台灣高檢署特偵組昨日宣佈，已經偵結陳水扁涉嫌隱匿機密文件一案，並依法以違反《國家機密保護法》和《刑法》起訴陳水扁。為了慎重以對，特偵組的「起訴書」寫了一百二十萬字，總計三大冊，一千二百二十一頁。特偵組發言人陳宏達表示，由於全案在偵辦時已屬「國家機密」，將來院方也會以不公開方式審理，「起訴書」全文將改以「新聞稿」代替。他還特地表示，檢方結案沒有時間表，將依相關證據決定是否起訴，只要事證完備就偵結，絕無政治或其他考量。
然而，不管是否巧合，特偵組在昨日宣佈偵結該案並予以起訴，在時間點上都使人充滿了豐富的想像空間：其一、昨日是馬英九宣誓就任第二任「總統」後的第一個辦公日，而在馬英九就職前和當日，民進黨、台聯黨分別發起大型街頭「嗆馬」行動，攻訐馬英九「無能」。因此，特偵組昨日的司法行為，在客觀上起到提醒廣大民眾的作用：陳水扁不但在行政方面胡作非為，攪得兩岸及台美關係極為緊張，而且貪腐等違法情況極為嚴重，而馬英九至少是清廉守法。此舉可能會令曾經參與「紅衫軍」運動，近期也開始對馬英九有怨氣的中間以至是泛藍民眾，在兩相對比之下，或許會在一定程度上紓解對馬英九的怨氣，在客觀上減輕了馬英九身上的壓力。
其二、近月來陳水扁家族發起「救扁」行動，從「特赦」、「司法復核」到「保外就醫」，訴求層出不窮。而在「五‧一九」遊行中，陳水扁兒子陳致中還另外拉出一支「救扁大隊」。而特偵組的動作，則是在警告陳家人：陳水扁所犯而尚未訴諸司法程序的案子還有不少，而且舊的案子尚未審結，又有新的案子正在等待起訴，根本不符合「赦扁」所需的「終審定讞」這個最起碼的要件。因此，再提出「特赦」訴求也是白搭。
其三、曾經為了要與陳水扁爭奪代表民進黨參選「總統」的出線權而宣佈退出民進黨，因而應是與陳水扁有利益矛盾的許信良，前日開始在「立法院」門前靜坐，昨日又進一步宣佈進行絕食，要求釋放陳水扁。而特偵組的動作，則是提醒許信良，陳水扁不但在「總統」黨內初選時對你許信良不仁，而且還曾在掌政時期，下令「國安局」蒐集你許信良頻密與大陸交往，可能涉及「不法情事」的機密資料，伺機報復你，你還要玩甚麼「農夫與蛇」的遊戲？
其四、更是要提醒李登輝、連戰、宋楚瑜、蕭萬長等政界人物，你們已經成為陳水扁蒐集「黑材料」隨時準備拋出而予以威脅的對象。實際上，昨日檢方就放風說，檢方認定陳水扁隱匿機密文件之目的，除了是為了撰寫回憶錄之外，就是特意蒐集相關政治人物包括李登輝等人的不利事證，藉此轉移輿論焦點。檢方認定，陳水扁目的是為日後撰寫回憶錄及用作自身所涉訴訟案件答辯依據，並蒐集相關政治人物的不利事證，以轉移輿論焦點。其內容包括與李登輝相關的「新瑞都案」、「國安密帳」等案件，並利用人頭匯出十億元；宋楚瑜在「興票案」中將三點八億元匯到海外；連戰在海外投資置產，「馬蕭配」短報政治獻金；……等，籲請特偵組一併查辦，並作為自身弊案的訴訟攻防之用。
誠然，由於台灣地區實行「三權分立」、司法獨立的政治體制，也由於馬英九是一個嚴謹的法律人，不會插手幹預司法事務，因而特偵組在「五二零」翌日宣佈偵結陳水扁侵佔機密文件案，根本不可能是馬英九插手幹預的結果。而有可能是特偵組按照台灣地區的刑事訴訟程序法律，在法定時限之前進行起訴，而恰好與「五二零」重疊，及「撞」上了陳家人的「救扁大行動」而已。但不管如何，卻在客觀上起到了上述的正面效果。
實際上，特偵組昨日的作為，確實是向進行「救扁」行動的人當頭一擊。這是因為，根據《赦免法》規定，「總統」行使「特赦權」必須是特定刑事犯的判決確定後才能進行。因此，即使是馬英九有心「特赦」陳水扁，也只能是針對其已終審定讞的」龍潭案」一案而言，而他在被「特赦」釋放出獄後，當其他幾個案子被終審有罪時，這個「特赦令」不可能延及此後所判之各案。否則，當陳水扁所涉其他的案子被法院終審宣判有罪並須入獄服刑，那豈不是要馬英九連續多次宣佈「特赦」？倘此，在國際司法史上將是一宗大笑話。
這不，特偵組昨日就涉嫌侵佔機密文件罪起訴陳水扁，又使陳水扁多負了一宗官司。而根據案情，這宗案件被判處罪名成立的機率甚高，因為證據是明擺著的，而無須法官自由心證。而且案情也十分嚴重，還有可能會洩露「國家機密」，那麼多機密文件堆放在沒有任何加護措施的民間商業樓宇內，不要說是國際間諜要盜取易如反掌，就是那些小偷潛入竊財，因「不識貨」而亂拋機密文件，其後果也將是十分嚴重。因此，特偵組昨日的起訴，已經等於是宣告，「特赦」陳水扁是不切實際。
更令政壇日驚心的是，特偵組有心或無意透露的內容，讓政壇人物膽戰心驚。 至此，也就讓人們明白李登輝後期為何與陳水扁反面了。其實，早在李登輝因心臟病在榮民醫院救治時，陳水扁就前往醫院，並非是要慰撫李登輝，而是拿出調查局的機密資料恐嚇李登輝，從而迫使李登輝為了換取不起訴，而在二零零四年初發動「二二八百萬人牽手護台灣」行動，成為陳水扁的民意支持度逆轉的關鍵點。誰知道陳水扁還會掌握到李登輝的甚麼「不法」資料，甚至是能夠證明及揭露李登輝夫人走私巨額美元到美國的真憑實據。只不過揭發此事的謝啟大是民間人士，無法掌握確實證據，因而吃了啞吧虧；但陳水扁當時是「總統」兼「國安會」主委，掌控特務系統，應是掌握到謝啟大所沒有的確鑿證據。
何止是李登輝被陳水扁用「機密黑材料」劫持？連戰、宋楚瑜這些當年要與陳水扁競逐「總統」職位的政治人物，都必然是陳水扁蒐集「黑材料」的對象。如果不是二零零四年「總統」選舉陳水扁險勝了「連宋配」，在三月二十日至五月二十日的兩個月空窗期，陳水扁必然會充分利用手中的特權，下令特務系統蒐集連戰、宋楚瑜的「不法」材料，在連戰、宋楚瑜宣誓就職後，將之拋出並控訴兩人當選無效，所掀起的政治風暴，可能並不亞於因「兩顆子彈」而引發的不滿浪潮。
那麼，陳水扁是否也有蒐集馬英九的「黑材料」？這會有兩個可能：其一、馬英九競選「總統」，是在陳水扁已經不可能再爭取連任之後的，這對陳水扁本人沒有構成脅迫，而無需要如此。其二、即使如此，當時氣勢正旺的馬英九將是民進黨爭取長期執政的大敵，「政黨輪替」後必會對自己不利，因而必會對馬英九下手。而馬英九的「特支費案」發，可能就是出於此目的，最少也是要「揭穿」馬英九清廉的真面目。
不過，當時民進黨內「謝系」的耳語，卻正好是與此相反，認為陳水扁反而是擔心謝長廷參選，會置他於死地；而馬英九相對守法，不會刻意傷害他。因此，才有陳水扁利用「調查局」，在關鍵時刻拋出謝長廷所涉「玉皇官案」等案情資料。但也有民進黨人認為，這只是陳水扁在民進黨內權爭的手段，在推倒謝長廷後好讓蘇貞昌可輕易出線，因而並非是國、民兩黨之爭，並「義助」馬英九。