無論是國內外事系統的官員還是中國駐世界各地使團的成員都無法回避令人感到痛苦的“整頓”。國務院外事辦公室領導下的整個外事系統都經歷了“文化大革命”的創傷。外事系統包括外交部、對外經濟委員會、對外文化交流委員會、華僑事務委員會及外文出版局。這個系統所面臨的最激進的挑戰主要來源於外語培訓、國際關系及貿易研究這三種機構。
“擴大‘文化大革命’的進程”可以用來最好的說明外事系統都發生了一些什麼事情。周恩來不斷地與北京的革命學生組織進行接觸，他常常把這些學生組織與歷史上作為常規部隊的“後備力量”的赤衛隊相比較，以強調說明紀律性這一中國人民解放軍的作風。
在1966年8月31日的一次集會中，周總理敦促廣大學生有必要學習人民解放軍的作風，其中包括堅定正確的政治方向、艱苦樸素的工作作風、靈活機動的戰略戰術。周指出，任何不同意見都可通過“調查、研究及平等協商”的辦法來解決。總之，他勸告紅衛兵在鬥爭中要運用“說理”的辦法而不是強迫的辦法。在這個問題上，周所認為的“鬥爭”是提倡批判要有根據。紅衛兵在鬥爭中的“主要任務”是在其校園內開展這種“鬥爭”，而不應對部委的行政事務進行干涉。
9月1日，周在人民大會堂的一次講話中直接指出了這一點。首先，他強凋說紅衛兵不要用“毛澤東的教條”代替毛澤東思想，盡管許多人接受了前者。周似乎把“教條”當成了一種不幸的名稱，它忽視了團結和實踐的重要作用，從而導致了教條主義。
其次，周強調說，紅衛兵作為人民解放軍的“後備力量”，需要具有嚴密的組織；從政策上講，他敦促他們采納統一戰線的鬥爭方式，要“依靠左派，教育和爭取中間派，孤立極少數右派”。他在向紅衛兵解釋“十六條”時指出，其中所提到的“據理鬥爭”更多的是要從思想上戰勝敵人。周指示紅衛兵要把毛澤東思想作為指南，把“十六條”作為基礎。
周警告說，國家的所有部委和領導部門都必須得到保護。不久，周再次向一些紅衛兵指出，我們的同學們一定不要介入各部委的活動，因為他們與同學們不同；同學們可以整天來搞宣傳運動，但他們卻有許多工作要幹。最終，周樂觀地認為“鬥爭”的限度可以在實踐中得到控制。
9月10日，周再次堅持說紅衛兵是一支“後備”力量，它只有在未來某種不確定的情況下才能成為一支成熟的“戰鬥隊”。周解釋說，紅衛兵有“三大任務”，它們是“作為革命紐帶、進行經驗交流、向他人請教和學習”。周認為“學習”是提高紅衛兵思想認識的關鍵。他要求他們不要僅僅背誦從《毛澤東選集》中摘出的語錄，而是要研究所有原文並創造性地把它們與“實際情況”結合起來。周說，如果“老黨員”仍然需要繼續學習並進行終生改造的話，那麼，對年輕的紅衛兵來說則更應如此。周還直率地指出，年輕人缺乏社會知識，對黨的政策瞭解得不多，因此必須不斷學習，永不滿足。
周說紅衛兵缺乏社會知識，其中具有某些國際因素。周告誡他們可以在外國商人和旅遊者中間“進行宣傳”，但他們不能盤問外國人的階級背景。周對學生們常常用“壞蛋”一詞來侮辱外國人而感到非常氣憤。
後來，周在一次講話中就與外國人的正當接觸一事進行了詳細的闡述。周在20世紀30年代末的外交中就強調要對感興趣的美國記者和著名人士友好並有限地解釋毛的政策，以此來“宣傳共產黨”。此時周指出，對外國人只能進行宣傳，絕不能把我們自己的觀點強加於他們，也不能代替他們。周認為，在華的外國人包括“左”派、中間派、資產階級和反動的資產階級分子及外交官。
紅衛兵對蘇聯的敵對態度尤其值得引起注意。他指出，大家不能闖入蘇聯使館或在其院牆上張貼大字報。對於在中蘇兩國之間運行的列車，周指出必須尊重蘇聯的主權，並曾命令一群學生離開列車。這些學生未能對列車運行造成破壞，但周確曾允許他們在列車上張貼大字報。
鑒於紅衛兵後來的一些主張，陳毅於1966年9月30日對毛澤東思想的宣傳範圍採取了一定的措施。他指出，讓蘇聯使館的工作人員外出時攜帶語錄和毛選……這樣做是不行的，我們不能強迫他人接受。有些外國人說我們在搞個人崇拜，把毛澤東思想變成了一種絕對的東西。
學生們把《毛澤東選集》硬塞給蘇聯使館的工作人員，並把一些傳單塞進他們的口袋，上面寫著“油炸勃列日涅夫”。
外交事件主要是由那些要把毛澤東思想與國際環境聯系起來的激進因素造成的。幾乎所有的中國領導人都接受了毛澤東思想的權威性，似乎在“文化大革命”中只有一個真理模式，即一切都應用毛澤東思想來加以評價。
“文化大革命”影響到了莫斯科。10月7日，中國駐莫斯科大使館一秘金某得到通知，暫停中國公民在蘇聯的訓練項目。蘇聯方面說，蘇聯政府這樣做僅僅是對中國9月20日的照會所做的反應，因為照會提出了讓中國學生離開蘇聯以便參加“文化大革命”的問題。
根據中國的說法，69名中國學生在1月25日向列寧和史達林陵墓獻花圈時慘遭200至300名蘇聯員警和特務的迫害。這一事件引起了中國人極大的憤慨。中國外交部警告“蘇修”頭目說他們將不會有“好下場”。中國警告被指控為對中國的“文化大革命”做出歇斯底里反應的蘇聯修正主義，“我們天不怕，地不怕……”
1967年2月6日，《人民日報》報道說，2月3日在莫斯科又發生了一起暴力事件，這是一起“世界外交史上罕見的殘暴行為”。這一次，“蘇聯修正主義者”在對陳列“文化大革命”和“1‧25”事件的照片櫥窗進行破壞時，竟闖人了中國使館區內，粗暴地對待中國外交官。周和陳毅致電中國駐蘇使館工作人員，稱贊他們是“寶貴的紅色外交戰土”，並祝賀他們“用鮮血”保衛了“我們偉大社會主義祖國的尊嚴”。
在1967年年初，“文化大革命”似乎進入了一個“新階段”，在這個階段，革命組織要聯合起來奪“走資本主義道路當權派”的權。對此，周強調說，必須加強組織紀律性和民主集中制，認真區分一個階級從另一個階級手中奪權的“權力爭奪”以及“由個人主義造成的宗派之間的權力鬥爭”。
根據台灣有關這一時期“一月風暴”的資料，陳毅當時曾遭到中央“文革”小組成員之一的王力的反對。中央“文革”小組是為了監督“文化大革命”的發展進程而成立的，該小組於1月18日還在外交部建立了革命造反聯絡站。中央“文革”小組在政治上占很大優勢，但從組織上，它從屬於中央委員會。
1月24日，周參加了外事系統的一個群眾集會。會上陳毅做了自我批評。陳毅承認自己犯了派遣工作組的錯誤，官僚作風嚴重，過分強調業務專長而忽視了思想意識，等等。陳毅保証說要學習毛的著作。
周尋求一種組織辦法，試圖以此來使一些重要部委的基本職能在“文化大革命”的不斷鬥爭中得到保護。2月17日，周在中南海召開的一次會議上批准成立了經貿系統的造反派聯絡委員會，以通過經驗交流，自上而下的指示傳達，以及地方經貿系統情況自下而上的匯報來監督“文化大革命”的進程。周指出，許多聯絡站沒有得到中央委員會的批准便在北京成立了。
隨著“一月風暴”接踵而來的便是令人記憶猶新的“二月逆流”。此間，一些中央領導，尤其是譚震林試圖阻止“文化大革命”的潮流。這一“逆流”的支持者依據的也是黨的傳統，也是周於1966年9月親自提出來的傳統，即號召人們進行調查研究並“據理”鬥爭。
陳毅也對激進分子任意把部領導定為“修正主義分子”進行了反攻。由於氣憤至極，他於2月12日在北京機場嚴厲地訓斥了這些紅衛兵，陳說，他1月24日所做的自我批評完全是出於被迫，他還直率地告訴他們，如果要革命的話，他們可以到越南去打仗，他們的攻擊是不合理的，並且，他們正把黨的所有領導帶人了聲望的毀滅之中。陳告訴紅衛兵，他們把外交政策中的劉鄧路線批為“修正主義”是不符合事實的，因為在外交政策中沒有路線分歧。
作為“奪權”這樣一個問題，“文化大革命”在中國國內造成了巨大的政治困境，因為，不同的派別在進行地位的爭奪，以便控制劃定“走資派”的權力並重建革命政權下的機構權威。周用“機構改革”來說明這一過程，並按照毛的指示宣佈在所有大單位建立“革命大聯合”或“三結合”。
毛在2月份提到貴陽棉紡廠的“先進”經驗時強調說，要在各個 “系統”創建“大聯合”，“奪權”應包括行政系統內的“事務監督”。周指出，“奪權”的思想是毛所特有的。馬克思、列寧、史達林都沒有提到過這一點。此外，機構改革方面的一些內容仍需由周來加以制定。
周承認上海奪權的例子有其重大意義，但是，他試圖在中央政府各部門控制聯絡委員會的發展，以便准備在“三結合”的基礎上重新樹立政治權威。周認為，“奪權”一定要有充分細致的准備，這項工作幹好了就能破中有立。
周在中國科學院的一次集會上向群眾說明瞭他的一些想法。他指出，毛的“三結合”包括老、中、青，通過這種方式可以把巨大的新生力量吸收到領導機構中來。他希望各種群眾組織的代表可以通過“大、中、小型會議”來實現聯合。然而，周還提出了第二種“聯合”方式，即某些同級單位可以由“軍代表、革命幹部代表及革命群眾組織代表”組成軍管會，在這種方式中也應包括“老、中、青”三結合。
由於相互對立的群眾組織之間存在著激烈的派系沖突，鐵道部無法在“三結合”的基礎上對領導班子進行適當的調整，周親自安排對該部實行軍管。4月份，他還承擔了在外交部實現這一過程的責任。陳毅對紅衛兵的斥責使周的政治處境變得更加複雜了，因為周本身就是“二月逆流”的“後臺老闆”，所以他的壓力越來越大。當時，周不得不進行“鬥爭”以從表面上維持一種與“文革”小組的良好關系。
從3月末開始，激進的組織又開始懷疑外交部裏有“修正主義路線”，並