據台灣媒體報導，「行政院」將在明日的「院會」上，提出「《行政院組織法》修正案」，將「行政院」現有三十七個部會瘦身為二十九個部會。由於各地僑領仍強烈反對將「僑委會」合併進「外交部」，為避免整體改革進度受到阻延，府院已傾向於維持「僑委會」不變。這次組織改革被整併的部會，包括有被併入「教育部」的「體委會」，被併入「陸委會」的「蒙藏委員會」，被併入「國科會」的「原能會」，整併為「國家發展委員會」的「研考會」與「經建會」，被併入「交通部」的「公共工程委員會」，分別併入「教育部」與「勞動部」的「青輔會」；而「新聞局」則將分別入「外交部」和「文化部」。至於「客委會」、「原民會」、「退輔會」、「金管會」、「財政部」、「國防部」、「法務部」、「經濟部」、「僑委會」等部會則都維持現狀。瘦身後的「行政院」預估裁併掉二十三位政務官，新的「政府」架構將在二零一二年上路。
《行政院組織法》是於一九四七年十二月三十五日頒佈，並於翌年五月二十五日起施行。按照該法規定，「行政院」共設八部二會一行一處二局二署，即「內政部」、「外交部」、「國防部」、「財政部」、「教育部」、「司法行政部」、「經濟部」、「交通部」；「蒙藏委員會」、「僑務委員會」；「中央銀行」；「主計處」；「新聞局」、「人事行政局」；「衛生署」、「環境保護署」。李登輝、陳水扁先後當政後，根據現實需要，陸續增設了「陸委會」、「公平會」、「原民會」、「體委會」、「客委會」等機構。李登輝還曾有意改革「兩蔣」時代的「行政院」組織，於一九八七年八月組成專案小組，進行「行政院」組織架構的全面調整。該「組織法修正案」於一九九三年底完成主體架構，其主要內容為「行政院」將增設「勞動部」、「農業部」、「厚生部」；「蒙藏委員會」改為「蒙藏暨少數民族委員會」等。但因故而末獲「立法院」通過。
陳水扁上台後，再提「政府再造」問題。二零零四年九月十五日，「行政院院會」通過「《行政院組織法》修正草案」，計劃大幅縮減現行三十六個部會，將之併置為十三個部、四個委員會、五個獨立機關。裁撤「陸委會」，另在「院」本部設大陸辦公室或大陸事務處。這十三個部是：「內政及國土安全部」、「外交及僑務部」、「國防及退伍軍人部」、「財政部」、「交通及建設部」、「勞動及人力資源部」、「農業部」、「衛生及社會安全部」、「環境資源部」、「文化及觀光部」。四個委員會是「國家發展及科技委員會」、「海洋委員會」、「原住民族委員會」、「客家委員會」。五個獨立機關是：「中央銀行」、「公平交易委員會」、「中央選舉委員會」、「金融監督管理委員會」、「通訊傳播委員會」。
這個「政府再造方案」，最惹爭議的是裁撤「陸委會」並將之「降格」為只相當於司局級的「行政院」幕僚機構「大陸辦公室」；及因應陳水扁、呂秀蓮要將台灣地區與中國大陸永遠割裂開去、凸顯台灣是「海洋國家」的圖謀的「海洋委員會」。
實際上，「台獨」分子為了要將台灣地區與中國大陸割裂開來，「獨立建國」，多年來提出了五花八門的口號。其中一個就是「海洋立國」，亦即強調「台灣是一個海島國家」，與中國沒有甚麼關係，更與亞洲大陸沒有甚麼關係。陳水扁於二零零零年沐猴而冠後，接過了「海洋立國」的口號。當年五月十四日，「新政府」尚未就職，呂秀蓮就在與「新內閣」座談時宣稱，她要向大家提出「海洋立國」的口號。二零零二年五月十九日，呂秀蓮又跑到宜蘭縣外海的龜山島，發表所謂「海洋立國宣言」，並首次提出設立「國家海洋事務部」的設想，聲稱要「打破過去固步自封的陸權心態」。二零零四年八月，呂秀蓮主導籌辦的第二屆「民主太平洋大會」在台北市舉行，呂秀蓮又提出了「海洋立國，柔性國力」的口號，並希望能將之作為環太平洋國家的核心價值。陳水扁當局如此起勁地推動「海洋立國」，主要動機是為了要割斷台灣與中國大陸的歷史和現實的聯繫，將台灣自外於中國，使二者對立起來。實際上，呂秀蓮所說的「新政府與舊政府最大的不同就在於舊政府來自中原，以陸權心態統治台灣」，這就暴露了陳水扁當局要以「海權心態」來「海洋立國」，這是其「台獨」本質的體現。
現在，馬英九政府的「行政院改造案」，就台灣媒體報導所示，並未裁撤「陸委會」，也未增設「海洋委員會」，可見已經完全摒棄陳水扁當局分裂國土及扁抑大陸事務的做法。這有利於營造兩岸關係良好氣氛及推動兩岸關係和平發展。
不過，今次馬政府的「修改通」方案，仍對「陸委會 」動了「手術」，那就是將「蒙藏委員會」併入「陸委會」。這樣，就把內蒙、西藏歸位為與香港、澳門「平起平坐」的層級。這既是馬政府堅持反對國土分裂尤其是反對「藏獨」的意志反映，又是針對台灣當局的管治權力並不及於內蒙、西藏，更不及於外蒙古，因而將蒙藏事務視為港澳事務的實事求是之舉。今後，達賴喇嘛和其他「藏獨」分子要到台灣活動時，將受到一定程度的拘束。不過，也將令主要工作重心為大陸事務的「陸委會」的主管大感頭痛，必須在指導海峽兩會會談及涉藏事務之間，小心求得平衡，以免因過於「傾藏」而激怒北京，影響海峽兩會商談事務的進展。
其實，馬英九政府這次「政府改造」，在部會設置方面已有與大陸國務院相對應的傾向。尤其是其中的「國家發展委員會」之設，很明顯是參考了大陸國務院的國家發展和改革委員會，使其既握有「規劃發展」的職掌，又具有「研究發展」的功能。不過，也難免會予人含有「正常國家」或「與北京相對的一邊一國」之意的聯想。