《粵港經濟合作框架協議》全文共約七千五百多字，共分「總則」、「跨界基礎設施」、「現代服務業」、「製造業及科技創新」、「營商環境」、「優質生活圈」、「教育與人才」、「重點合作區」、「區域合作規劃」、「機制安排」及「其他」等十一章。由於澳門與香港一樣，同是實行「一國兩制」的特區，並同樣與廣東有著地緣、血緣、文緣、俗緣的血脈聯繫，而且內地與澳門的「ECFA」協議，同內地與香港的「ECFA」協議的宗旨及框架結構，也基本相同，故此相信，正在擬議中的《粵澳合作框架協議》文本，極有可能在架構上也是十一個章，且每章的標題也大致相同，只是其第四章，可能不採用《粵港經濟合作框架協議》的「製造業及科技創新」，而是根據澳門的實際情況有所調整。

實際上，內地與澳門的「ECFA協議」就同內地與香港的「ECFA協議」，在內容上有若干不同，而《珠三角地區發展規劃綱要》對香港、澳門的發展定位，也完全不同——香港特區的發展定位，是「鞏固香港作為國際金融、貿易、航運、物流、高增值服務業中心」，澳門特區的發展定位則是「世界旅遊休閒中心」。故此相信，《粵澳合作框架協議》的具體內容，與《粵港合作框架協議》將有許多不同。相對於《粵港合作框架協議》首次明確訂出香港作為金融體系的龍頭，珠三角城市作為支撐的合作關係，並為促進兩地金融及人民幣業務「送大禮」，包括擴大人民幣試點，推進跨境人民幣貿易結算，支持香港的銀行在廣東設立村鎮銀行等重點內容，《粵澳合作框架協議》也應緊緊圍繞著澳門作為「世界旅遊休閒中心」的定位，大做兩地合作文章。

由此，在《粵港合作框架協議》第一章第二條「發展定位」中，第二點「提升香港國際金融中心地位，加快廣東金融服務業發展，建設以香港金融體系為龍頭，廣州、深圳等珠江三角洲城市金融資源和服務為支撐的具有更大空間和更強競爭力的金融合作區域」，第三點「發揮香港服務業和廣東製造業優勢，加快形成國際一流的現代產業體系和科技創新體系，打造世界先進製造業和現代服務業基地」的規定，顯然就不大適用於《粵澳合作框架協議》。但其中第一點的「推動粵港經濟社會共同發展，促進與閩台、北部灣地區深度合作，深化與泛珠江三角洲等其他地區合作，率先建設在全國乃至亞洲具有較強引領作用、更具活力、發展潛力和國際競爭力的世界級新經濟區域」，第四點的「加快跨境基礎設施網路建設，優化區域營商環境，促進區域人員、貨物、資訊、資金等要素往來流通便利，形成更低成本、更高效率的國際航空樞紐、航運中心和物流中心，構建現代流通經濟圈」，第五點的「構建全國領先的區域環境和生態保護體系，大力發展綠色經濟，形成資源節約、環境友好的生產、生活及消費方式，建設宜居、便利、管理和服務水準先進的優質生活圈」，以及第六點的「加快城市公共服務體系銜接，促進香港與深圳、廣州等珠江三角洲中心城市協同發展，實施人才戰略，推動科技創新，發展總部經濟形成高端產業、高級人才以及優質資源集聚的世界級城市群」等，只要把其中的「香港」改為「澳門」，「深圳」改為「珠海」等，就幾乎是可以照抄照搬了。

另外，作為「協議」主題，《粵港合作框架協議》第一章「總則」中的第三條「基本原則」中的五點，即 ：一、堅持優勢互補、互利共贏，推動廣東實現科學發展，維護香港長期繁榮穩定。 二、堅持平等協商、相互開放，著眼擴大區域共同利益，整合資源，打造區域發展新優勢。 三、堅持先行先試、重點突破，探索推動主要合作區域和領域的體制機制創新，以點帶面深化合作。 四、堅持協調規劃、合理對接，共同編制區域合作專項規劃，爭取納入國家規劃和發展戰略。 五、堅持市場主導、政府推動，遵循區域經濟發展規律和市場經濟規律，促進要素便捷流通和資源優化配置。同樣也適用於《粵澳合作框架協議》，只是必須將其中的「香港」改為「澳門」。

不過，由於《珠三角改革發展規劃綱要》已賦予澳門特區「世界旅遊休閒中心」的發展定位，故相信《粵澳合作框架協議》將有「提升澳門世界旅遊休閒中心」地位」及「發揮澳門娛樂旅遊會展業與廣東旅遊會展業優勢」的內容，並以此為「主打」內容。因此，在《粵澳合作框架協議》第八章的「重點合作區」中，相比照於《粵港合作框架協議》的「深圳前海地區」、「深港河套地區」的內容，就應在「橫琴開發區」、「珠澳跨境合作區」上大做文章，並實行類似自由貿易區的政策，甚至是給予更為寬鬆的政策傾斜。應當在國務院審議批准的《橫琴總體發展規劃》的基礎上，增加更多的粵澳合作內容，甚至是專為粵澳合作而設，以設法解決澳門特區在落實「世界旅遊休閒中心」定位所面臨的土地資源匱缺的問題。與此同時，提升「珠澳跨境合作區」的定位，增加更多的內容。比如，將現時實行「有條件二十四小時通關」的「珠澳跨境合作區」，作為粵澳間定點物流通關通道，而拱北口岸汽車通道則改為單獨的人車通道，在減輕拱北口岸旅客通道壓力的同時，也因是二十四小時通關，使必須晨早供應的活豬、活牛、蔬菜，可以及早通關，並可使已可隨時開通的汽車出境通道的「隨車旅客」檢驗設施可以使用。

由於上述原因，《粵澳合作框架協議》第三章「現代服務業」中的第二條「旅遊」，就應多花筆墨。除了是其中「聯合開發推廣『一程多站』旅遊線路」，「共同開拓海外旅遊市場，開展旅遊宣傳促銷，共同吸引國際遊客」，「有效利用廣東『一百四十四小時便利簽證』政策，簡化到澳門的外國遊客入境廣東手續」，「為廣東居民到澳門旅遊及澳門居民到廣東旅遊相互提供通關、交通等便利措施」等之外，還應在「休閒」兩字上大做文章。因為既然是「休閒」就應有多種形式，包括家庭休閒、會議休閒、機關企業獎勵休閒、婚禮休閒，甚至是生日休閒……等，應當也寫上《粵澳合作框架協議》。當然，也要尋找出如何解決旅游便利與防範內地官員籍到澳門旅遊卻去參賭的矛盾的有效辦法。

如此，《粵港合作框架協議》第五章「營商環境」中的「通關」、「便利往來」、「電子商務」等條目，就應在《粵澳合作框架協議》中體現出更寬鬆的便利。比如，進一步推廣人員「自助式」通關、「車輛『一站式』電子驗放」、「全面推進海關查驗結果參考互認」，以及「逐步擴大過境汽車指標」、「探索一次性臨時過境私家車安排」、「推動交通、物流業等跨境『一卡通』」等。