由於台北地方法院的三位「小法官」，敢於頂住陳水扁的政治壓力，在堅持繼續審訊「國務機要費」的同時，也裁定了「國務機要費」的案情證據非屬「國家機密」而拒絕交還予陳水扁，使到陳水扁逃脫審訊的企圖破產；也由於當今的「總統」選情一改以往「團結的民進黨迎戰分裂的國民黨」的傳統，變成了「團結的國民黨迎戰分裂的民進黨」，使到民意支持度低於馬英九十多個百分點的謝長廷，並無「必贏」的保證，陳水扁卸任後被追訴的可能性大增。因此，近日又有人藉著「特支費案是歷史共業」的話題，提出了「大赦」的問題，亦即是伴隨著「大赦」將要面對「特支費案」的五千餘名政務官，連帶真正須對「國務機要費案」負刑責的陳水扁夫婦也可得到解脫。

實際上，最早提出「大赦」建議的，是民進黨「官邸派立委」、與吳淑珍情同姊妹的葉宜津。她提出這個建議，既是要為吳淑珍消滅其被起訴狀態，也要是撤銷司法機關對陳水扁的追訴權。後來，由於「特支費案」越演越烈，不但是最早到檢察機關「檢舉」馬英九的民進黨「謝系立委」管碧玲，其夫婿許陽明因「特支費案」而遭到台南地檢署的起訴，應了那句「搬起石頭砸自己的腳」，而且連民進黨「四大天王」中的呂秀蓮、游錫（方方土），及陳水扁的左右膀陳唐山，以至司法機關的總管翁岳生，都成了被告。緊接著，還有一大票政務官，都將因曾支領過「特支費」而成為政治鬥爭的犧牲品。而另一方面，也將給檢察和司法機關帶來沉重的工作壓力，因為如果要對五千多名政務官全面發動偵查程序，全島近千名檢察官，即使放下手頭的治安案件全力投入，也要十多年才能結束，癱瘓整個司法系統。因此，未有遭到起訴的謝長廷，聲稱在他當選並就職「總統」後，將會對「特支費案」及「相關案件」予以「大赦」。這其中的「相關案件」，當然包含了陳水扁夫婦所涉的「國務機要費案」。

深受「特支費案」困擾的馬英九，卻不贊同「大赦」的建議，而是另提出「特赦」。馬英九此議受到相當多的法界人士的支持。

同是一個「赦」字，「大赦」與「特赦」有何不同？雖然說，「大赦」、「特赦」以及「減刑」、「復權」等，都是法定的赦免方針，但在性質及程度上，卻是有著顯著的差異。具體來說，「大赦」是不止免除其「刑」，而且連其有「罪」的判決宣告也隨之無效，連帶仍在偵查中的，已經起訴但未判決，或判決尚未終審定讞者，均告撤銷。受惠者不再留有犯罪紀錄。而「特赦」則是免除受刑人的「餘刑」，但其有「罪」的判決宣告仍然有效，受惠者仍留有犯罪紀錄。而且對於仍在偵查中，或已經起訴但未判決，或判決尚未終審確定者，均不適用。

也就是說，謝長廷的用意是，所有揹負有「特支費」問題的政務官，及案涉「國務機要費」的陳水扁夫婦，不管是否已被起訴、判刑，其「刑」和「罪」都「一風吹」，全部撤銷。就此，不但是五千多名政務官可以免除擔驚受怕，而且陳水扁也可免卻牢獄之苦，並可安享其「卸任總統優惠待遇」。而馬英九的主張，則是「罪」仍在，但「刑期」則可赦免。但即使如此，也只是對已宣判者有效，至於尚未審訊宣判以至尚未起訴者，則無法受惠。

實際上，《中華民國憲法》第四十條「總統之赦免權」規定：「總統依法行使大赦、特赦、減刑及復權之權」。而在「赦免法」中，則對赦免的範圍及其效力作出了較為詳細的規定：第二條「大赦之效力」稱「一、已受罪刑之宣告者，其宣告為無效；二、未受罪刑之宣告者，其追訴權消滅」。第三條「特赦之權力」：「受罪刑宣告之人經特赦者，免除其刑之執行；其情節特殊者，得以其罪刑之宣告為無效」。

在台灣地區的「大赦」、「特赦」這兩種赦免形式中，以「大赦」的效力最為徹底和完全。「特赦」只具有「大赦」的部份效力。「大赦」具有以下兩方面的效力：一、對於已經被定罪判刑的人，法院此前對他的宣判歸於無效；二、對還未被定罪判刑的人，司法機關從此失去對他的犯罪行為進行追訴的權力。具體地說，未經起訴的犯罪在「大赦」後，司法機關對他的刑事追訴權當然消失。而對於已經起訴或裁判已確定的犯罪，經過「大赦」之後，司法機關不能再以同樣的理由加以追訴。相應地，普通「特赦」只是免除刑罰的執行，但不撤銷對犯罪人的判決。

根據台灣地區有關法律的規定，實施「大赦」的程序較為嚴格。「大赦」的議案必須先由「行政院會議」討論通過，再由「行政院」向「立法院」提出，等到「立法院」審議通過後，才能交由「總統」頒佈命令加以施行。而「特赦」的程序則相對較為簡單一些。「總統」本人可以自行提起；「總統」也可給「行政院」下命令，再由「行政院」轉而命令主管部門審議；主管部門也可打報告給「總統」，請求他頒令實施「特赦」。