由於發生了詹啟賢「走人風波」，而「風波」的「風源」據說又是來自候任「行政院長」劉兆玄的用人路線，故為了避免「風波」擴大，及予人「國民黨內訌」等負面觀感，在馬英九充分授權之下，劉兆玄提前宣佈了部分「內閣閣員」名單。

但是，早在九十年代初的「二月政爭」後，李登輝就作出了一個「憲制決定」：「行政院」中的「外交」、「國防」和大陸事務，屬於「國家安全」的範疇，由「總統」親自主導，並由「國家安全會議」作業務統籌。這一規定，陳水扁沿襲了下來，馬英九也不例外。因此，劉兆玄所宣佈的「內閣閣員」名單，是不包括「國防部長」及「陸委會」主委在內的。其中，由於馬英九既是為了將被民進黨傾倒的歷史再顛倒過來，恢復「一個中國」原則和「九二共識」的歷史地位；也是為了落實「國共論壇」的多項共識，維護台海和平，恢復和振興寶島經濟；更是為了盡快拿出政績，以兌現自己的競選承諾，報答台灣選民的支持，因而十分重視新政府的大陸事務政策。加上其恩師錢復「兩岸關係位階高於對外關係」的教益，因此對「陸委會」的人事也就十分看重。而在台灣政壇，也有不少傳言。除了是國民黨內各個「山頭」的放話，及媒體的猜測之外，據日前香港《明報》駐台記者報導，也有即將卸任的「陸委會」主任陳明通主動「放料」。

由於前一段時間，台灣大學教授、「新台灣人基金會」執行長高朗和朱雲漢陪同馬英九到「陸委會」聽取簡報，故許多人都猜測，高朗或朱雲漢將出任「陸委會」主委。但也有一種意見認為，馬英九為了早出政績，盡快使兩岸談判走上正軌，而且也是吸取陳水扁剛上台時找來學者、企業界出任「閣員」，因為他們「新手上路」不熟悉公共行政事務而耽誤政務，以至發生了「誤闖叢林的小白兔」糗事的教訓，而決定盡量避免邀請學者出任應是屬於「行動派」的閣員，而是讓他們擔任幕僚智襄的角色。閣員傾向於重尋國民黨執政時的舊閣員中的中壯代，以便一上手就可輕車熟路，盡早進入角色。因此，高朗很有可能是出任「國安會」副秘書長，以輔助已內定為秘書長的蘇起。

倘若這一分析是符合馬英九的想法的話，曾在「陸委會」中出任副主委以上職務的國民黨人，而現在的年齡尚可算是「中壯」的，有高孔廉、鄭安國、鄧振中等人。鄧振中的專業是在國際貿易，而兩岸經貿關係與國際貿易關係的性質有所區別，故鄧振中的最佳安排，應不是「陸委會」，而是派駐「WTO」或是繼續駐美。現在看來，高孔廉和鄭安國的機會不弱。其中，高孔廉也曾與蕭萬長共事過，而且也是國民黨智庫成員，與連戰親近。而鄭安國則曾在馬英九任台北市長時，獲邀請出任台北市政府顧問兼市長辦公室主任，為馬英九提供了優質的後勤服務。但在「特支費案」被起訴後，鄭安國自責監管不善，辭去市長辦公室職務，惟仍任市政府顧問。郝龍斌當選台北市長後，仍續任市政府顧問。本來，以馬英九對鄭安國的信任及依賴程度，再加上一九九二年海峽兩會在香港商討兩岸公証書使用問題而形成「九二共識」的過程中，時任「陸委會」企劃處長的鄭安國就是海基會的幕後指揮，故對「九二共識」的內容及形成過程瞭如指掌。也正因為如此，後來當陳水扁否定「九二共識」時，他就與發明了「九二共識」一詞的蘇起合作，主編了《「一個中國，各自表述」共識的史實》一書，以大量的事實及鮮明的觀點，反駁陳水扁。前一段時間馬英九在會見陳水扁，再次就「九二共識」進行辯論時，馬英九說要送陳水扁幾本書，就包括了這本強烈主張「九二共識」的著作。而現在，在鄭安國任「陸委會」副主委時是「陸委會」主委的蘇起，已內定為「國安會」秘書長，兩人是否再次合作共事，當然更是為了忠實執行馬英九的大陸政策，鄭安國是否會被安排為「陸委會」主委？值得觀察。但鄭安國不是沒有「罩門」，他在處理馬英九的「特支費」時督導不周，導致馬英九被起訴，似是影響馬英九最後是否決定起用他的陰影。

曾在「國共論壇」中，多次跟隨江丙坤出入大陸的國民政策會副執行長、大陸事務部主任張榮恭，出任海基會副董事長兼秘書長的機會很高。而以國民黨以往將法律專家擺在談判第一線的老傳統衡量，學法律的張榮恭似是「對口」適用。不過，在馬英九當家之下，當年兩會談判「針鋒相對，咬文嚼字」的模式，似是應當過去，避免爭論、求同存異，應是主流模式。倘此，溫文爾雅的張榮恭，更應是首選。而按規例，他還應兼任「陸委會」副主委。

「陸委會」現任經濟處長傅棟成，原是蕭萬長從「經濟部長」任上調任「陸委會」主委時，從「經濟部」帶到「陸委會」的，許多體現蕭萬長大陸政策思維的「陸委會」文件，都是出自傅棟成的手筆。即使是在民進黨執政時代，有關修改「兩岸關係條例」的草案，「小三通」等的文案，都是由他主稿。本來，當時就有要提升他為副主委的安排，但遭他婉拒。現在，國民黨「光復」台灣政權，老上司蕭萬長又當選為「副總統」，倘再次安排他出任副主委，看來這次他將不會拒絕了。

現任「陸委會」企劃處長的張良任，與馬英九私交甚篤，馬英九撰寫《從新海洋法論釣魚台列嶼與東海劃界問題》一書時，當時在「新聞局」駐美機構任職的張良任，就應馬英九要求為其搜集了大量資料。故馬英九在該書的「自序」中，就專門鳴謝了「張良任兄出力最多」。而張良任因曾任海基會副秘書長和香港中華旅行社總經理的關係，是十三職等，比處長的十二職等高一個職等，也只比副主委的十四職等相差一個職等。如被提拔，不會有「坐直升機」的感覺。當然，由於他在「九七」前成功地主持了台港航運談判，對「擱置爭議，爭取雙贏」有較深的體會，是否將會再到海基會主持兩會談判？也是值得注意。

「陸委會」現任副主委劉德勛，由於業務嫻熟，表現突出，也由於他不是民進黨人，獲得留任的機會較高。曾在「陸委會」特任副主委任內，與當時的主委蘇起合作愉快的林中斌。陳水扁綠朝的「陸委會」主委蔡英文，則視他為「陸委會」鎮會之寶。馬英九嬴後，他也曾被台灣媒體「報派」會出任「陸委會」主委。而林中斌則謙稱自己「年齡大了」。年齡對林中斌來說，確是一道「坎」，主持繁重的行政工作似是不適。但倘蘇起仍需倚重他的話，邀他到「國安會」任其副手，專做幕僚研究工作，則是「各適其式」。何況，林中斌也曾出任過「國安會」諮詢委員，熟頭熟路。