按照台灣當局《行政院功能業務與組織調整暫行條例草案》規劃，「陸委員」將會「提升」為「行政院」院本部的內設機構。而按《行政院組織法》規定，「行政院」院本部置秘書長、副秘書長各一人，均應列席「行政院會議」。秘書長承院長之命處理本院事務，並指揮監督所屬職員；副秘書長囊助秘書長處理本院事務。院本部設秘書處，編制為一百五十一人至二百一十人；參事八至十二人，輔助參事工作的人員編制為三十五至六十五人；會計室十一至十七人；統計室八至十三人；人事室十三至二十一人。另有訴願審議委員會，「組織法」只稱「由院長指派院內簡任人員兼任之」，未有提及具體人數。另外，據有關資料顯示，「行政院」院本部的內設機構，還有第一組至第七組、「國會」聯絡組、政風室、法規委員會、複審審議委員會，但未有列明具體編制人員數目。惟據推算，「行政院」院本部的編制人員，可能不超過六百人。
而據《行政院大陸委員會組織條例》規定，「陸委會」的人員編制為二百三十六人至三百二十五人。另外，「陸委會香港事務局〔即香港中華旅行社〕」的編制為六十九至七十人，「陸委會」澳門事務處〔即駐澳門台北經濟文化中心」〕編制為二十二人〔按：兩家機構其中一些人員的編制，並不屬於「陸委會」，而是分別屬於「外交部」、「內政部」境管局、「新聞局」、「經濟部」、「教育部」等〕。如果「陸委會」實行「行政院院本部化」，「陸委會」本身的人員編制，就佔了「行政院」院本部的人員編制一半還多。也就是說，即使是「陸和會」原來的業務量大量刪減，「行政院」院本部也不可能接納這麼多人，否則「行政院」本身的原有業務就根本無法完成。如果將「陸委會」縮編為如同「行政院」內設的一個業務組，人員編制也就只有十多人，也就更難以勝任「陸委會」現在所承擔的業務量。因此可以說，這個「陸委會行政院院本部化」的規劃，實質上正如台灣媒體所評論的那樣，是要「陸委會」「人間蒸發」。
其實，如果比照《行政院大陸委員會組織條例》所規定的「陸委會」內設機構、職能等內容，就可得知，只是以「行政院」院本部的一個業務組的規格來處理大陸工作事務，是根本無法勝任的。實際上，即使是滿打滿算，將「陸委會」現存的人事室、會計室、政風室的業務悉交「行政院」院本部的人事室、會計室、政風室辦理，再對「陸委會」現時C個業務處的人員進行大幅縮編，「行政院」院本部的業務組也難以荷載「陸委會」以下七個業務處的職能及工作任務：
──企劃處：掌理關於大陸政策之研究及綜合規劃事項；關於大陸情勢之研判事項；關於與國外研究中國大陸機構之聯繫事項；關於大陸相關資訊之蒐集、分析及出版事項；關於台灣地區與大陸地區資源利用、開發之綜合規劃事項；關於大陸事務之其他企劃事項。
──文教處：掌理關於台灣地區與大陸地區學術、文化、教育、科技、體育、大眾傳播等交流之審議、協調及聯繫事項；關於大陸政策文教業務之建議與擬辦事項；關於大陸事務之其他文教事項。
──經濟處：掌理關於台灣地區與大陸地區財稅、金融、經貿、交通、農林漁牧、環境保護等交流事項之審議、協調及聯繫事項；關於大陸政策經濟業務之建議與擬辦事項；關於大陸事務之其他經濟事項。
──法政處：掌理關於台灣地區與大陸地區法務、內政、衛生及勞工業務之研擬、審議、協調、聯繫處理事項；關於台灣地區與大陸地區人民往來法規之研擬、審議及協調事項；關於大陸法制問題之研究事項；關於「陸委會」及大陸事務之其他法制事項。
──港澳處：掌理關於香港與澳門地區政策之研究及規劃事項；關於香港與澳門地區有關事務之處理及協調事項；關於香港與澳門地區同胞之聯繫及聯務事項；關於香港與澳門地區事務之其他事項。
──聯絡處：掌理關於大陸政策之宣導、新聞發佈及聯繫事項；關於旅居國外之大陸地區人民及其團體之聯繫事項；關於大陸相關資訊之諮詢及服務事項；關於大陸事務之其他聯絡事項。
──秘書處：掌理關於議事及業務管制事項；關於事務及出納事項；關於文書、印信及檔案管理事項；關於資訊相關業務之規劃及推動、軟體應用系統之發展及硬體設備之管理事項；不屬於其他各處、室事項。
另外，「陸委會」的現行操作模式，是採「統合制」，置委員十七至二十七人，由「行政院長」派兼或聘兼之。而委員大多是與大陸事務工作的相關部會，如「內政部」、「財政部」、「教育部」、「法務部」、「經濟部」、「交通部」、「農委會」、「文建會」……等的副首長兼任。在定時召開委員會議或視業務需要召開臨時委員會議時，各部會之間的協調溝通就較為暢順。如將「陸委會」的業務移交「行政院」院本部掌理，表面上看由「行政院」指揮各部會是較具權威性，但由於廢除了「委員會議」，將來可能只是「行政院」與某特定部會的溝通，而無各相關部會之間的協調。
按《行政院大陸委員會組織條例》及《行政院大陸委員會諮詢委員遴聘及集會辦法》規定，「陸委會」還設有十五至二十三名諮詢委員，由主委遴聘熟諳大陸事務及富有兩岸民間交流經驗之學者、專家擔任，每月召開一次會議，必要時得舉行臨時會議。主委在遴聘諮詢委員時，基本上能做到朝野各主要政黨都有分配名額，這是很好的集思廣益渠道。在「陸委會」業務「院本部化」之後，以「行政院」內設的一個組室的機構，是否有權遴聘諮詢委員﹖倘答案是否定的話，豈非變成了蘇起所說的「獨裁」，堵塞言路﹖
「陸委會」為加強與各部會等相關機關的協調與聯繫，還設置「業務協調會報」，並分別設有「港澳會報」、「文教會報」、「經濟會報」等，其出席者都是各相關部會的副首長及相關議題界別中具資歷人士。在「陸委會」業務「院本部化」之後，此類「業務會報」如何召集﹖也將「會考」起台灣當局。