錢其琛副總理將兩岸三通航線定位為「兩岸航線」，大為化淡了「三通」議題的政治成分，使到一直意圖利用兩岸「三通」議題來凸顯「對等政治實體」的台灣當局，無法再抗拒兩岸直接通航的洪流。因此，儘管實現兩岸直航還需要解決這樣那樣的障礙，但畢竟最大的政治障礙已是破解有望，可能很快就會明朗化。而兩岸實現直航之後，必定會對澳台航線的經營前景造成一定的衝擊。尤其是「陸委會」主委蔡英文前日在回答「立委」的質詢時透露，台灣當局雖然對於台北松山機場到上海機場包機一事尚未有計划和考慮，但可以進行研究；而在與澳台航線銜接的內地航線中，又以澳門──上海航線的載運量最大，故估計台灣當局倘在全面開放兩岸直航之前，先行開放台北──上海包機直航以作試驗的話，澳門國際機場及「澳航」上海航線的營運，就將會首當其衝的受到影響。
其實，澳門國際機場的營運所面臨的威脅，並不單止是兩岸直航，還有其他的各種新的因素。在正式開放兩岸直航之前，就已增添了一些將會影響澳門國際機場營運的新因素。比如，在今年七月初簽署的港台新航約中，規定「港龍」亦獲准以「一機到底，飛航兩岸」的方式，經營台灣經香港到大陸各地的「間接直航」航線，不讓澳台航線中的「澳航」專美。由於「澳航」的內地航點較少，而「港龍」在內地的航點則較多，而且航班安排也較靈活，這就使憑藉「一機到底」航班而創造佳績的「澳航」，必會被扯走一部分奔走兩岸間的乘客。在已經面臨兩岸「直航」的「中期威脅」的情況下，已先行面臨「港龍」亦獲準開闢「一機到底」航線的「即時威脅」。
又如，經過三年的談判，港美航權終在日前達成協議，香港開放「第五航權」予美國的航空公司，准許它們的飛機途經香港上落客貨，然後轉飛其他地區。在客運方面，估計三年內會由現時的每星期二十八班機增至五十三班機，貨運更由每周八班機大增至五十八班機。儘管由於澳門國際機場並無美國航機起降，且除「一個中國」架構內的航站以外也沒有幾條國際航線，這紙協議對澳門國際機場的直接影響不會很大，但由於澳門國際機場開放「第五航權」的議題一直是「只聞樓梯響，不見人下來」，結果讓香港國際機場搶得了先機，這就勢必會在「開放第五航權」的問題上，使澳門國際機場對外國航空公司的吸引力大為下降，從而失去利用「開放第五航權」吸納珠江三角洲一帶進出口貨物的機會，使澳門國際機場面對兩岸「三通」而籌划的各種因應措施提前破局。
再如，香港國際機場正加緊進行對其與廣州、深圳、珠海等機場合作的研究及洽商，有意與這些機場進行策略聯盟，分工合作。大致構想是香港機場負責國際航線營運，廣州、深圳、珠海等機場負責內地航線營運，互通運源、互補長短。倘若這一合作策略聯盟成形，澳門國際機場就會嚴重地被邊緣化，不但是難以找到新的運源以彌補兩岸「三通」後流失的客貨源，而且可能連「澳航」最近開闢的深圳──澳門──台灣「一機到底」貨運航線，也將會受到影響。
眾所周知，澳門國際機場的「榮景」，是全憑目前海峽兩岸尚未能直接「通航」的「庇陰」之下得到的，因而也就是畸形的。這種情況，就與國際成衣貿易中的「配額」制度，本來是帶有歧視和不平等對待性質的不合理制度，但卻令對外競爭能力不強的澳門成衣制造業，曾在上世紀七十至八十年代期間，因禍得福，藉著「配額」制度的「庇蔭」，得以興旺發展，但當國際成衣貿易取消「配額」制度之後，澳門的成衣製造業當即受到重大打擊，無法與週邊國家和地區競爭的畸形狀況，基本相似。
正是，「前事之師，後事之鑑」。因兩岸未能實施直接通航而蒙受其惠的澳門國際機場，在一旦兩岸實施直接通航之後，如不設法採取其他的補救措施，就將會被抽掉「保護傘」，其經營受到重大威脅，甚至可能會落得個珠海機場慘淡經營那樣的下場，年客貨流量僅為設計能力的百分之六〔約三十六萬人次〕。
這並非是聳人聽聞。因為現時使用澳門國際機場的旅客，約有七成亦即二百一十萬人次，是乘搭澳台航線航班的。即使是餘下三成乘搭非澳台航線航班的乘客，也有相當一部分是來往於海峽兩岸，利用「一機到底，間接直航」的便利，乘搭澳門與內地幾個主要城市之間的航班的。因此，在澳門國際機場每年三百萬人次的客流量中，至少有二百六十萬人次是來自台灣，並以澳門作為中間站的。如果兩岸直接「三通」，除了是往來珠江三角洲西岸地區的台灣旅客，仍將會使用澳門國際機場之外，其餘大多數往來兩岸間的旅客就將會改乘「直航」班機，以節省時間和金錢。
但遺憾的是，澳門國際機場和在澳台航線中獲益甚丰的澳門航空公司，面對這樣嚴重的經營前景危機，卻未有及早研擬應對措施，而是眼光短淺地滿足於現狀，甚至是殺雞取卵、竭澤而漁。實際上，近來包括「澳航」在內的經營澳台航線的幾家航空公司，悄悄地加了幾次價，使澳門至台北、高雄之間的票價，已經調漲了四成以上，幾乎接近了香港至台北、高雄的票價，甚至高於「港龍」為了「搶生意」而刻意定得較低的香港──高雄之間的票價，使澳台航線喪失了「票價便宜」這一主要優勢。如果繼續如此經營下去，就很可能會在尚未實現兩岸「三通」之前，澳門國際機場就已經落得個珠海機場那樣的下場。