近年來，台灣當局的大陸事務工作制式，有力圖與大陸方面的台灣事務工作制式逐漸靠攏以至「接軌」的傾向。其中最明顯的是，針對大陸方面的國台辦與海協會之間的組織關係密切，國台辦指定一位副主任兼任海協的常務副會長，及指定其綜合局〔二局〕局長兼任海協秘書長〔註：按照「國台辦職能配置、內設機構和人員編制」所示，綜合局的其中一項重要職能，就是「負責承辦海峽兩岸關係協會的日常工作」〕，指揮較為暢順的成功經驗，也有意仿效之。以圖改變過去「陸委會」與海基會之間聯繫協調不暢，甚至還發生過「海陸大戰」的情況，決定也採「兩個機構，一套人馬」的模式，由「陸委會」與國台辦綜合局和研究局〔三局〕的職能較為接近的企劃處的處長〔詹志宏〕兼任海基會副秘書長。今年「五•二０」後，更是由「陸委會」副主委劉德勳兼任海基會副董事長兼秘書長。盡管台灣當局的這些人事安排，是意圖加強倘兩岸兩會復談後己方前線與後方之間的指揮協調，這在台灣當局尚未回到「一中」立場之前只能是一廂情愿，但畢竟在理順人員結構關係方面確是具有一定的積極意義，且也趨向靠攏大陸方面的國台辦與海協之間的人事組織結構模式。
這一次，台灣當局提出的《行政院功能業務與組織調整暫行條例草案》中，對「陸委會」的處置方式，亦美其名曰「與大陸的國台辦相對應」，則卻是風馬牛不相及。顯見提出此「調整方案」的「政府再造委員會」，及「行政院」及其所屬的「研考會」，根本就不了解國台辦的性質、定位及組織架構。
實際上，國台辦具有如下這幾個特點，是台灣當局有關機構和人員不應予以忽略的：
一、按照《國務院關於機構設置的通知》規定，「國務院台灣事務辦公室與中共中央台灣工作辦公室，……一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機構序列」。而按台灣大學政治研究所研究生沈建中的博士論文《大陸海峽兩岸關係協會之研究〔一九九一年──一九九八年〕》所述，中共中央台灣工作辦公室是中共中央對台工作領導小組的辦事機構。它之所以後來又以「國務院台灣事務辦公室」的名義對外辦公，是鑑於兩岸開放交流交往及大量台商赴大陸地區投資後，許多具體的涉台行政事務不宜以黨的工作機構的名義出面處理，故就以作為政府部門的國台辦的名義承擔這些業務。但實際上，國台辦仍是中共中央的直屬工作機構。而在台灣地區，「陸委會」本來就與民進黨中央的中國事務部是「水不溝油」的兩個不同機構。即使是在「政黨輪替」前，「陸委會」與中國國民黨的大陸工作會之間也沒有任何關聯。如按「調整方案」，「陸委會」成為「行政院」的一個內設機構，就扯得更遠了。
二、即使撇開國台辦與中台辦「一個機構兩塊牌子」的「黨政一家」模式不提，僅就國台辦在國務院內設機構中的性質、定位而言，它是屬於「國務院辦事機構」。而「國務院辦事機構」的定義則是：根據《中華人民共和國國務院組織法》第十一條關於「國務院可以根據工作需要和精簡的原則，……設立若干辦事機構協助總理辦理專門事項」的規定，它是由國務院設立協助總理辦理專門事項、不具有獨立的行政管理職能的工作機構。它的行政級別相當於國務院組成部門，但機構較精幹，其負責人也不是國務院組成人員。另據《中華人民共和國政務大辭典》詮釋，辦事機構是在政府系統中，協助政府首長辦理專門事項的機構。辦事機構屬於政府內部的組織機構，一般沒有獨立的行政管理職權，在名稱上冠以政府的名稱，通常稱為「辦公室」，如「國務院港澳辦公室」、「國務院僑務辦公室」等。辦事機構的主要職責，是負責某一方面事務的情況搜集、調查研究、政策分析、提供建議、組織聯繫、辦理手續以及承辦上級交辦的有關事宜等。直接對所屬政府及政府首長負責，主要起助手作用。辦事機構的規格一般與同級政府其他部門相當，但規模較小，內部組織層次也較簡單。
按照這些定義內涵，其實「陸委會」與國台辦倒是較為相近，有某些共通之處。實際上，除了「陸委會」的主委每周出席」行政院院會」，帶有「閣員」性質，國台辦的主任不是「國務院組成人員」，不出席「國務院全體會議」之外，其定位、職能甚至於內設機構，兩者之間都較為近似。比如，國台辦的秘書人事局〔一局〕就與「陸委會」的秘書處對口，綜合局〔二局〕、研究局〔三局〕與企劃處、法政處近似，新聞局〔四局〕與聯絡處的職能相似，經濟局〔五局〕與經濟處對口，港澳涉台事務局〔六局〕與港澳處的業務相同，交流局〔七局〕與文教處也較相近，只有聯絡局〔八局〕無「口」可「對」。就此而言，台灣當局一定要將其大陸事務工作機構與國台辦「相對應」的話，其實保留「陸委會」，就是實質上的「對接」。
三、按照「調整方案」，「陸委會」將被「改造」成為「行政院」的一個內設部門，類似其院本部的第一組至第七組。也與大陸國務院辦公廳的秘書一局、秘書二局、秘書三局的職能相似。倘此，「陸委會」現有的人事、會計、政風等內設機構所主責的業務，就須全部交由「行政院院本部」的人事室、會計室、政風室統一辦理〔大陸國務院辦公廳也有內設人事司、行政司等〕。而在國台辦，卻是擁有自己的秘書局〔人事局〕及財務部門，以及機關黨委〔其中一項職能是作風建設和紀律檢查工作〕。因此，在「行政院」本部設立「大陸辦公室」的做法，才是與國台辦拉開了距離，又何來「相對應」之說？
四、目前台灣當局的派駐港澳機構，是屬於「陸委會」，並對內使用「陸委會香港事務局」和「陸委會澳門事務處」的稱謂。如果「陸委會」改為「行政院本部化」，其駐港澳機構的內部稱謂就將會分別改為「行政院香港事務局」和「行政院澳門事務處」，亦即是以「行政院」的名義外派。對已經先後回歸並直轄於中央人民政府的香港、澳門兩個特區而言，使用「行政院」的名義，實質上就是在宣揚「兩國論」或「一邊一國論」，就極有可能會使其在港澳地區的繼續留存遭遇很大的政治障礙。或許，這正是「扁政府」為了要割斷其與大陸地區的聯繫臍帶、並「撤出港澳」而預埋伏筆乎？