台灣「行政院」端出「陸委會改制案」後，最感頭痛的，應是「陸委會」的幾位正副首長。這不單止是關係到他們的「就業出路」的問題，而且也使他們這些屆時將要實際操作移交業務的主管，必須想出一個如何能使「陸委會」現時所職掌的各項業務，都能「平安降落」於「行政院」內設的「大陸辦公室」之中。因此，「陸委會」主委吳釗燮前日在美國所說的一番他擔心二零零六年一月一日新辦公室成立後，將會出現銜接上的問題的談話，就折射了「陸委會」官員的郁悶及焦慮心情。
值得注意的是，連曾任「總統府」副秘書長的吳釗燮，直到如今都不知道「陸委會」現在的業務，未來是否都由新成立的辦公室來承接。更不知道這個新辦公室如何組成、辦公室的規模、有哪些功能。而「陸委會」副主委劉德勳日前在接受記者訪問時，亦表達了他的疑慮：「陸委會」設有七個業務處，分管企劃、文教、經濟、法政、港澳、聯絡等業務。新辦公室如果不附設相應的二級部門承接這些業務，就將會使這些業務有遭流失之虞。為此，劉德勳建議，新辦公室內部宜設置企劃、文教、經濟、法政、聯絡等職能組別。
值得注意的是，劉德勳所建議的新辦公室所承接的業務及所設置的相應職能組別，是獨遺漏了「港澳」這一攤的。這可能是有感於如果「陸委會」所主掌的港澳業務亦一併移歸「行政院」院本部，台灣當局的派駐港澳機構就必須打出「行政院」的招牌，必定會與特區政府及中共引發政治衝突，甚至是將會被迫撤離港澳。而日來台灣的一些媒體，就曾談及到這一問題。本報《兩岸觀察》專欄上周五也指出，如果台灣當局派駐港澳機構的對內名稱屆時改為「行政院香港事務局」和「行政院澳門事務處」，亦即是以「行政院」的名義外派，這對已經先後回歸並直轄於中央人民政府的香港、澳門兩個特區而言，使用「行政院」的名義，實質上就是在宣揚「兩國論」或「一邊一國論」，就極有可能會使其在港澳地區的繼續留存遭遇很大的政治障礙。
同樣，如台灣當局的駐港澳機構是恢復到過去的隸屬於「外交部」，其所遇到的政治障礙就將會更大。為此，「陸委會」首席副主委邱太三日前就指出，駐港澳機構不會「回歸」「外交部」。
確實，「陸委會」院本部化後，其所掌理的港澳業務撥隸哪個機關的問題，確是一個棘手 的問題，必須妥善解決之。昨日有消息傳出稱，「陸委會」所屬的駐港、澳機構，將根據其功能改隸於新設的「入出國及移民署」。該消息來源稱，由於「入出國及移民署」為未來「內政及國土安全部」下設機關，據此改隸後，台灣當局的駐港澳機構將變成「內政及國土安全部」所屬「入出國及移民署」的派駐單位，亦即駐港澳機構將變成是「內政業務」。該消息來源還表示，這個構想，是出於駐港澳機構多負責大陸新娘的面談工作，而與「移民署」職能相同的原因。
這個把港澳業務及機構「內政業務化」的處置方式，應是屬於實事求是及理智的思考方向。符合「一中」原則，也可避免倘將之改隸「外交部」或直屬「行政院」將可能會引發的政治衡突，有利於港台、澳台關係以至兩岸關係的和緩平穩，及台灣當局的港澳業務的延續及其駐港澳機構的繼續留存。
然而，只是在「戰略」上正確，但在「戰術」上有欠妥之處，仍將會影響「戰略」的順利實施。實際上，這個把駐港澳機構改隸「入出國及移民署」的設計，仍有許多可議之處：
一、業務並非完全對口。按照《行政院大陸委員會香港事務局組織規程》及《行政院大陸委員會澳門事務處組織規程》所示，這兩個機構所掌理的業務，除了確實是屬於未來「入出國及移民署」所職掌的「關於旅行証件服務等事項」之外，還有更多的並不屬於「入出國及移民署」職掌的「關於經貿、投資、學術、文教及社會各界之交流聯繫、資訊服務等事項」，「關於資料蒐集、問題研究、文書認証等事項」。以主掌「移民」及「入出境」事務的機關來主管上述事務，確是有「撈過界」至少是「專業不對口」之嫌。
在這裡，有必要說明的是，其實所謂「負責大陸新娘面談工作」，並非是駐港澳機構的業務，而是由「境管局」本部派員在台北、高雄國際機場執行。月前，台灣當局就發出文宣知會大陸新娘，由於兩個機場的「大陸新娘面談」工作時間，是每日到午夜十二時止，故籲請她們在購買機票時，注意班機抵台時間。由此可知，「面談」並非是在港澳進行。否則，在港澳「面談」之後，她們可在任何時間飛抵台灣，而無須受「午夜後無法面談」的制約。
二、「陸委會」港澳處仍未找到依歸出路。前述消息來源只是提及台灣當局的駐港澳機構的改隸問題，而遺漏了「陸委會」會本部的港澳處。而按《行政院大陸委員會組織條例》規定，港澳處掌理下列事項：一、關於香港與澳門地區政策之研究及規劃事項；二、關於香港與澳門地區有關事務之處理及協調事項；三、關於香港與澳門地區同胞之聯繫及服務事項；四、關於香港與澳門地區事務之其他事項。這些業務，台灣當局不可能是為了「陸委會改制」，而全部將之廢除。倘是以「駐港澳機構改隸入出國及移民署」的方式一併解決，以「移民署」的本職職能，也根本不可能承擔上述業務。
不過，駐港澳機構「內政業務化」的方向，倒是具有啟迪作用：就是倘台灣當局的「陸委會改制」規劃勢在必行的話，「陸委會」港澳處的業務，可考慮將之改隸「內政及國土安全部」掌理。但並非是併入其下屬的「入出國及移民署」，而是另行成立「港澳署」。之所以提升為「署」級機構，一方面是港澳工作業務量繁重；二方面其位階高於「香港事務局」和「澳門事務處」，便於理順關係；三則是在「政黨輪替」前，也曾有過「陸委會」港澳處的規格提升為「署」的考量，現在則趁改制之機，予以實施。反正，未來的「內政及國土安全部」的下設機構，大多是以」署」級機構規格出現。
倘這一設想可行，台灣當局的駐港澳機構，就可分別使用「內政及國土安全部香港事務局」及「內政及國土安全部澳門事務處」的稱謂，相信香港、澳門特區政府及北京當局都可以接受。