國際特赦組織香港分會在攻訐澳門特區政府「以不同形式打壓」澳門「反對派」尤其是「澳門良心」兩位主要人員「行使公民權利」時，引述了聯合國《公民權利和政治權利國際公約》的兩個條文：第十九條和第二十一條。
按照國際特赦組織香港分會的邏輯，《公民權利和政治權利國際公約》的條文內容是直接適用於中國澳門特區。然而，《澳門基本法》在規範兩個國際人權公約和《國際勞工公約》在澳門特區的適用，是有著「通過澳門特別行政區的法律予以實施」的限制詞的，亦即兩個國際人權公約不能直接適用於中國澳門特區，而必須「通過澳門特別行政區的法律予以實施」。
實際上，《澳門基本法》對兩個國際人權公約與其他國際協議或公約在中國澳門特區的適用，是有著不同的表述的。在規範其他國際協議或公約在澳門特區的適用的第一百三十八條，是沒有類似「通過澳門特別行政區的法律予以實施」的表述的，只是表述為「在徵詢澳門特別行政區政府的意見後，決定是否適用於澳門特別行政區。」或「中央人民政府根據情況和需要授權或協助澳門特別行政區政府作出適當安排，使其他與其有關的國際協議適用於澳門特別行政區。」
對此，蕭蔚雲教授在其主編的《一國兩制與澳門特別行政區基本法》一書中指出：按照基本法第四十條的規定，兩個國際人權公約和國際勞工公約適用於澳門的規定，應通過澳門特別行政區的法律予以實施。即這些公約不能直接在澳門適用，當事人不能引用公約的有關規定作為訴訟的惟一法律依據。只能由澳門特別行政區制定各個單行法規，以法律保證公約中的有關規定在澳門特別行政區能夠得到貫徹執行。
葡萄牙國會在將兩個國際人權公約的有關規定引伸適用於澳門的決議中指出：「《公民權利和政治權利國際公約》及《經濟、社會、文化權利國際公約》適用在澳門的規定，須在澳門予以落實，尤其是透過當地本身管理機構所發出的專門法規為之」。這一規定表明，葡萄牙國會也沒有規定兩個國際人權公約可以在澳門直接適用，而必須通過澳門的現行法律，或由澳門立法會制定法律予以實施。
而蕭蔚雲教授在該書中對其他國際協議在澳門特區的適用，則沒有這樣的表述。
另外，饒戈平教授在《國際條約在澳門的適用問題研究》一書中也指出，回歸前，在澳門適用的國際條約是經葡萄牙決定後延伸適用於澳門的，因此葡萄牙所採用的直接適用國際條約的方式，也就決定並成為澳門適用條約的方式。通常的做法是，只需要在《澳門政府公報》上公佈載有在澳門延伸適用有關條約的葡萄牙總統令、共和國議會決議或外交部命令，就完成了條約在澳門生效的法律程序，該條約就獲得在澳門直接適用的法律效力。截至一九九二年十二月以前，經萄葡牙延伸適用於澳門的國際條約，如同葡萄牙國內做法一樣，都是一律採用直接適用的方式，但是唯獨對兩個國際人權公約的適用卻例外地採用了間接適用的方式。這是因為葡萄牙議會在其決定將兩個人權公約延伸適用澳門的決議中，明確作出了這樣的規定。該決議稱，「《公民權利和政治權利國際公約》和《經濟、社會、文化權利國際公約》適用於澳門的規定，將通過尤其是澳門地區政權機構制定的各行法律在澳門予以實施。」根據這一決議，兩個人權公約得以在澳門適用，但其適用方式不是直接適用而是被明確規定為間接適用，即通過澳門本地的政權機構（總督和立法會）制定的法律予以實施。
值得注意的是，即使是國際特赦組織香港分會所引述的《公民權利和政治權利國際公約》的第二十一條「和平集會的權利」，也還是有限制的，就是其中的「除去按照法律以及在民主社會中為維護國家安全或公共安全、公共秩序、保護公共衛生或道德或他人的權利和自由的需要而加的限制。」
對此，曾任聯合國預防犯罪和刑事司法官員的中國政法大學訴訟法研究中心專職研究人員的楊宇冠博士，在其《人權法－－〈公民權利和政治權利國際公約〉研究》一書中就指出：集會的權利並不是一項絕對的權利，它要受到一些限制，《公約》第二十一條就列舉了「按照法律以及在民主社會中為維護國家安全或公共安全、公共秩序，保護公共衛生或道德或他人的權利和自由的需要而加的限制」。其中「按照法律」一詞指按照各個國家關於集會的法律以及規範其他行為的法律。各國對於集會的法律規定差異比較大，但大體上存在下列限制：第一、對集會方式的限制。集會必須以和平的方式進行，不得行使暴力；不得危害公共安全和公共秩序；不得妨礙公務或干預審判；不得妨礙他人。第二，對集會地點的限制。集會可分為室外集會和室內集會。對於室內集會，各國法律無規制。對於室外集會，一般是指在公共場所進行的集會，如街道、公園、廣場等。但並非所有的公共場所均可以集會，各國對於在特定場所舉行的集會採取嚴格的特許制度或監控制度。第三，對集會時間的限制。各國對於集會時間也有不同的限制，有些規定交通高峰期間不得在交通要道舉行集會，有些規定夜間集會要保持安寧。
一些國家舉行的集會要在當局登記，以便國家提供必要的便利和保護；一些國家不需要事先向主管當局申報。申報又分為兩種：呈報制和特許制。呈報制是人民在舉行集會時必須按照法定時間向主管機關報告，但無須許可即可舉行。英國、法國和德國等都是實行呈報制的國家。特許制是指在舉行集會前必須事先在法定時間內向主管機關申報，在獲得主管機關的批准後，方可進行，否則即為違法。日本、美國的一些州都實行特許制。各國有關當局可以禁止舉行集會，也可以限制或改變集會的時間、地點和路線。對於非法的集會可以制止、中止或解散。對於抗拒指令，擾亂秩序的嫌疑分子可以逮捕。但是這些權力應當謹慎使用，以符合《公約》中所列舉的對集會的限制。
由於在目前，澳門特區尚未為適用兩個國際人權公約制定專門法律（香港回歸前曾為此而制訂了《人權法案》），因而澳門特區適用《公約》中各項規定（已宣布作出「保留」的「自決權」等四個條文除外）的法律，就包含或分散在《澳門基本法》或各相關的法律中。如《公民權利和政治權利國際公約》第十九條「言論自由」，主要是《出版法》及《廣播電視法》；而第二十一條「和平集會之權利」，則主要是《集會權及示威權》法律。
至於「民間公投」，由於終審法院裁定它並不是「集會」，因而不適用《集會權及示威權》法律，但仍須遵守《公共地方總規章》和《個人資料保護法》等法律的規定，根本不存在所謂「以不同形式打壓」的問題。