馬英九在當選連任國民黨主席，及出國訪問之際，對「行政院」進行局部改組，調整七位閣員。其中最觸目的是「國防部長」高華柱去職，由文人副部長楊念祖升任取代；及「財政部」次長曾銘宗接任「金管會」主委，原主委陳裕璋去職。高華柱的去職，當然是必須為陸軍下士洪仲丘遭虐死案負上政治責任；而陳裕璋的去職，則是據說他在面對國際的金融形勢，尤其是中國大陸的「錢荒潮」，未能及時因應，致使已經低迷的馬政府政績更受連累，必須由較為強勢的曾銘宗取而代之。
其實，單就防務行政而言，高華柱還是一個頗為稱職的部長。近四年來，他積極推動「精粹案」、「組改」、「募兵制」等「國防」重大政策，並在遭遇年金改革難題，軍心不穩時，親上火線捍衛軍人權益尊嚴，因而在軍中聲望不低。但正因為防務行政正在面臨轉型期，在推動改革事業時也就顯得有心無力。由於軍隊「國家化」和逐漸裁減兵員，國軍總兵力已由高峰時的六十萬人減少到目前的二十七萬人，已出現兵源短缺現象。「募兵制」更是推動艱難，原先預定招募二萬八千多名志願役士兵，但到今年六月，各軍種所招募志願役士兵實際報到人數，總計只有四百六十二人，達成率只有百分之二，連一營兵力都不到，面臨無兵可用的窘境。而且，近來「國軍」狀況頻頻：海軍副艦長聚賭、演習誤打靶機鬧出人命、海軍少將涉共諜案、戰機連連墜機等，讓「國防部」形象大傷。如今又發生了洪仲丘遭虐死案，並發酵為社會運動，對軍隊造成很大衝擊。因此可說，洪仲丘事件，是壓垮駱駝的最後一根稻草。
要說高華柱不負責任，也不公平。洪仲丘事件發生後，他為此曾經兩度向馬英九提出辭呈，表示要為此負上政治責任；並向遺屬和社會道歉，不惜低頭哈腰。但終因該案確實是暴露了軍隊的管理疏失和忽視人權，加上民進黨趁機搶占「捍衛軍中人權」議題的道德高地，軍方即使查辦了幾位軍官，包括一位少將，但也無法平息社會怒火，因而只得將高華柱作替罪羔羊。
當然，高華柱在主管台灣地區的防務事務上，也多與國民黨和馬英九理念不相吻合。尤其是他對兩岸關係事務的表態，頗為強硬，有時他的強硬發言，會讓對岸認為是忠實執行馬英九的防務政策，而使得本已對馬英九不滿的對岸涉台系統及軍方，芥蒂更深。
而新任「國防部長」楊念祖，是學者出身，長期研究國防戰略問題。三年多前作為馬英九的督軍張良任出任駐以色列代表後，楊念祖就接任「國防部」軍政副部長。楊念祖在進入「國防部」之前，其對兩岸軍事問題的論述較為理性務實；在出任「國防部」副部長之後，也未有發表過強硬言論；不知他在出任「國防部長」之後，會否「俢正」高華柱的強硬路線？抑或是「屁股指揮腦袋」，身不由己，繼續執行強硬路線？
看來，楊念祖即使是有微調政策路線之意，也無力挽狂瀾之力。因為他將會受肘於許多主客觀環境。在大環境方面，由於兩岸尚未結束軍事敵對狀態，建立軍事互信機制，而台灣軍隊向來的傳統，雖然名為「國防」但卻防禦外敵的任務較輕；雖然按「一中憲法」主張對岸為「固有疆域」，卻因「內戰延續」而將解放軍視為主要敵人，還曾計劃「反攻大陸」，以至是派出少量軍事人員騷擾大陸沿海，因而在尚未結束敵對狀態之前，即使楊念祖有著較為強硬的言行，也是可以理解的。
至於小環境，則是較為複雜。既有馬英九仍然無意與大陸進行政治對話並簽署和平協議，也有軍中對對岸軍方的敵意仍深，更包括有民進黨等綠營的掣肘，這些因素都將使楊念祖動輒得咎。但他也具有某些有利條件可以充分利用，包括他過去雖然政治光譜偏藍，卻未表現過強烈的意識形態政治色彩；而且因為他頗為溫文爾雅，而頗得人緣，在綠營中也擁有不少朋友，因而就連民進黨人對他也尊敬三分。就在這次洪仲丘事件之後，早已有民進黨人表態應盡快讓楊念祖接任「國防部長」。而在昨日「行政院長」江宜樺宣佈人事調整案後，除薛淩一人有所質疑之外，其餘「綠委」的反應尚算正面，甚至認為他是適當人選，民進黨「立委」還希望楊念祖上台可以大破大立改革軍中陋習。
就此而言，楊念祖所承受的政治壓力，可能會相對小些。甚至可能會因為由文人出任「國防部長」，而被民進黨人認為符合他們長期追求的「軍隊國家化」及「文人領軍」理念，而會對他較為客氣，在傳召他到「立法院」備詢時，不會像對職業軍人那樣的「狠手修理」。這樣，楊念祖的推動防務行政改革的事業，就將會較為遂順。
但問題是，那些資深老軍頭未必服氣，可能會對楊念祖採取「明順暗抗」手法。而且，軍隊長期的陋習，習慣於「官大一級壓死人」，軍閥作風猶存。而楊念祖除了是文人出身之外，更是個性溫和，能否鎮得住那些強悍的職業軍人，令人懷疑並擔心。如果能在社會有利因素強力支持之下，順利完成軍中改革，就是吃下第一隻螃蟹的英雄。
最令人關注的，是高去楊升之後，軍方如何處理林毅夫的問題。由於林毅夫在金門泅渡回大陸之前，高華柱曾任林毅夫的營長（林毅夫此時為連長），因而對林毅夫的返台掃墓探親申請，持強硬態度，聲言倘林毅夫踏足台灣的土地，必會執行軍法，將其緝捕歸案。當連不少民進黨「立委」也以人道的理由為之求情時，高華柱還放話，倘林毅夫是免罪返台，他將辭職抗議。
楊念祖是否會從「人權」的角度出發，對林毅夫返台探親作些適當的安排？畢竟，高華柱所持的理由並未因他辭職獲准而告消失，只能是權宜處理。不過，由於高華柱已經去職，而他的去職也並非是因「林毅夫免罪返台」所致，可以避免一場軍中震盪。而且，就在洪仲丘事件發生之前，軍中傳出高華柱將會去職的消息時，台聯黨主席黃昆輝還指稱，這是馬英九為林毅夫返台掃除政治障礙。因此，馬英九會否籍著高華柱的去職，趁風駛帆，對林毅夫返台掃墓探親的申請予以權益處理，籍以向對岸表達「結束兩岸敵對狀態」的善意？這就端看馬英九的政治智慧了。