「這一天遲早都要來」，在「洪仲丘案」重創「國軍」形象，導致前「國防部長」高華柱去職，副部長楊念祖臨危受命接下部長重擔，而楊念祖本人也以誠懇的態度向洪家及社會大眾低頭道歉，後者也認為「洪仲丘案」與他沒有直接關係，因而到普遍認可馬英九這一人事任命決定，並認同高層借重楊念祖的學者個性與專業長才全力改革「國防部」的思路之際，筆者就已研判，馬英九對楊念祖的這個任命只是臨時的權宜之計，只不過是為了應對「洪仲丘案」所引發的政治危機而已；在風頭火勢過後，，馬英九還是將會以不損害楊念祖顏面的合理理由，再次更換「國防部長」。但意想不到的是，馬英九更換「國防部長」會來得這麼快，僅僅六天就「該來的」還是「提前要來」，楊念祖於昨晚以今日出版的《壹週刊》將會刊出一位學者揭發的「抄襲論文」的新聞為由，向馬英九呈辭並獲批准，並由馬英九人委任副部長高廣圻暫代，從而創下任期最短的「國防部長」紀錄。真令人感嘆台灣官場之險之惡之脆弱。
因為筆者原本的估計，是在馬英九渡過「洪仲丘事件」政治危機之後，再過度一段時間，在馬英九已經喘定一口氣，擺脫了「跛腳鴨三軍統帥」形象之後，起碼也要一年半載，才讓楊念祖離開「國防部」的；而所使用的理由，是馬政府向中山大學借調楊念祖的期限已到，不能耽誤他的教職前途，必須讓他返回學校教書，可讓他體面地離任的，但沒有想到他是以被人告發「抄襲」論文的方式而辭職，雖然是他在極短的時間內就提交辭呈，算是有擔當的表現，但畢竟也是並不光彩的事情，與「回校任教」不可同日而語。
而這「該來的事」也來得極為吊詭。楊念祖出任「國防部」軍政副部長已有差不多四年的時間，但聲稱被其「抄襲論文」的作者卻一直「按兵不動」；而在馬英九任命楊念祖為「國防部長」後，尤其是馬英九焦頭爛額，不得不放棄曾經將之視為「克敵法寶」的「核四公投法案」，而對《兩岸服務貿易協議》的審議也被迫延後到「立法院」的下一個會期，並為應對「洪仲丘事件」政治危機，同意「立法院」提前審議《軍事審判法》修修正草案，「立法院」也已完成三讀，「洪仲丘案」也已轉入一般法院處理，亦即眼看馬英九就可從當前錯綜交織的重重危機中脫身之際，這位學者卻突然出來「爆料」，指稱楊念祖在二零零七年二月主編出版的《決戰時刻》專書涉及剽竊，而且所涉論文並非是由他親自執筆，而是他請朋友、同事代寫，所抄襲的內容是來自由中國大陸某雜誌出版的一篇編譯外國學者出版專文，與這位學者並沒有任何關聯，這就讓人感到並不單純了。
從好的方面著眼，是這位學者不願看到台灣地區的防務領域，交由一位並不熟悉戰爭學的文人來統領，擔心「紙上談兵」將會耽誤台灣地區的防務，尤其是倘是爆發戰爭，哪怕是極為局部的，也將會耽誤戰機，因此就以此方式來間接「警醒」馬英九一把，讓馬英九及時換上一位具有指揮作戰經驗的人，即使是教授文人也可以，只要曾經帶過兵，或是教授戰爭學的文人。實際上，楊念祖雖然是軍事學者，但並非是研究戰爭學的，他研究的是新世紀中共解放軍與台海安全、中共軍事戰略的演進與未來發展趨勢、美國最新國防評估與兩岸關係等領域，與戰爭沾不上邊。當一個軍政副部長，管管軍中政治事務還可以，實際上這四年他也非常適任，期間「國軍」軍紀良好無任何重大違失，並於任內通過《軍審法》改革，承平時期軍人犯法，改由司法審判，實現司法一元化，是軍中人權一大改革。但是，他卻並不適合出任「國防部長」。
而從「陰謀論」的角度看，在這關鍵時刻「爆料」，是要加劇馬英九的「跛腳鴨」狀態，尤其是對部隊的掌控更為疏離。
其實，在馬英九任命楊念祖為「國防部長」時，就有不少人私下議論，認為這只是馬英九為應對「洪仲丘事件」政治危機的權宜之計。其一，楊念祖並非是馬英九的鐵桿親信，是張良任辭職改任駐以色列代表時推薦的，因為馬英九極為信任張良任而予以接納；儘管楊念祖就任後對馬英九忠心耿耿，但始終因並非是「馬家軍」而感到隔了一層，因而由他出任「國防部長」，只不過是緊急情況下的權宜之計，是「沒辦法中的辦法」。
其二，當前「國軍」遇到種種事件，尤其是「洪仲丘事件」之後，誰也不願接手「國防部長」這個「燙手山芋」，擔心會坐不長，誤了自己的前程，於是就只好由副部長楊念祖接手，由他來「捱義氣」，待馬英九渡過這個危機之後，趁著馬政府向中山大學借調楊念祖期限已到之機，再讓他返回校任職，兩全其美。
其三、台灣軍隊中向來就有「東風吹，戰鼓擂，誰也不服誰」的傳統，各個軍種和派系對「國防部長」、參謀總長等職務爭個你死我活，甚至還曾為此而演變成「輪流坐莊」。儘管在「洪仲丘事件」的風頭火勢之際，誰也不願接手這個「燙手山芋」，但長遠來說，這僅是短暫現象而已，「國防部長」仍然是職業軍人必守的戰略高地。而在目前情況下，找一個與任何軍種和派別都沒有關聯的人來接手，大家都「雖不滿意，但沒意見」。這就像對岸那邊，一九七六年一月周恩來逝世後，毛澤東無論是按次序委任第一副總理鄧小平接任，還是為了「批鄧反擊右傾翻案風」而讓第二副總理張春橋來接任，其對方勢力都會有意見，因而就找了個在副總理中排名很後，與任何派別都沒有淵源的華國鋒來接任，雖然所有派系都不滿意，但仍可接受。
其四、正如前述，楊念祖雖然對軍事很有研究，但畢竟並非是戰爭學，對指揮作戰基本不懂。出任軍政副部長，主管類似解放軍總政治部所轄的政治、軍教、紀律、宣傳出版、司法等還可以，而且因為是副部長，還有部長在「飛」負責。但若是要楊念祖「擔綱」，倘遇到有戰爭等突發狀態，儘管也有幕僚弼輔，也可能會力不勝任。比如，參謀幕僚「按章辦事」，列出幾種處理方案由他選擇（當然最後還須經馬英九拍板），由於並非是研究戰爭學出身，可能會挑選了一個最不能爭取戰場優勢的方案，豈非誤了大事？儘管按照「國防二法」和國際潮流，「國防部長」由文人出任是大勢所趨，但也應是以具有戰爭學理論及經驗者為佳。
不管怎樣，連對馬英九言聽計從的楊念祖也呆不下去了，馬英九也就真的是連在軍隊領域內也是「跛腳」了。而且，剛走了一個「高部長」，又來了一個「高部長」，恐怕台灣軍隊的厄運還不能完全擺脫得了。