正當馬英九親率「行政院長」劉兆玄和海基會副董事長兼秘書長高孔廉（董事長江丙坤在英國出公差）前往「陸委會」探視，與「陸委會」主委賴幸媛打得火熱，被各種不同政治立場的人都解讀為馬英九其陸委會」和賴幸媛「背書」、打氣，並高度肯定其地位及工作之際，台灣媒體卻突然爆出一則「秘聞」，謂馬政權成立後已在「行政院」悄悄地成立「兩岸小組」，由主管財經的「政務委員」朱雲鵬負責「兩岸小組」的運作。重要的兩岸議題，「陸委會」主委賴幸媛也會參與。由此在現行「馬劉」體制下，「行政院」在兩岸政策的推動上有一定重要角色，「陸委會」的功能則相對減弱。該則「秘聞」還表示，劉「內閣」「兩岸小組」開會結果，朱雲鵬與「行政院」副院長邱正雄會進一步向劉兆玄提出彙報，並由劉向「總統府」、「國安會」交換意見後，提交「行政院會」討論通過。相關「陸委會」官員說，最近「陸委會」幾次委員會其實都在「追認」「行政院會」通過的兩岸政策。
甫看到此則報導，似是與馬英九率隊探視「陸委會」所要表達的「挺陸」、「挺賴」肢體語言及目的，存在著明顯的矛盾。實際上，既然馬英九以「陸委會」成立十八年來，首位「總統」親身探視「陸委會」的「大動作」，並在「陸委會」以明確的語言，高度肯定和支持「陸委會」和工作，那就等於是給予了「陸委會」在兩岸政策方面較高的定位及執行權力，為何又突然冒出了「陸委會」的功能相對減弱之說呢？
經仔細閱讀這則報導，其實是「過去式」的描述：一是「馬政府成立之後」，那是兩個多月以來的事情；二是「最近陸委會幾次委員會，其實都是追認行政院會通過的兩岸政策」，也是過去幾個月的事情；而非「現在式」。蓋《行政院大陸委員會會議規則》第六條規定：「委員會以每個月舉行一次為原則，必要時將召開臨時會議。」既然是「陸委會最近幾次委員會」，那就應是指從「五•二零」後起計，每月舉行一次，滿當滿算的三次會議了，而絕對不是指「目前態勢」。
在「過去式」中，「行政院」內設有「兩岸小組」，及「陸委會」的委員會議其實是在「追認」「行政院會」通過的兩岸政策之舉，其實是正常以至是「理所當然」之態。其中，既有制度上所需，也有馬英九宣佈委任賴幸媛為「陸委會」主委，遭到自己陣營反彈及對岸也有所困惑，而必須作出「補救」之作。
在制度面上，看來馬英九是很目覺地把自己當年出任「行政院大陸工作會報執行秘書」時的認知、情感和經驗，融匯到當今對「陸委會」的實務工作中去。實際上，早在「陸委會」成立之前，馬英九出任「總統府」第一局副局長之時，就奉蔣經國之命，為開放老兵赴大陸探親政策草擬了「穎考專案」。去年兩岸都紀念的「兩岸開放二十周年」，就是始於根據馬英九的「穎考專案」而制訂的開放老兵赴大陸探親政策。稍後，馬英九獲當時的「行政院長」俞國華延攬入閣，出任「研考會」主委職務，並兼任「行政院大陸工作會報」執行秘書。當時，兩岸開放政策正是暖身起動階段，相關研究、規劃作業，在行政系統是由「行政院」的「大陸工作會報」司其職，黨務系統則是「大陸工作指導小組」全權負責；而「政」、「黨」兩部門的大陸事務工作，馬英九不但都參與其中，而且是實際參與運作。「大陸工作會報」的主要政策研擬，是由「研考會」統籌。也就是說，馬英九實際上是參與、主導早期的兩岸政策的主要關健人，甚至被形容為草創者。一九九零年十月，在「行政院大陸工作會報」的基礎上，「陸委會」正式成立，由「行政院副院長」施啟揚兼任「陸委會」主委，「研考會」主委馬英九轉任實際主持工作的「陸委會」特任副主委。時任「行政院長」的郝柏村曾頒獎章給馬英九，表揚其在「大陸工作會報」執行秘書期間，規劃大陸政策功績卓著。
從當時的「行政院」高度重視大陸工作，指派「副院長」兼任「陸委會」主委，而身為「陸委會」的前身－－「大陸工作會報」的執行秘書的馬英九躬逢其盛，當然是親身感受到此一體制的權威性及決策力。因而在「五•二零」後、百廢待興之際，很自然就把自己當年的經歷、經驗代入進去。尤其是在賴幸媛的任命遭到自己陣營內部強力反彈，而對岸也大為困惑之際，馬英九在「行政院」內成立「兩岸小組」的做法，實際上等於是恢復當年「大陸工作會報」之舉，而不值得大驚小怪，也不是刻意削弱「陸委會」的功能。
何況，按照體制，「陸委會」本來就是一個幕僚和協調機構。其一，按照「憲法」規定，「陸委會」所職掌業務屬於「國安」範疇，由「總統」親自掌握，並受「國安會」指揮。其二，「陸委會」與「外交部」、「經濟部」等「部」級單位相比，只是一個統籌協調機構，「行政院」內涉及大陸事務的各相關部會的負責人，都是「陸委會」的委員。為此，「陸委會」是幕僚機構及執行機構，而不是決策機構，決策權掌管在「總統」和「國安會」的手中，盡管「陸委會」主委也是「國安會」的成員。三、在行政層面上，正如前述，最早期「陸委會」的主委由「行政院副院長」施啟揚兼任，後來改由「政務委員」張京育出任。這除了是折射了當時的台灣當局較為重視大陸事務之外，也凸顯了「陸委會」身份難以「獨立」，必須受牽制於「行政院」的狀態。陳水扁上台後，似是不屑於國民黨執政時代的這套體制，才有「陸委會」的「強勢」，甚至還發生了作為下屬的「陸委會」主委蔡英文，公開反駁他的談話內容的怪事。而馬英九上台後，似是要把被陳水扁顛倒了的歷史再顛倒過來，因而在「行政院」內成立了「兩岸小組」，並不出奇。
但在賴幸媛上任後積極配合馬英九的「開放」、「鬆綁」政策，尤其是在極為希望賴幸媛發揮「踩煞車」作用的台聯黨和民進黨都「恨鐵不成鋼」地要炮轟她「下台」，將直接威脅到馬英九的「面子」之時，馬英九給予了「陸委會」和賴幸媛極力的支持。除了是親自探視「陸委會」並予以鼓勵打氣之外，還授權「陸委會」主導成立有「國安會」、海基會、「體委會」、中華台北奧委會和通訊傳播委員會參與的「北京奧運緊急應變小組」，並由「陸委會」主管文教工作的副主委張良任出任召集人，還由「應變小組」指派其成員、「陸委會」文化處長陳會英親到北京奧運比賽現場作第一線指揮，可見馬英九並沒有弱化「陸委會」的功能。實際上，在陳水扁時代，此類業務是直接由「國安會」負責，並是由「國安會」秘書長邱義仁召集「陸委會」主委等幾個人「策劃於密室」，「陸委會」本身並不具有實質應對和決策權力。就此而言，「陸委會」的功能不但沒有被弱化，相反還有獲得「國安會」下放部份職權的跡像。
當然，即使是有「行政院」成立「兩岸小組」這麼一回事，從另一角度看，也並非等於是「陸委會」的功能被弱化，而毋寧說是馬英九比過去更重視大陸政策。這極有可能是馬英九上台後，遭遇到並未能預料到的因受制於國際大環境，及陳水扁留下的「爛攤子」積重難返，他的「馬上就好」承諾難以兌現，民意支持度如同跳水般直落。為了自救，在短期內難以指望國際大環境好轉的情況下，就只有寄望進一步開放大陸政策來「打救」了。因此，馬英九才有「北京奧運後兩岸將很熱鬧」之說，也才有馬英九出訪過境美國的「低調到不行」，避免刺激美國和中國大陸之舉。既然馬英九如此對兩岸政策寄予了如此的重視，也既然未來兩岸談判會進入較複雜的高階層次，那在「行政院」內成立「兩岸小組」，提高大陸政策的決策層級，也就是順理成章。就此而言，可以窺見馬英九今後必將會全力推動大陸政策的「開放」、「鬆綁」，改變過去要「踏煞車」的構思。