兩岸關係受「SARS」疫情影響的負面效應，已經顯現。據台灣「陸委會」副主委劉德勛昨日透露，自實施「管制專案」措施至昨日，大陸人民赴台從事專業交流活動的僅為十二人，平均每天零點七五人；至於大陸配偶、子女返台等社會交流者，也只得一千八百二十二人，平均每天僅為一百一十三點八人。這是台灣當局解除「戒嚴」後，從來未有過的「低潮」。在一九九五年李登輝訪美發表分裂言論後，海峽兩會的談判雖然停止，但兩岸人民交往交流卻越來越熾熱，這股熱流成為加強兩岸人民聯繫、促進「反獨促統」事業的有力保証，但如今卻因受「SARS」疫情影響而遭受重挫。

另外，由於兩岸人民來往劇減，再加上香港、澳門與台灣之間的交往也急遽下降，主要飛行乘載兩岸四地往來乘客的航線的幾家航空公司，均被迫大幅削減航班，甚至有航空公司正考慮暫停港台航線營運。而在過去，即使是兩岸軍事對峙激烈，甚至是發生了「八•二三炮戰」，蔣介石部署「反攻大陸」，港台航線也保持暢通無阻，從未停航。

「SARS」疫情對兩岸關係及台灣政情的負面影響，還不單止是表現在兩岸人民交往交流方面。目前，堅持「反獨」立場、並被視為是「泛藍」陣營未來政治希望的台北市長馬英九，就因台北市疫情失控而遭受「獨派」政客及媒體群起攻之，甚至聲稱要追究其「失職」的政治責任。他們力圖將馬英九的政治生命扼殺在這場「SARS」疫情之中，從而達到為「泛綠陣營」長期執掌台灣地區行政領導權力「消除」一個「最大障礙」之政治目的。

「獨派」勢力圍攻馬英九的焦點，在於台北市和平醫院發生大面積感染及在「封院」過程中欠缺配套措施，導致混亂失控，疫情擴散至台灣各地。他們手中的「彈藥」，主要的有以下幾種：一、和平醫院院長吳康文最初隱瞞該院已發現病患的疫情，是台北市疫情失控的關鍵原因。而吳康文過去因涉嫌貪污及「能力不足」而被當時的台北市長陳水扁撤職，但馬英九當選台北市長後，又重新起用他。今次他被揭發隱瞞疫情後，馬英九又處處袒護他。二、和平醫院護理長陳靜秋病逝後，馬英九稱其為「英雄」、「烈士」，並建議將其入祀「忠列祠」，而「獨派」人士及媒體則指稱陳靜秋是因吳康文隱瞞疫情，因而不知情之下「枉死」的，馬英九的高調是為了掩飾自己的失職。三、和平醫院的「封院」行動，由於缺乏配套措施，再加上院內是不分患者、健者同處一樓，使被隔離者十分恐慌，引起大混亂，有患者或需隔離者乘亂逃跑，使疫情迅速蔓延擴散開來。

本來，一些「獨派」人士早就在陳水扁耳邊吹風，要陳水扁出面批評馬英九，但陳水扁擔心會被外間批評為「治政治化」、「打馬」，而確是並未採納這些「獨派」人士的讒言，相反還曾一度公開「挺馬」。但在近日「獨派」人士頻密活動，包括台大、新光、馬偕、國泰等六大醫學中心院長集體到「總統府」，向陳水扁「哭訴」馬英九不顧這些醫學中心未設「負壓」病床、不具收治「SARS」病患能力的事實，強將和平醫院的病患轉移給他們，並向陳水扁聲稱將聯合舉行記者會，將「整件SARS擴散始作俑者和平醫院及馬英九處置失當過程」公訴於世。而「獨派」媒體《新台灣》新聞週刊又大做「SARS打敗了馬英九，台北神話已破滅」的「封面專題」，《台灣日報》連續多日發表要「追究」馬英九「政治責任」的「社評」，「台獨理論大師」林濁水也連日在《蘋果日報》的「專欄」上攻擊馬英九，其他的一些「泛綠立委」如藍世聰等也紛紛跳出來「打馬」，從而形成了一股「圍剿馬英九」的輿論。陳水扁眼看形勢利於「打馬」，前日終於撕下了「挺馬」的臉皮，藉自爆其好友、新光醫院副院長黃芳彥「求救電話」之機，不點名地批評了馬英九，使馬英九受到前所未有的壓力。

陳水扁打開了「打馬」的閘門，公權力的「打馬洪水」就奪閘而出。有具民進黨背景的「監委」聲稱要調查吳康文、邱淑媞〔台北市衛生局長〕以至馬英九的「失職瀆職」行為，而台北地區檢察署也當即介入，聲稱要追究吳康文可能觸犯的刑事責任，但明眼人都看出，這是「檢署舞劍，意在馬公」。也有「政府」官員聲稱，如果是由公共衛生碩士和醫院經濟學博士李應元擔任台北市長，就不會發生和平醫院隱瞞疫情及台北市疫情失控之事，力圖翻台北市長選舉的「案」。

「獨派」勢力在全島「抗SARS」鬥爭的關鍵時刻，不是集中精力投入「抗SARS」工作，而是將鬥爭的矛頭直指馬英九，其政治目的很明顯，就是要為「泛綠陣營」長期執政掃掉主要「障礙」。這是因為，據民進黨內智囊人物評估，盡管「SARS」疫情給台灣人民身體健康和台灣經濟帶來嚴重損失，但對「泛綠陣營」的長期執政愿景卻是利大於弊。而且疫情拖得越久，對「泛綠陣營」就越是有利。首先，台灣當局可以利用台灣民眾埋怨中國大陸「輸出」疫情的情緒，進一步挑撥離間兩岸人民的感情為未來的各種「去中國化」動作鋪墊「民意基礎」。其次，可在「總統」選舉中，進而將這股「民意」轉化為支持陳水扁連任的票源。再次，由於疫情之故，「連宋配」為避免引發反效果而肯定不敢進行競選宣傳活動，這就可使「連宋配」的民意可見度及支持度持續下降；而相反，陳水扁則可藉口「抗炎」頻密出鏡和動用大量行政資源，從而提高自己的民意支持度，連戰、宋楚瑜則只能做陳水扁的「大配角」，服從及「配合」他的統籌指揮。在這種情況下投票，當然是「連宋配」大吃其虧。

既然「SARS」疫情有可能會令陳水扁的選情起死回生、反敗為勝，他在二零零四年大選中得以連任的機會就將會大為提高。而連戰、宋楚瑜經此一役後，已無餘力在二零零八年捲土重來，「泛藍陣營」就只有馬英九一人可以與民進黨一搏。但馬英九潔身自好，形像清新，民進黨難以在他身上找到攻擊焦點。而今次台北市「SARS」疫情失控，就正是向民進黨「送上門來」的機會。如能提前毀掉馬英九的政治聲譽，今後「泛綠陣營」要實現長期執政就幾乎可說是「沒有敵手」。因此，近日「獨派」人士和媒體瘋狂攻擊馬英九，而陳水扁也加入了「打馬大合唱」，其幕後的政治背景，不可小覷。