首次訪台並與台灣海基會董事長江丙坤會談及簽署四項協議的大陸海協會長陳雲林前腳一走，馬英九就發佈人事命令，任命現任台灣政治大學中山研究所所長的趙建民為「陸委會」副主委。當然，這個任命在此時發表，並非是「衝著」陳雲林而來，因為他的政治立場和態度，是屬於對中國大陸「友善」的一類。估計，從張良任九月初轉任「國防部」軍政副部長後，早就傳出其遺缺將由趙建民填補的消息，但馬英九直到「陳江會談」才正式發出人事命令，是因為向政治大學辦理借調手續需時的關係。
有關趙建民的人事命令發佈後，「陸委會」又填滿了其負責人「一正三副」的編制。而且，再次展現了馬英九（趙建民）、蕭萬長（傅棟成），劉兆玄（劉德勛）等三巨頭都在「陸委會」中有其「代理人」的格局。
實際上，趙建民所替補的張良任，早在二十多年前被國民黨海工會派往美國任職期間，就與馬英九頗有私交。馬英九在哈佛大學的法學博士論文《怒海油爭：東海海床劃界及外人投資之法律問題》，在搜集資料時得到張良任不少幫助。後來馬英九自己將此英文博士論文翻譯成中文，並根據《聯合國海洋法公約》開放簽署後的新情況補充不少新資料，被寫為《從新海洋法論釣魚台列嶼與東海劃界問題》，交由正中書局出版。馬英九在「自序」中就特別指出，「海外資料的取得，除丘師（按：指在美華人國際公法權威邱宏達）外，張良任兄出力最多」。後來馬英九出任「陸委會」特任副主委時，就把正在「新聞局」任資料編譯處處長的張良任「挖」來「陸委會」任文教處處長（另一說是時任「行政院」副院長的施啟揚兼任「陸委會」主委，其妻李鍾桂擔心他在「陸委會」中「單身匹馬」難以開展工作，就商請了她的幾我同事、學生到「陸委會」襄助，其中就包括了她曾教過的張良任）。馬英九當選「總統」時，再把時任「陸委會」企劃處長的張良任提升為副主委，作為自己的「代理人」，以便於在「陸委會」中貫徹自己的政策、意念，並含有「就近監督」並非藍營出身的主委賴幸媛的意思。張良任調任「國防部」軍政副軍長，為馬英九作「監軍」後，此一功能角色出現空缺，馬英九必須盡快再物色一位與自己政治理念相近、信得過的人以作填補。
本來，有一現成人選，是完全是可以使馬英九放心的，那就是曾任「陸委會」副主委的鄭安國。這是因為，鄭安國不但在「陸委會」內先後出任過企劃處長、港澳處長及副主委，並曾被「外交部」借調出任香港中華旅行社總經理，擁有豐富的大陸工作專業經驗，而且在馬英九任台北市長時，還獲馬英九邀任其市長辦公室主任及市政府顧問，是完全可以信任的人。
但馬英九最終沒有讓鄭安國「回巢」，可能是出於以下兩個原因：其一、是在馬英九的「特別費案」中，鄭安國作為市長辦公室主任，負有對余文怕麻煩以大額發票代替小額發票報帳「督導不周」的責任，因而宣佈辭職（但仍保留市政府顧問職務，郝龍斌當選市長後仍續聘他出任此職，直到現在）。懷有政治潔癖的馬英九，雖然明知鄭安國在此事件中的個人道德並無問題，但為避免民進黨見縫插針找「渣」，也就只得放棄了這位愛將。
其二、由於兩岸問題向來為國際社會所高度關注，「陸委會」經常接待來訪外賓，並需遠赴海外宣達台灣的兩岸政策，故長期以來都至少會安排配備一名精通外語的副主委，負責相關的工作，如林中斌、黃介正、黃偉峰、童振源、張良任等。而作為美國南伊利諾州立大學政治學博士教授、英語相當流暢的趙建民，就完全符合這方面的條件。
趙建民與馬英九的互動關係如何，筆者手中尚未有這方面的資料。不過，從出身於外省人家庭（河南濬縣）的
建民長期的學術觀點看，是與馬英九的政策立場較為接近的。尤其是不久前他在一場由「陸委會」主辦的座談會上，曾列舉了主要國家近幾年與大陸的貿易與投資數據來與台灣對比，指出台灣並無經濟過度依賴大陸的問題，還以歐盟為例表示，歐洲各國加入歐盟並未損及各國主權，即便台灣未來與大陸簽署經貿綜合協議，國人也無須過度憂慮，就極為吻合馬英九在競選「總統」時提出的大陸政策觀點，及就任「總統」後推動「陳江會談」時為自己辯解的論述。
趙建民還具有一項重要的優勢，就是長期研究中國大陸的民主與法制建設，在這方面的述著甚豐，還曾到過北京大學當訪問學者。這除了是有利於「陸委會」的工作開展之外，可能也符合馬英九向大陸輸出「民主法制觀念」的想法。實際上，趙建民有一篇論文的題目，就是《中共的政治運動：以『反和平演變』為例》。
但由於發生了「程翔事件」，故有人對趙建民曾出任過中華歐亞基金會副執行長的經歷，是否會影響北京對他的觀感，有所擔懮。不過，從其履歷表看，他在二零零六年八月出任中華歐亞基金會副執行長時，是在「程翔事件」發生之後，他個人應是與「程翔事件」無涉。何況，即使是在已經發生了「程翔事件」之後，中華歐亞基金會董事長張京育兩度回湖南家鄉探親，都不但沒有受阻，相反還受到熱情的接待。而中華歐亞基金會執行長林中斌的文章，也經常被大陸地區的報刊所轉載、引述，甚至其「中國需要有航空母艦」的論斷，還被引用在作為青少年愛國主義教育基地的上海近郊某軍事博物館中。因此，應將「程翔事件」與中華歐亞基金會嚴格區隔開來。
趙建民曾任「陸委會」諮詢委員，那時是被諮詢的角色。現在則是「陸委會」的副主委，今後在每月一次的諮詢會議中，他就將角色置換，變成諮詢別人了。