馬英九當選台灣地區第十二任「總統」，由於屬於「政黨輪替」性質，故「政府交接」問題就十分突出。為此，美國政府予以高度關切，擔心陳水扁會搞甚麼「奧步」花招，破壞政權的平穩交接，從而損害台海平穩、安全，透過各種渠道予以警告「敲打」。陳水扁為了自己卸任後被追究「國務機要費」刑事責任後的「出路」著想，不得不對美國的關切虛以委蛇，滿口承諾，並要有經驗的陳唐山回鍋「總統府」秘書長，以作統籌。但另一方面，「扁政府」卻搶著進行人事佈局，爭取在凍結人事之前為有關官員的機要幕僚「卡」到一個好位置。「總統府」購買大批精密的碎紙機以毀滅各種證據。此種種難看的「吃相」，令人瞠目結舌。為此，藍軍中人已在呼籲 既然日後台灣地區的「總統」已經走上全民直選的軌道，「政黨輪替」也就有可能會成為常態，故而需要做好「政府」交接的法制化建設，制訂相關法律，以保障「政府」交接的順利進行。
然而，歷史往往充滿嘲諷的意味。藍軍今日的批評及建議，竟然是當年綠營同樣的指責和研究的翻版。實際上，陳水扁二零零零年上台之後不久，就在其《世紀首航－－政黨輪替五百天的沉思》一書中指責，二零零零年五月二十日的政權移交只是「良心移交」而非「制度移交」，只是「口頭移交」而非「清冊移交」。「國安會」對若干重要的事情，竟然連一份「會議紀錄」的檔案也沒有。為此，陳水扁認為，台灣應當建立可長可久的制度，否則沒有規範清單，政權移交會有問題。
在陳水扁的指示之下，當時的「行政院研究發展考核委員會」委托中山大學進行「政府交接法制化」的研究，並任命現任「總統府」副秘書長的林佳龍為研究主持人。在協同主持人中，有當時名不經傳，現在卻因口出髒言侮辱馬英九父親，令到謝長廷的民意支持度下跌六個百分點，因而「鼎鼎有名」的政治大學公共行政系助理教授莊國榮。
該研究小組成立後，曾專門前往法國實地考察，並查閱台灣地區及美國、法國、德國、日本與俄羅斯等國家的政府交接的相關作法和法規，還對台灣地區第十任「總統」交接的重要關係人進行訪問，研究結果提出了如下的主要建議事項：
一、制定「總統交接條例」或「政府交接條例」，以利政務之銜接，維繫「國家」安定。
二、編製「交接指南」，提升交接過程之效率。
三、舉辦新任政務人員研習班，俾利盡速熟稔相關政事運作。
四、編印「政務性與機要性職位手冊」，明列「總統府」及「行政院」各部會政務性與機要性人員之職稱、姓名、職務、薪資和任期等資訊。
五、檢討現行政務人員任用、員額及遴派情形，完成「政務人員法」草案立法程序。
六、檢討「公務人員任用法」及其「施行細則」，明文規定各層級機關設置機要人員之數額提或於「政務人員法」規定。
另外，該「研究報告」還指出了一些實際可行的建議：
一、縮短正副「總統」的交接時間。未來自完成選舉投票日（或自「中選會」依法公告當選之日）起，至宣誓就職日為止之正副「總統」的交接期間，可以縮短為三十日左右。
二、盡速建置「檔案法」相關子法及配套措施。檔案的完整移交是促使政權順利移轉的重要因素，故應在依據「國家檔案法」設立「檔案管理局」之後，盡速建置「檔案法」相關子法及配套措施，以利「檔案法」施行。
三、修改現行「公務員服務法」第十四條之一之「旋轉門」條項，建議將之修改為「公務員於其離職後二年內，不得在與其離職前三年之職務直接相關之法人或團體，擔任負有業務主要決策責任人員、業務決策執行人員及顧問，或相當於顧問之職務，但聯誼性社團不在此限。公務員於離職兩年內，不得就與離職前五年內原承辦之業務有直接利益相關之事項，為自己或他人利益，與原任機關接洽或處理相關業務。」
該「研究報告」還建議，在「總統」大選結束至新「總統」就職之間，現任「政府」應當：一、提供正副「總統」當選人必要的安全保護、禮遇，以及進行交接工作所需要的經費、人員、車輛、通訊和辦公設施。
二、成立協助「總統」交接小組，主動協調各級政務、軍事單位配合辦理各項交接工作，包括機構視訪、業務瞭解、資料調閱、人員調用和儀式安排等。
三、各「政府」單位立即依據統一格式準備交接簡報，包括組織執掌重大政策、檔案文件和預算、財產交接以及對既有組織、業務和人事等的檢討和建議。
四、所有機關之涉及「國家」安全或「國家」利益之機密性業務，包括「外交」承諾、軍事採購、情報工作和「國家」財產，除平時即應記錄列管外，亦應於一併進行移交。
五、一定層級以上的人事任命和升遷，以及重大政策、命令、條約和預算之制定、公佈、簽署或執行，均除有必要者外，原則上應立即凍結。
六、現任和新任「總統」應保持定期聯繫，並針對危機預防和危機應變，例如外交、軍事和財經危機隨時交換意見，以利經驗的銜接和傳承。
七、成立「總統」交接監督機構，並負責處理「總統」移交之爭議。
對比之下，陳水扁當局現今的一些荒腔走板做法，恰好是抵觸了「研究報告」中的上述建議。幸而，陳水扁以為民進黨的「江山」永保，今後都難以再發生「政黨輪替」，並不把該「研究報告」當一回事，故而未進行「政府移交」法制化的工作，亦即沒有為此而立法。否則，陳水扁就將會是台灣地區第一個違反「政府移交法」的「總統」。