馬英九在「元旦祝詞」中再次宣示「不統、不獨、不武」，展示了其「保持現狀」的兩岸政策主軸。實際上，其在「元旦獻詞」中所強調的「這不是消極地維持現狀，而是積極地爭取一段足夠長的時間，讓台海持續和平發展，讓兩岸人民透過經貿、文化各方面的深度交流與合作，增進瞭解，淡化成見，並在中華文化的基礎上，為兩岸爭議尋求一條務實可行的出路」、就暗喻了馬英九的兩岸政策，已從「先經後政」後退為「先經緩政」以至是「只經不政」。因此可以預料，在今年一年內以至是其第一個四年任期內，海峽兩岸間的經濟性事務性協商仍將繼續進行下去，因為兩岸關係是馬英九就職一年多來唯一的政績所在，如果連這把「刀子」都扔掉了，那馬英九就連二零一二年的連任都不要想了。但是，要指望他極極以其是被動消極地展開與對岸的政治對話，則不切實際。因為這不單止是他擔心過分「傾中」會影響他的「二零一二連任」大計，而且在骨子裡，他對大陸地區的「民主制度」、「人權保障」、「法治水平」、「創新設計」與「生活品質」諸方面，存有孤芳自賞式的偏見，不願與之「合流」。這與他是否堅持反對「台獨」的政治立場無涉。

馬英九在其「元旦獻詞」中最具爭議性的一句，是「中華民國是主權獨立的國家，台灣也早已成為主權在民的民主社會。我們應當充滿自信，台灣的未來，當然是掌握在我們二千三百萬人的手中。」有人分析認為，這句「中華民國是主權獨立的國家」，是其「隱性台獨」或「Ｂ型台獨」的表白；但也有人反駁說，這一表述並未脫離馬英九一貫的「一中各表」的立場，這與陳水扁「台灣是主權獨立的國家」表述是有差異的。馬英九也一再強調，他的「一中」就是指「中華民國」，領土就是「中華民國憲法」規定的範圍。馬英九還特別強調過，他是「中華民國」的「總統」，不是「台灣國」的「總統」。

這後一種說法，如果是使用在馬英九單獨論述「中華民國憲法」時，或許確是可以說得通。確實，在「憲法一中」的立場上，其領土及於中國大陸（「還有外蒙）的「中華民國」，確是「主權獨立國家」，符合「一中各表」的立場。但問題是，馬英九在「元旦獻詞」的這句話，是置於專門表述兩岸關係的段落的，其前面有「從前年執政以來，政府恢復兩岸協商，始終堅持對等、尊重的立場」，後面有「正因為中華民國是民主國家，兩岸政策必須受到國會與輿論的監督，並向人民負責，任何攸關人民福祉的兩岸協議，政府一定真心聽取各界意見，加強與在野黨和人民溝通，以尋求共識，爭取支持」。這麼一連貫起來，「中華民國是主權獨立的國家」這句話，其內涵就發生了質的變化，是將與台灣當局進行兩岸協商的中華人民共和國置於對等、平行的關係的。因此可以說，這句話用在兩岸關係上，是明顯的「特殊兩國論」的翻版。盡管它比陳水扁「一邊一國論」的「台灣是主權獨立國家」性質要輕一些，但仍難以掩飾其「獨台」的定位，完全背離了馬英九自己曾參與研擬的《國家統一綱領》及「國統會」對「一個中國」的定義。

實際上，當年「國家統一委員會」在頒布《國家統一綱領》後，也公佈了《關於「一個中國」的涵義》，雖然對「一個中國」的涵義，仍然堅持「應指一九一二年成立迄今之中華民國，其主權及於整個中國，但目前之治權，則僅及於台澎金馬。台灣固為中國之一部分，但大陸亦為中國之一部份」，並指台灣當局的最終目標是「建立自由民主均富的一個中國」。此即是台灣當局所主張的「一中各表」的理論基礎。因此，《國家統一綱領》的最終目的，就是「海峽兩岸應在理性、和平、對等、互惠的前提下，經過適當時期的坦誠交流、合作、協商，建立民主、自由、均富的共識，共同重建一個統一的中國」，而且還訂有「近程－－交流互惠階段」、「中程－－互信合作階段」、「遠程－－協商統一階段」的進程。比照這個「時間表」，目前兩岸間己基本上完成了「近程——交流互惠階段」的大部分內容，甚至還已完成了「中和－－互信合作階段」中的「開放兩岸直接通郵、通航、通商」的任務，只差在「兩岸應摒除敵對狀態，並在一個中國的原則下，以和平方式解決一切爭端，在國際問題互尊重，互不排斥，以利進入互信合作階段」。但是，馬英九卻就是「卡」在「兩岸上談結束敵對狀態協議」上，此顯見其對進行兩岸政治談判是持拖延態度的。

這一點，在馬英九「元旦獻詞」中的「而是積極地爭取一段足夠長的時間，讓台海持續和平發展，讓兩岸人民透過經貿、文化各方面的深度交流與合作，增進瞭解，淡化成見，並在中華文化的基礎上，為兩岸爭議尋求一條務實可行的出路」中，可見端倪。因此可以說，馬英九不但是放棄了「國統綱領」的「時間表」，而且連「國統綱領」的本義－－追求國家統一，也已放棄，而代之以「為兩岸爭議尋求一條務實可行的出路」。－－這個「兩岸爭議」指的是甚麼？語焉不詳，既可能是指兩岸對「一中」的不同看法，也可能是指其他各領域的不同看法，但肯定就不是國家統一。這也就難怪，馬英九的任期即將過半 ，但仍不願恢復被陳水扁終止了的《國家統一綱領》及恢復「國統會」的運作。而不要忘記，陳水扁在「終統」時，作為有份研擬「國統綱領」的馬英九，是義憤填膺並嚴辭批判的。

因此，馬英九在「元旦獻辭」中表態「共建和平環境，深化兩岸交往」，只是「方法論」，並非「目的論」。在私，為的是要保住他就職以來唯一的政績——兩岸關係緩和，否則連這項政績都失去了，那就真正是「昏庸總統」了。在公，則為的是避免台灣陷於「邊緣化」。這一點，他在「元旦獻辭」中的「因應『東協加一』，調整全球佈局東盟」部分，就說得很清楚。而且，他要與大陸洽簽「ECFA」,也是為了方便與其他國家洽簽「FTA」。

盡管如此，馬英九卻又在「元旦獻辭」中，不自覺地將兩岸關係與政治掛上了勾，那就是「兩岸關係的緩和，也獲得國際社會普遍的肯定，連帶增進中華民國與主要國家間的互信，打開深度交往的大門。在國際社會中，臺灣象徵的意義，除了『自由』、『民主』、『繁榮』以外，又增加了『和平』一項。從前許多國家迴避臺灣，深恐捲入兩岸對立，如今兩岸和解，他們開始願意與我們商談免簽證待遇或避免雙重課稅協定，也有更多國家願意支持臺灣參與國際組織及其相關活動，這些都是兩岸關係緩和的附帶效果。」不過，他又強調，「政府也不會一廂情願，將臺灣對外關係完全寄託於兩岸關係的發展。我們會採取平衡原則，讓兩岸關係與對外關係相輔相成，同步前進，不會有所偏廢。事實上，兩岸和解增加了臺灣的國際空間，也使我們更有意願與信心繼續深化兩岸關係，兩者之間形成良性循環」這就把馬英九的現實主義完全暴露無遺。

然而，馬英九似乎是忘記了政治經濟學上的一個原理。－－生產關係一定要適合生產力的性質，上層建築也一定要適合經濟基礎的發展。當兩岸關係中的經濟合作發展到一定的程度時，就必然會自動突破「只經不政」的桎梏。屆時，要擋也擋不了，這是不以任何人的主觀意義為轉移的。實際上，台灣過去就曾有過這方面活生生的例子。一方面，當台灣的經濟建設發展到一定程度時，民主化的浪潮興起，而終於導致解除戒嚴，實行民主政制。另一方面，當台灣的經濟發展到了瓶頸，導致大量台商到大陸尋求第二春之時，甚麼「戒急用忍」、「積極管理」，都阻擋不住其腳步。因此，當兩岸簽署了「ECFA」，未來兩岸經濟合作發展到一定程度時，兩岸政治對話就自然而然會來，所謂「積極地爭取一段足夠長的時間」之說，必然會被歷史證明是判斷失誤的。