馬蕭辦公室公佈直屬「總統府」的「總統府」副秘書長、發言人及「國家安全會議」的人事名單後，尚有在業務上由「國安會」指導的「國家安全局」局長、「國防局」軍事情報局局長、「法務部」調查局局長，及「海巡署長」等職務，未見宣佈。但據稱「國安會」侯任秘書長蘇起向馬英九建議，情治首長「暫時以安定為主」，故估計馬英九為了穩定國安系統，將會暫時留任「國家安全局」局長許惠祐，軍情局長葛廣明、調查局長葉盛茂。至於海巡署長，則有可能是由即將卸任警政署長的候友宜轉任。

馬英九有可能作出的上述人事決定傳開後，在藍軍內部引起強烈反彈，盡管其激烈程度不如當初宣佈任命賴幸媛出任「陸委會」主委，但也算是「炮聲隆隆」，而「炮火」又集中在許惠祐的人事安排上。因為在這些「藍委」的眼中，曾是國民黨中央委員的許惠祐，是個藍綠通吃的「變色龍」，因而在陳水扁上台後，一路官運亨通。而且，他是當年李登輝大陸政策的忠實執行者，作為「香港會談」的當事人卻公然否定「九二共識」。因此，繼續留他出任「國安局長」，不但是對馬英九的忠誠度值得質疑，甚至很可能會成為民進黨的「臥底」，「國安局」每日清晨整理編撰呈送馬英九閱看的《國安日報》，將會悄悄影印一份送給陳水扁。不過，也為「藍委」為馬英九緩頰，認為這有可能是馬英九為了穩定「國安」系統的權宜之計，甚至有可能是「馬營暫時找不到合適的人」而致。

「藍委」為何會對許惠祐留任「國安局長」持反對態度？關鍵是在於許惠祐這個人的意識形態和為人作風，與絕大多數「藍委」格格不入，因而被看不順眼。首先，他是李登輝的忠實支持者，也為李登輝所信任。早於他在海基會先後任法律服務處長、副秘書長、秘書長期間，就是兩岸事務性商談中專門扮演「踩煞板」的角色。本欄當時就分析指出，施啟揚、馬英九、張京育、陳長文、焦仁和等大陸事務官員所執行的，是台灣當局見諸於文字，如「國統綱領」、「兩岸關係條例」等的大陸政策；而黃昆輝、許惠祐等，執行的則是李登輝心裡面的大陸政策。而在大陸海協方面，也有「寧願將面子給焦仁和，也不給許惠祐」之說。

許惠祐確是受到李登輝的信任和重用。在九十年代後半期，李登輝推動以政黨民主政治為標誌的「寧靜革命」成功後，有感於國民黨的一群官僚尚未經過選舉洗禮，就指定若干「有培養前途」的政務官辭官參加民代選舉，包括蕭萬長辭去「陸委會」主委參選「立委」、許惠祐辭去「陸委會」副主委參選南投縣長，還有時任「新聞局長」的胡志強也參加不須辭官參選的「國代」……等。許惠祐參選南投縣長失敗後，被李登輝安排在國民黨中央黨部出任主任秘書。一九九八年，台海回暖，大陸海協有意恢復兩會會談及邀請辜振甫訪問大陸。李登輝當即炒掉在國際上有聲望，並與海協人員關係友善，但在「捍衛台灣主體」方面卻不予放心的焦仁和，而換上能夠忠實執行他自己「心裡面大陸政策」的許惠祐出任海基會秘書長，再次讓其在海基會執行「踩煞板」的角色。

最令人側目的是，在海峽兩會一九九二年的「香港會談」中，許惠祐是海基會的主談人，對「九二共識」的形成過程和內涵知之甚詳。實際上，在李登輝執政時期，他就多次強調「香港會談」的共識是「一中各表」，這還遭到大陸國台辦的批駁。但在陳水扁上台後，他卻又斷然否定有「九二共識」，更不承認有「一中各表」。據說，陳水扁從當初的承認有「九二共識」，到後來堅決拒絕承認「九二共識」，主要是兩個人的「諫告」發生作用：其一是時任「陸委會」主委的蔡英文 ，從「特殊兩國論」的角度向陳水扁提供的「法律意見」；其二就是時任海基會秘書長的許惠祐，以「香港會談」當事人的身份向陳水扁「說明事實真相」。但在馬英九勝選後播放的紀念「汪辜會談」十五周年的《勁寒梅香｜｜辜振甫的一生》紀錄片中，卻又再次轉（車太），聲稱「一中各表」比較符合當時雙方的意思。

許惠祐的「變色龍」本質及行為，由此可見一斑。其實，許惠祐的「變色龍」本色在這次「總統」選舉過程中，更是發揮得淋漓盡緻。｜｜在「總統」選舉過程中，無論是島內藍軍，還是美國白宮，都極為擔心兩項變數，其一是民進黨搞「奧步」，暗害馬英九；其二是馬英九勝選後，陳水扁一方面不願順利交權，另一方面暗中部署外逃，以逃避司法懲處。

陳水扁在美國施加壓力之下，承諾加緊對兩組候選人的維安，力防發生暗殺事件。這責任落在了「國安局長」許惠祐的身上，他也真是當作是一回事，向美國購買了先進的維安設備，認真做好兩組候選人的維安工作。但在後期，可能是他從「國安局」的情報渠道中，得知馬英九的勝算甚高，而有意「提前效忠」，也有可能是他如個別「藍委」開玩笑所指的那樣，本身就是「藍軍臥底」（按：按民進黨黨章規定，凡黨籍政務官都是「黨代會」的當然黨代表，但作為政務官的許惠祐，卻從未出現在民進黨「黨代會」會場，黨代表名單也未見他的名字，故許惠祐雖是民進黨政府的政務官，但應是未有加入民進黨），加緊了對馬英九的維安保護。為此，謝長廷曾酸溜溜地說，許惠祐出現在馬英九造勢的場子，比到他的造勢場子要多得多。投票當晚，點票結果已顯示馬英九勝出，但「中選會」尚未宣佈選舉結果，許惠祐就已現身馬蕭總部，商討「維安規格升級」問題，聲稱比照「現任總統」規格向馬英九提供維安服務。

另一提前「轉（車太）效忠」表現，是在馬英九勝選後不久，許惠祐赴「立法院」接受「藍委」質詢：陳水扁會否發動政變拒絕交權，及是否將會逃亡？作為仍是陳水扁轄下官員的許惠祐，竟然表示陳水扁就在他派出的安全官員的監護之中，根本不可能發動政變，也沒機會逃亡。盡管這番話在全體台灣人民的角度，是絕對立場正確，但此時他仍是陳水扁所任命的「國安局長」，而馬英九尚未就職，因而在行政倫理上，卻大有「對老闆不忠」之嫌。

表面上看，許惠祐是提前向馬英九宣示「效忠」了。但對於如此善於「轉（車太）」的「變色龍」，馬英九讓他留任如此機要敏感的「國安局長」，似並非可以安枕無懮。