在「陸委會」主委人選塵埃落定之後，按馬英九說法，以唯一代表馬英九新政權與對岸談判的海基會，除已宣佈董事長為江丙坤之外，其餘人事也應早日排定，以便在新政府就職後即可走上正軌，與對岸海協進行接觸談判。為此，江丙坤前日中午與台灣平面媒體餐敘時主動表示，希望「行政院」新團隊能在五月二十一日第一次「行政院」院會核定海基會董事長人事案，責成「陸委會」通知海基會召開董事會，進行董事長改選。他還指出，如果七月四日包機支票不想跳票，根據慣例，必須在一個月內完成協商。換句話說，最晚六月初就得針對周末包機簽訂協議，他希望海基會最晚能在五月下旬召開董事會改選董事長，新任董事長與海基會主要幹部到位後，各項協商才能順利展開。

確實，要能兌現馬英九開出的七月四日實現周末包機和大陸居民赴台旅遊兩張「支票」，海基會主要幹部的「就位」，十分重要。這是因為，這兩項協議的簽署，已具備了很好的技術條件：一、在台灣方面，實施這兩個項目 ，無須修法，只須由行政機關修改行政命令。亦即無須經過「立法院」審議修改「兩岸關係條例」，這就可避免經過一系列的立法程序。－－盡管「立法院」已掌握在國民黨的手中，而國民黨籍「立委」大多又是積極發展兩岸關係的鼓吹者，但畢竟「修法」需要一套複雜的程序，而且「立法院」的本會期五月底就告結束，時間上已經來不及；而行政機關修改命令，包括頒佈經過修改的「兩岸關係條例」的各項相關子法規，由各相關行政部門會同「陸委會」研究擬訂即可，較為方便容易。

二、經過多時兩岸以「澳門模式」進行磋商，其實周末包機和大陸居民赴台旅遊，早已經談妥，只待一簽。至於仍未能正式簽署協議的原因，據說是卡在「政治」問題上，亦即是民進黨當局不承認「九二共識」，因而拒絕接受協議文本中的某些「政治」字眼。而馬英九新政權是承認「九二共識」的，故相信不會介意協議文本中的某些「政治」字眼。或許，北京出於對承認「九二共識」的馬英九新政權的信任，及為了盡快促成兩岸談判出成果，並進一步引發出兩會談判向縱深發展的「既成事實」，北京在確信馬英九新政權不會違背「九二共識」之下，按照胡錦濤的「建立互信，擱置爭議，求同存異，共創雙贏」十六字方針，干脆以這個項目只是事務性及經濟性議題為由，拿掉「政治」性字眼，為該兩項協議能順利簽署大開綠燈。

因此，應了一句老話：「政治路線確定之後，幹部就是決定的因素」。盡早確定海基會的主管人員名單，才能與對岸恢復兩會會談並簽署協議。對岸由於是中共執政的政治態勢不變，除了海協會長汪道涵已逝世之外，海協其他主要負責人無須變更，只須隨時召開理事會議，補選陳雲林為會長即可。但台灣方面則較為複雜，由於「政黨輪替」，馬英九新政權必須對海基會換上自己的人，故就要進行一系列的人事調整。而這些人事調整一日未完成，就不能與對岸海協恢復會談。因此，正如江丙坤所言，「五•二零」馬英九正式就職之後，就須核定海基會的人事案。

海基會的人事案，大概可分為如下幾個層次：一、正副董事長。其中一名副董長兼秘書長，而這位秘書長同時又可能是另兼「陸委會」副主委。這是操之於執政黨手中的人事權力。但是，在形式上和程序上，必須經由海基會董監事聯席會議選舉產生。當然，事先須經「行政院」院會核定。馬英九「五•二零」就職日是星期二，現成慣例「行政院」院會是星期三舉行，故江丙坤才有希望能在五月二十一日核定他的人事案之說。但近日國民黨方面傳出，為了方便黨政協調，「行政院」院會可能會改為周四舉行，以便於與周三舉行的國民黨中常會錯開。倘此屬實，「行政院」院會核定江丙坤人事案，最快也得五月二十二日。至於海基會董監事會議，由於按《財團法人海峽交流基金會捐助暨組織章程》規定，董事會每三個月召開會議一次，如果會期不湊合，就須召開臨時董監事聯席會議，議程只有一項，就是選舉正副董事長。只有履行這一道程序之後，江丙坤才能走馬上任，海峽兩會會談也才能進行。

二、董監事。按上述海基會章程規定，海基會的多數董監事由捐助人（企業主）及各政黨代表擔任，這部份不受「政黨輪替」影響，故無須作大的調整。但由於正副董事長必須是董事，故原由民進黨舊政權提名的正副董長的董事職位，就必然要由馬英九新政權提名的正副董事長取代替補，這也是需要在臨時董監事聯席會議上一併補選的。另有一部份董監事，是「行政院」相關部會的首長兼任，這部份可能會受「政黨輪替」的影響，也須進行改選。

三、副秘書長和各處處長。這些人事案只須由董事長決定即可（當然需「陸委會」認可），程序較為簡單。但正如江丙坤所言，處長級的人事已經滿檔，已無運作的空間。盡管部份職位是在「總統」選前突擊安排，其中不少是綠營中人，但也不可能在短期內調換。至於副秘書長，則須因應談判需要，換上執政黨可以信賴的人。