台灣「國家安全局」駐歐盟特派員許惠祐近日請辭，已獲「國家安全局」證實。「國安局」公共關係室以備妥當「新聞稿」回應媒體的查詢說，「國安局確實已收到『該員』辭職申請報告，並正依規定處理中」。此顯示，在公，是馬英九要在軍情系統清理前朝陳水扁所佈下的「暗樁」；在私，則是馬英九仁至義盡，讓在前年「總統」選舉期間，「忽然良心發現」地向他效忠，盡心盡責護衛他的安全的許惠祐，在補足了公務員的年資後，才讓他離開「國安局」，使之能體面地下臺。
依台灣《國家安全局組織規程》規定，「國安局」是「國家」最高情報機關，也是統合「國家安全」情報工作的最高機關。「國安局」對「國防部軍事情報局」(即「軍統」的後身)、「法務部」調查局(即「中統」的後身)、「國防部」電訊發展室等單位所主管與「國家安全」工作有關業務，有督導考核之責。同時，它對島內各警備、治安、情報機構等「國家安全」工作，負指揮、協調、聯繫之責。「國安局」的第一處主管國際情報，第二處主管大陸地區情報，第三處主管臺灣地區安全情報，第四處主管「國家」戰略情報，第五處主管科技情報與電訊安全，第六處主管密碼及其裝備管制、研製。另設「特種勤務指揮中心」，負責最高領導人及重大慶典的安全護衛。「國安局」為統合情報工作，得召開「國家安全情報協調會報」，由「國安局長」擔任主席，各有關情報治安機關首長出席。「國安局」為統籌全島密碼管制政策及研發等有關事項，並指導、協調、聯繫與密碼保密有關業務之施行，得召開「中央密碼管制協調會報」，由「國安局長」擔任主席，各有關機關業務主管出席。「國安局長」是直屬於「總統」的「國家安全會議」的組成成員之一。
由於「國安局」的性質特殊，其成員又長期接受反共反「獨」教育，故在陳水扁上臺後，出現了「忠誠」問題，內部彌漫著一種「不知為何而戰、為誰而戰」的彷徨、消極情緒。再加上大陸的反間諜機構著力查緝，使得臺灣情報系統的績效甚低，並頻頻發生其情報員遭對方緝捕、「策反」的事件。因此又衍生了另一種怪現象，就是有人為了搏「上位」，急功近利，不是拿一些濫竽充數的低價值甚至是不實資料當「情報」上交，就是因超逾情報機關程式規矩而「出事」，包括竟由處長級的主管人員親到大陸廣西邊境與「線人」接頭及以「美人計」引誘美國國務院官員「下水」，釀成了國際情報史上的大笑話。
陳水扁為了整頓情治系統，就讓既具有頗為專深的法律專業知識，又對大陸政經社會情勢有獨到見解及判斷的許惠佑出任「國安局」副局長，隨後又將之提升為局長，成為「國安局」第一個文人局長，其要借助許惠佑的學養和經驗，對情報系統進行戰略改造的意圖，就十分明顯。這個「戰略改造」，並不局限於搜集情報具體運作的技術調整，而且還包括對整個大陸情報工作的方針策略及運作模式的重大調整。由此可見，陳水扁對許惠佑的信任有多深。
由此，馬英九在就職後，本來是應把前期在情治系統埋下的「大暗樁」拔掉的。但可能是馬英九一來考慮到自己對情治系統的「水深」還沒掌握，動作過大反而會不利於穩定過渡，二來是在自己競選「總統」期間，許惠佑對自己的安全保衛認真負責，親自披掛上陣，率領「特勤」人員每天從北到南跟隨護衛，使自己能毫髮無損，沒有功勞也有苦勞，也不忍立即撤換他，而讓他繼續留任，直到去年八月才將他連降兩級調任「國安局」駐歐盟特派員，並換上自己信得過的蔡朝明接「國安局長」。當時就有一種說法，是馬英九出於好心，要讓他能補足公務員的年資，在退休時能享受最優惠的待遇。不過，許惠祐在大多是偏藍「反獨」的軍情系統中，始終做得並不順遂，因而早有去意。如今可能是年資已補足，也是應該退下來，讓馬英九安插上真正屬於自己的人的時候了。因此，許惠佑在接受台灣一家平面媒體越洋電話專訪時就有這麽一說：「如果我一直留在這，不是又要擋到別人的路了？年輕人要多出來闖蕩闖蕩，我不願意被人說是一個絆腳石，所以我主張要換年輕人做做看」。
據披露，許惠佑的父親是「被強迫獻身給天皇的另類神風特攻人員」，這使他從小就養成了一種「勇往無前，視死如歸」的性格。許惠佑在政治大學法律系就讀時，迷上了西洋劍運動，並擔任了政大擊劍隊隊長。直到目前，他還是「中華民國」擊劍協會的理事。據許惠佑在《變與不變──往後跑的黑馬許惠祐一書》自述，擊劍運動是一種心理戰的延伸，永遠不能讓對方曉得自己的弱點。除了要在技巧上贏人家，還要在氣勢上佔優勢。為此，他在到海基會任職後，就將擊劍運動的技巧化為與大陸談判的策略技術。開始時，雙方用劍交纏一下，刀光劍聲中探試對方招式路數。找到對方弱點後，不能常常打這個弱點，否則對方就知道你已經知道他的弱點，所以要小心掩飾，讓對方以為你只是一時運氣好，湊巧碰上而已。偶爾也要假攻別處，迂回轉進，趁其不備再攻其弱點得分。在與大陸談判的過程中，他明知中共方面在故意設陷阱，也將計就計，佯裝中計，再設一個反陷阱設計對手。
正因為如此，在大陸談判代表的眼中，許惠佑是一個機變難纏的對手，也就有「寧將面子給焦仁和，也不給許惠佑」之說。另據海基會前任文化服務處處長歐陽聖恩的《再見，白手套──海基會的一千天》一書所述，當時任法官的許惠祐之所以到海基會出任法律服務處長，是由他的老師──海基會首任秘書長陳長文，在眾多角逐者中挑選的。但許惠祐到任後，卻挑選了政治色彩與陳長文相反的蔡明華出任副處長。就是這個蔡明華，在陳長文首次率領海基會訪問團訪問北京時，竟突然脫隊，後來又發表對「調查局」查處「獨台案」不滿的言論，令到陳長文非常不悅。蔡明華由於自己的「台獨」政治立場與海基會的性質業務相悖，因而決定辭職。後來，還參加了呂秀蓮的團隊。由此可見，當時還是國民黨員的許惠佑，其政治立場就已很靠近「獨台」。
實際上，正因為許惠祐的「獨台」立場很明顯，故才得到當時已經暴露出其「獨台」面目的李登輝的青睞。在海峽兩會關於「九二共識」的香港會談中，許惠祐是海基會的主談人，他就是堅持了李登輝「一個中國，兩個政治實體」的主張。一九九八年初李登輝炒掉堅持「九二共識」、執行台灣當局見諸於文字如「國統綱領」的大陸政策的焦仁和後，即委任「執行李登輝心裡面的大陸政策」的許惠祐接任海基會副董事長兼秘書長。陳水扁上臺後，也順道接管了海基會。但由於民進黨的大陸事務人才不多，除了是派出民進黨中國事務部主任顏萬進任海基會副秘書長，扮演「督軍」的角色之外，基本上是留任了李登輝時代的人馬，而許惠祐也得以留任。由於他在國民黨敗選後所進行的「黨員登記」中，沒有前往登記，等於是自動脫離國民黨，而且向陳水扁輸誠，而得到了陳水扁的信任，並一路提拔他，從「海巡署長」到「國安局長」，都是要害機構和敏感職務。