痕跡鑑定專家的主要職責，是對刑事案件中的各種物証及案發現場環境進行鑑定，以供刑事偵查人員作破案參考，或是作為司法機關在審判案件時檢訴方的証據之用。這些鑑定材料，有助於偵查人員判明事件性質，分析有關案情，明確偵查方向，提高破案效率，及為揭露和証實罪犯提供証據。而不是直接參與偵查案件過程中的對案情進行邏輯推理分析，及使用偵查專業手段，以及對犯罪嫌疑人和証人的詢問查証等。如果要求刑事痕跡專家來單獨及承擔「破案」的責任，也就未免是要營養分析師去烹飪佳餚，這份活兒應是廚師的職責。

盡管李昌鈺就「調查報告」內容所透露的主要精神，如台灣刑警局所言，並無多少新意〔不排除其未公開的文件內容中會有「猛料」在內〕，但藍綠兩大陣營都是以「各取所需」的態度，實行「一個報告，各自表述」，將之進行有利於己方的延伸解讀。其中，藍軍針對李昌鈺所說的「槍擊案」並非是政治謀殺一語，指責槍擊案發生時，綠營聲稱是「國親聯盟」作的案，中南部親「綠」地下電台也播報說是中共秘密派遣特工暗殺陳水扁，已被証實全是造謠。而綠營則亦據李昌鈺所言，來反擊藍軍當初「槍擊案是自導自演」之說。

其實，李昌鈺「槍擊案並非政治謀殺」的結論，相對起來應是對藍軍較為有利。這除了是洗涮了所謂「藍軍謀殺」及「中共特工暗殺」的不白之冤之外，更重要的是，排除了「政治謀殺」，卻就把本身是「刑事槍擊」，但背後卻含有政治意圖的「特殊刑事案」凸顯出來了。 實際上，其實就是在綠營內部，「三•一九槍擊案」是含有政治背景的「特殊刑事案」一語，也早就悄悄流傳，但版本卻是有兩個。其中一個是由經常與呂秀蓮聚會的媒體人傳出，謂呂秀蓮根據向她發射的是可以奪命的銅頭子彈，而打在陳水扁身上的卻是不會致命的鉛頭子彈的「區別對待」情況，一直懷疑該案件是綠營內部自己人幹的，甚至還不點名地把「幕後黑手」直指馬永成。──認為馬永成曾與她發生過多次嚴重衝突，很討厭她，必欲除之而後快，因而就利用「總統副總統選舉罷免法」第二十九條「總統候選人之一於登記截止後至選舉投票日前死亡，主管機關應即公告停止選舉，並定期重新選舉」的規定，並無對「副總統」候選人死亡作出任何處置辦法的「灰色地帶」，在台灣中南部找到其少年時的黑道朋友〔連馬永成自己也曾聲稱其少年時是個叛逆「街頭小混混」〕，幹掉呂秀蓮。這就既可使陳水扁能煽動悲情，吸納大量同情票而當選，又能除掉呂秀蓮這根「眼中釘」，實際上是要犧牲呂秀蓮來成全陳水扁。

另一個版本，則是「新潮流系」以外的一些派系骨幹分析認為，此案極有可能是邱義仁策劃的，但並非是親自出手，而是向中南部的「地下賭盤」莊家施以威迫利誘，利用當時「地下賭盤」大多是押注「連宋配」，莊家可能將會輸到傾家蕩產的情況，向莊家們「曉以利害」，來誘／迫使莊家出手。但又不能要陳水扁的命，否則倘陳水扁死了，此案的「翻盤」意圖同樣也是落空。這可從投票前十多天，藍軍發動「嗆聲」活動，陳水扁選情危急時，邱義仁公開表示到投票前夕將會有「特別招數」；及「槍擊案」發生時，邱義仁搶在陳水扁傷情公佈之前發表案情，並不顧自己已經請假出任「陳呂競選總部」總幹事，立即趕回「總統府」啟動「國安機制」，還作出了陰陰咀微笑的表情；而在「三•二０」後，陳水扁卻明顯疏遠邱義仁…等一系列跡象中，找出蛛絲馬跡。──陳水扁並不感激「槍擊案」使他選情「翻盤」，相反還埋怨毫不顧及他的性命──倘若槍手失誤，就算是贏了，他也無命享受「勝利成果」了。

這兩個版本，都指陳水扁事前並不知情，但事後有所了解。正因為如此，陳水扁才屈服於呂秀蓮要成立「特調會」的壓力，及指定她為民進黨中常委；或是將邱義仁從「總統府」秘事長調任「國安會」秘書長，既要繼續使用他，但又明顯地疏遠了他。當然，盡管這兩個版本在民進黨內部都有所流傳，但大家又不敢公開於眾，因為這將會否定陳水扁當選的「正當性」。不過，據說這兩個版本都已傳入藍軍耳中，這也正是國親兩黨要強渡關山，通過「真調會條例」的驅動力之一。