「SARS」疾情肆虐，不但使台灣人民的生命安全和身體健康受到嚴重威脅，打亂了他們的日常生活秩序，而且也使台灣地區經濟遭受重挫，並嚴重影響兩岸人民交往交流，甚至已開始影響兩岸經貿關係。在目前台灣地區疫情仍未得到有效控制，導致台灣當局的「管制措施」尚未撤除的情況下，如何採取某些特殊靈活的措施，努力挽回其中的部份損失，以阻止兩岸關係繼續向下滑落的議題，應當擺在有關部門的案頭之上。
無庸諱言，由於「SARS」疫情的源頭是來自中國大陸及香港特區，而早期廣東省當局的「有效控制」宣示，及沒有將此種前所未有的「怪病」的特強傳染性公開通報，使到台灣地區衛生行政當局和醫護工作者缺乏防範意識，當然也加上台灣當局意識形態掛帥，以「黃鶴樓上看船翻」的心態，未有協助及配合台北市政府的防治疫情工作，而導致疫情失控，一發不可收拾。故此，台灣當局及台灣民眾對大陸「輸出病毒連累台灣」頗多怨言，多年來「做台灣人民工作」的成效已經有所抵銷。尤其是在向台灣當局意圖利用疫情擠進世界衛生組織作鬥爭的過程中，仍然按照以往平常時期的思維，過於強調「一個中國」原則，而忽略在爆發傳染性特強的疫情之下，台灣人民的生命安全和身體健康受到嚴重威脅的特殊情況中，如何在「一個中國」原則下，在疫情資訊通報、支援防治技術、設備及藥物等方面體現「照顧台灣人民」的精神，但某些駐外人員的正式發言卻又聲稱「大陸已派員赴台協助防治SARS」，也就形成「授人以柄」，被台灣當局藉機大肆挑撥民眾的仇視大陸情緒。如果任其發展下去，多年來對台工作尤其是在爭取台灣民心方面所付出的努力，可能會付諸東流。
因此，中央有關部門應當盡早採取行動，以應對新變局的新思維尤其是胡錦濤有關「凡是有利於台灣人民」的「三個凡是」的指示，與時俱進的態度，靈活變通的處理策略，扭轉目前的被動局面，爭取台灣民心。而在各種可以考慮的措施中，中國國民黨籍「立委」章孝嚴提出的「兩岸貨運包機」，應是一項不帶政治性質，因而最為可行而且又是可以立即見效的好辦法。
實際上，推動「兩岸貨運包機」，是幫助台灣業者解困的有效辦法。其一、在「SARS」疫情爆發之後，台灣航空業陷入了空前的「寒冬期」。各家航空公司的航班大幅削減，每日都在艱困渡日。如果開通「兩岸貨運包機」，就可以在一定程度上解決深陷「SARS」風暴的航空業經營危機。其二、目前台灣電子業基本上都是採取「台灣接單，大陸加工」的營運模式，
目前台灣地區電子業已有百分之五十五以上的公司在大陸地區設廠。而台灣電子業傲視全球的就是「零庫存」的接單效率，亦即是從接單到製造，通常只要三至五天就可完成並發運。按照過往規律，由每年五月份開始的第二季及第三季是台灣電子業的出口旺季，故目前電子業的大陸台商最焦急的是如何把產品運出的問題。在過去，華東地區的貨物就因上海浦東機場的貨運能力不足而出現「轉單」現象〔上海附近的蘇州是台商電子業工廠高度集中地〕。如今因受「SARS」疫情影響，進出大陸的航班大幅削減，所能提供的艙載量也隨之驟降〔相當一部份貨運是在設於客機機腹的貨艙中載運，而大陸幾家民航集團的全貨機數量則較少〕。現在不少電子業者都擔心，如果在二、三季度的發貨旺季未能按合約將產品運出來，就可能會被歐美買主抽單，台灣科技業的競爭優勢可能就此會被取代。但如能開通「兩岸貨運包機」，即可將這些產品以台灣中轉的途徑搶運出來。
為此，盡管「兩岸貨運包機」方案是由國民黨籍的「立委」提出，但仍受到台灣當局的高度重視。據消息來源透露，由「國安會」和「陸委會」草擬的「兩岸貨運包機」可行性方案已經出爐，陳水扁在五月初主持因應「SARS」疫情的「國家安全」高層會議中亦裁示，有鑑於「SARS」疫情對亞洲各國經濟所造成的嚴重衝擊，為確保台灣在亞太地區競爭的優勢，「政府」有必要針對兩岸貨運便捷的推動過程，嚴肅加以評估，盡早完成。
按照「陸委會」、「交通部」所草擬的方案，「兩岸貨運包機」以「華航」、「長榮」等台灣民航機為主，且不只針對台商，倘在大陸的外商有需要，也可利用，這部份不排除可以讓外國籍飛機參與經營，但這僅限於「SARS」疫情特殊時段，不屬長期的固定包機。據有關研究報告稱，在實施「兩岸貨運包機」之後，可提高台商的全球運疇競爭力。以台北、上海為例，運輸時間將可減少二至十四個小時，運輸費率將可調降三成到三成三，出口貨物可以台北作為轉運中心，以一架波音七四七全貨機為例，飛航台北、上海、台北，再轉飛美國，每班次約增加貨運收入美金三十七萬元，將可立即解決台灣航空公司的營運困境。即使是在「SARS」疫情過後，「兩岸貨運包機」仍有繼續實施的必要。
當然，由於台灣當局所研擬的「兩岸貨運包機」方案，如同「春節台商包機直航」那樣，是「單方」──只由台方飛機執行、「繞道」──必須經港澳〔或石垣島〕，這並非是實質意義的直航，也對大陸航空業者並不公平。但在爭取台灣民心、減少台灣民眾對「中國肺炎」的怨懟情緒方面，卻是具有一定的效益。兩者相抵，是得大於失。而且也有利於今後推動兩岸直接通航，從長遠政治及經濟效應來看，也是「有利於我」。因此，北京有關部門不妨以「與時俱進」的新思維，思考這個「兩岸貨運包機」的問題。