在「八八水災」過去了一個星期之後，馬英九才召開高層會議，討論救災問題。開初，馬英九還只是打算召開府院黨高層會議，但可能是經幕僚或「高人」提醒，才改為召開「國家安全會議」，這也是馬英九就任「總統」一年零三個月之後，首次主持「國安會議」並啟動「國安機制」。馬英九在會議中作了九點裁示，除了是繼續救災外，更多的重點是強調「災後重建」。核心幕僚指出，馬英九昨日的召開「國安會議」，也宣告「災後重建正式啟動」，並下達「從寬、從簡、從速」的處理原則。
馬英九在「八八水災」發生一個星期後，才啟動「國安機制」，顯然是過遲了。因為「八八水災」的一個重要特點，就是洪水沖走民家，及泥石流掩埋村莊，這是人命關天的狀況，馬英九應以其「三軍統帥」的身份，第一時間派出軍隊尤其是海軍陸戰隊前往施救。但馬英九不但是錯過了救援的「黃金七十二小時」，而且還是一拖就是拖了七天。這也就難怪，不但是島內藍綠政客罵翻了天，而且一向對他厚愛有加的偏藍媒體也看不過眼。
不過，馬英九頂住了藍綠政客和媒體的壓力，是以召開「國家安全會議」而非發佈「緊急命令」的方式，來實行「全國總動員」救災重建，卻又折射了他在法律和政治上的成熟穩重之處。實際上，啟動「國安機制」，顯示「全國救災總動員」仍是處於法制軌道內，而非一切現行法律、包括皆在保護人權的法律，全部都被「凍結」，實行軍法管治，將讓馬英九揹上「獨夫民賊」罵名。而且還有一個現實問題，就是今次水災嚴重的南部幾個縣，都是民進黨執政縣。水災的災情如此嚴重，是「七分天災，三分人禍」，正是民進黨的縣長平時只顧拼選舉、打政治口水仗，而不務正業的結果，包括疏淤水土保持工作，不搞河川整治，甚至沒有編制防災救災緊急應變預警方案。以至在「莫拉克」來襲前，還借考察名義出國，無疑是臨陣逃避，在「莫拉克」來襲時，又未動員村民緊急疏散撤離。這就是為何是同樣遭受「莫拉克」襲擊的大陸福建、浙江省，只是死了八個人，而台灣卻是已查明的死者就達一百二十人，小林村被泥石流掩埋的估計三百五十多人的根本原因所在。因此可以說，這次災害的責任，主要是在民進黨執政的幾個縣的縣長和縣政府，首先就沒有盡到強制疏散群眾的責任。但如果發佈「緊急命令」，地方權力上收，「中央政府」就得包攬所有責任，把應負的責任從民進黨執政的地方政府轉移給國民黨執政的「中央政府」，尤其是馬英九的身上。這也正是民進黨拼命鼓吹頒佈「緊急命令」的陰險用心所在。遺憾的是，一眾藍軍「立委」和某些媒體，卻不知就裡，只從方便救災的表面出發，不看「嫁禍於人」的政治本質，也在拾起民進黨的唾沫，叫喊甚麼發佈「緊急命令」。
而馬英九啟動「國安機制」，雖然也是「全國總動員」，但由於仍是處於法制軌道之內，沒有「凍結」法律，故地方政府仍得負起救災的責任，不能將責任往上推卸轉移。這就至少是明確區隔對今次災情應負的責任。當然，由於實施「全國總動員」，由「中央政府」統籌全面救災工作，包括出動軍隊救災，調動施救器具，徵集車船，規劃和實施安置重建等。如果處理得宜，不但可彌補過去七天的失誤，而且還將展現馬英九尊重及執行救災法律，在現行法制軌道內救災的法治精神。
馬英九啟動「國安機制」，也給兩岸攜手救災、安置、重建，提供了機會。因為既然是在救災和安置、重建的範疇內啟動「國安機制」，就開放接受境外一切援助，包括「敵對」實體的援助。何況，盡管兩岸至今尚未簽訂結束敵對狀況協議，但目前台灣地區是中國國民黨執政，「胡連會」《兩岸和平發展共同願景》將兩岸執政黨的關係定位為友好合作關係。因此，台灣當局在接受美、日等國援助之時，是沒有理由不接受大陸方面的援助的。
實際上，在這次「八八水災」後，是祖國大陸有關機構首先向台灣發出慰問電，率先向台灣捐款，也是第一個向台灣表達願意提供其所需的救災物資如特殊直升機、手動或自動消毒機，並表達願意派遣救援隊、醫衛專家和基礎建設隊參與台灣災後重建工作，協助台灣戰勝災害的意愿。也正因為是啟動了「國安機制」，獲「陸委會」授權的海基會當晚就決定，歡迎大陸海協會提供一千棟安置災民的組合屋。
製造和搭建組合屋，這正是大陸救災安置工作的「強項」。實際上，去年四川「五•一二大地震」後，數以十萬計的災民無家可歸。中央政府一聲令下，各省區市，各國企民企，都立即投入製造和搭建組合屋的工作，搭建起大量既便利又能滿足基本生活所需的組合屋，在很短時間內就使災民告別露宿。這個「強項」，正好是能夠彌補台灣方面過慣安逸生活而缺乏危機意識而呈現的「弱項」。
其實，大陸在救災和安置、災後重建方面的「強項」還很多。就以「八八水災」與「五•一二大地震」相比，雖然災害內容不同，但災情卻有某些相似，如壅塞湖、泥石流掩埋、道路中斷等。而救災及重建的內容，也大同小異，如安置災民，清理人畜遺體，隨後，還有災後重建等，這些都是大陸的「強項」。大陸方面的經驗和措施，完全可以移植到台灣去。
進一步，大陸「五•一二地震」後「對口援助」重建的經驗，馬英九團隊也不妨參考運用。比如，動員北部幾個經濟實力並由國民黨執政的縣市，如台北縣市、桃園縣、台中縣市等，「對口援助」由民進黨執政的幾個南部縣。這樣做，可消彌南北對抗，化解藍綠恩怨。更進一步，透過「國共平台」或海峽兩會渠道，由當地台商協會作代理，安排大陸沿海經濟實力雄厚的幾個省份，對南台灣的幾個受災縣實行「對口援助」。這樣，不但可加快災後重建，讓災民及早脫離苦海，體現「以民為本」精神，而且也可讓南台灣的民眾了解大陸，促進兩岸民眾的交流。更重要的是，為未來的民進黨與共產黨進行接觸交流，打開一個缺口。