蘇貞昌的霸道、張狂，導致其與民進黨內的主要派系「正國會」、「英系」的關係極為惡劣，矛盾尖銳，因而民進黨內外都認為他將會在八月二十八日的「公投」後下台。其實，蘇貞昌也有自知之明，因而在黨政會議下強烈反對提出「公投」對案，這樣，即使是四項「公投」全部過關，他本人也不用承擔責任，而無需「引咎」辭職。但卻正因為如此，引發更大的黨內派系衝突。
　　實際上，目前民進黨內的各主要派系中，除了「新潮流系」冷眼旁觀之外，其他兩個主要派系都在「針尖對麥芒」地對針對蘇貞昌。在「正國會」方面，主要是圍繞著林佳龍辭職的問題，質疑蘇貞昌此次不批准林佳龍的辭呈，而自己卻一度躲了起來，是要讓林佳龍成為他的「擋箭牌」。而且，蘇貞昌拒絕讓同為「正國會」成員的基隆市長林右昌接任林佳龍的「交通部長」，相反卻讓本應為太魯閣號慘劇負起連帶責任，但卻是「唯蘇是從」的副部長王國材升職接任，其他也是「唯蘇是從」的交通、台鐵幫官員胡湘麟、杜微等人官升一級並負責台鐵的改革，而極為反感。隨後，更是因為「行政院」院務顧問丁怡銘直接致電「立法院院長」辦公室，向「正國會」的精神領袖、「立法院長」游錫堃「嗆聲」，讓「水牛伯」游錫堃也無法忍耐，在臉書上批評丁怡銘違反「憲政體制」，這當然更是讓「正國會」上下都感到，「是可忍，孰不可忍」？！
　　至於「英系」方面，早在媒體爆出曾經為替「萊豬」辯護，卻波及「萊牛」甚至無賴牽扯牛肉麵店；最後吃「道歉牛肉麵」又被發現開發票報公帳，在輿論壓力下請辭下台的「行政院」發言人丁怡銘，在三個月之後又重返「行政院」，出任薪水比照十三職等的「院務機要顧問」，不顧社會觀感，就已經讓「正國會立委」陳亭妃看不下去，直批此一安排會讓人質疑當初辭官是「假動作」，「提醒」蘇貞昌要注意「社會觀感」。而當傳出丁怡銘直接致電「立法院院長室」「嗆聲」時，陳亭妃更是「媽」聲連連。「英系」的「帶頭大哥」陳明文，也對「交通部長」的「林下王上」看不下去，質疑身為政務次長的王國材竟然不用為四十九條人命的意外負起政治責任，反而還能夠扶正，「部長下台，政次升官，這種邏輯我一直想不透！」
　　在過去，民進黨「立委」甚少公開和蘇貞昌唱反調，尤其是其專屬的人事權，頂多不出來相挺而已；如今竟然先後有重量級的「大咖」提出批評意見，以至是平時就被視為「最接近蔡英文想法」的「英系」大佬陳明文，也開聲批評蘇貞昌。顯然，蘇貞昌已經成為黨內各派系眾矢之的，民進黨「立委」批評蘇貞昌的力道，比起國民黨「立委」有過之而無不及。
　　其實，蔡英文也是無可奈何。據傳，蘇貞昌曾經向蔡英文說，公營企業的人事不必過問，亦即是由蘇貞昌直接掌握。這樣，「英系」要安排自己的人馬實施政治酬傭，也要被賜以「閉門羹」了。作為蔡英文嫡系的派系都尚且如此，其他派系就更不用說了。尤其是對照丁怡銘，黨內各派系都只能是直搖頭。但是，蔡英文卻不願沾惹人事的紛擾，而且學者官僚出身的蔡英文也樂於蘇貞昌在人事權上幫她分憂解勞，甚至是做她的「擋箭牌」，因而就算是蔡英文不喜歡蘇貞昌所有的政策與人事安排，但也只能是將就下去。
　　難道蔡英文不怕蘇貞昌「威脅」到自己乎？難道蔡英文忘記了當年蘇貞昌曾多次要求陳水扁「炒掉」自己的慘痛歷史嗎？現在蔡英文反而不怕。因為按照「憲政體制」，「總統」是有任期保障的，除非是在野黨勢力發動「門檻」很高的「罷免案」或「彈劾案」能夠成功；而「行政院長」卻是沒有任期保障的，倘執政黨在重大選舉中挫敗失利，或是重大的政策誤失或天災人禍要找人負責，就必須「鞠躬一下台」。而現在的情況卻是，既無選舉，也沒有政策爭議，即使是太魯閣號慘劇也是短期效應，因而暫時沒有正當理由撤換蘇貞昌。另外蔡英文還需要蘇貞昌提高行政效率，來維持民進黨及自己的較高民調。當然，更有一個「心照不宣」的原因，就是蔡英文需要利用蘇貞昌作為自己擋子彈的「政治防火牆」，避免自己直接暴露在「火線」前。
　　因此，民進黨內的普遍認知，認為八月二十八日的四項矛頭直指民進黨當局的「公投」，只要有其中兩項過關，蘇貞昌就必須為之負責任辭職。但「你精我不傻」，蘇貞昌已經提前部署，在日前的黨政高層會議，研究如何應對四項「公投」時，游錫堃等提出要推出「對案」進行拼殺，而蘇貞昌和林錫耀等則主張不要提出「對案」，理由是以免炒熱「公投」，提高投票率，民進黨反而沒有勝算。但應當派出人員下鄉宣導，向「公投」潑水降溫。結果，蘇貞昌的主張佔了上風，蔡英文拍板作出決定。
　　林錫耀作為民進黨秘書長，提出這樣的主張，當然是從民進黨的利益得失考量。但蘇貞昌也是持有此主張，就豈止是「得失」這麼簡單了。其實，他的「密底算盤」是，既然民進黨不提出「對案」，那麼，即使是四項「公投案」全部都過關，也不是「行政院」尤其是「行政院長」個人的責任，因而他就不用辭職。這樣，他的任期就可以超越黨內外所認定的八月二十八日也。
　　偏偏這個充滿蘇貞昌私心的決策，被記者們得悉而報導了出來，當然令蘇貞昌老大不快，並認為是力主提出「對案」的游錫堃或其幕僚「洩密」。而善於揣摩上意的丁怡銘，當然「識做」，就不顧「憲政體制位階」，繞過「行政院」國會聯絡組，私下打電話給「立法院長辦公室」興師問罪，而引發軒然大波。連「水牛伯」也忍耐不住了，當「行政院」發言人否認時，就在臉書以「憲政體制」來抨擊之，並間接證實有此等情事。
　　既然已經被游錫堃提到「憲政體制」的高度，「立法院長」與「行政院長」這兩大權力機關的矛盾，已經浮出水面。但兩虎之爭，其任期直到二零二四年並有任期保障的游錫堃將會穩佔上風，沒有任期保障的蘇貞昌或許將會吃虧。因此，即使是蘇貞昌能夠躲得過「公投」，到明年十一月的「九合一」選舉，民進黨倘是敗選（按現在走勢將向此方向發展），尤其是輸掉了桃園市，蘇貞昌就非走不可。其實，就是蘇貞昌自己，也是將自己的任期，標定於明年十一月「九合一」選舉之時。因而在目前，即使是全身中箭，也是「有恃無恐」，因為畢竟還可擔任「行政院長」一年半，有足夠的時間及政治資源，扶持自己的女兒蘇巧慧參選新北市長了。而且，也將創下在民進黨執政期間，任期最長「行政院長」的最新記錄。而在此前，這個記錄是由其在民進黨內的死對頭游錫堃創造的。
　　但是，「正國會」是組織嚴密的派系，而所謂「蘇系」卻是很鬆散的「次派系」，或將會發生「樹倒猢猻散」效應，再加上游錫堃的「立法院長」任期直到二零二四年一月，比倘因民進黨敗選「九合一」選舉而下台的蘇貞昌多了一年零兩個月，正是將會應了那句「誰笑到最後，誰笑得最好」。