朱立倫接任中國國民黨主席後，在處理幾件黨務事項上，顯出其既堅持原則又手腕靈活的手法，尤其是能夠凸顯依章領黨的正派作風。其中，不再使用「榮譽主席」稱銜及謹慎處理王金平黨籍案，就顯得比修讀法學出身的馬英九更懂得依法辦事。
實際上，「榮譽主席」之設，在黨章中並無明定。只不過是在二零零五年，當時的黨主席連戰剛完成「和平之旅」，與胡錦濤達成「兩岸和平發展共同願景」，無論是在黨內還是在社會上，都擁有極高的聲望，可以說是「如日中天」；但馬英九卻為了自己（當然也是國民黨以至是台海和平）的「二零一八」前景，而要求仍可爭取連任的連戰卸職，自己則策馬上陣與王金平競爭黨主席。馬英九當選後，為安撫連戰，而向全代會提議聘請連戰出任榮譽主席，並在自己不便以國民黨主席身份前往大陸出席相關國共平臺的活動時，由連戰以榮譽主席的身份登陸。後來，馬英九當選並出任「總統」後，親自「撕毀」自己在競選過程中作出的「當選後不兼任黨主席」承諾，再次勸退了當時的黨主席吳伯雄，同樣也向吳伯雄授予榮譽主席的職銜，並改由吳伯雄繼續擔任前往大陸參與國共平臺活動的角色，連戰則是按「AOEC」慣例，作為馬英九的「領袖代表」，出席「APEC」領導人正式會議。隨後，又因應副主席林豐正、蔣孝嚴、詹春柏的離任，而分別聘任他們為榮譽副主席。
馬英九為對國民黨「九合一」選舉敗選負責而辭主席職後，有中常委循例向新任黨主席朱立倫提案，建議增聘馬英九為榮譽主席。但似乎馬英九也感覺到了甚麼，透過「總統府」發言機制表示，國民黨內已經有兩位榮譽黨主席，應足以協助國民黨新任主席朱立倫，馬英九感謝黨內有此提議同志的好意，但仍決定婉謝。朱立倫則「順水推舟」，連連戰、吳伯雄兩人的榮譽主席也不再提起，而是以「前主席」稱之。既然如此，林豐正、蔣孝嚴、詹春柏也應是被「褫奪」了榮譽副主席。
朱立倫這樣做，既合理，也合法。在理的方面，隨著時間的流逝，今後國民黨還將會有更多的正副主席卸任，倘統統予以正副榮譽主席的職銜，豈非「累積一大堆」？倘為避免出現此流弊，對日後卸任的正副主席也不公平，或是將會因「A有B沒有」而形成「差別待遇」，從而影響黨內團結。因此，籍著具有「總統」的更高實質權位的馬英九婉拒出任榮譽主席，索性全部予以取消，倒是一個合理而又正確的做法。
而在黨內規章方面，正如朱立倫所言，《中國國民黨黨章》並無此職務設置。因此，他決定此後不但是不再增聘榮譽正副主席，而且已經聘任的榮譽正副主席也不予繼續承認，正是嚴格執行黨章的依法領黨行為。儘管黨內有人說，榮譽正副主席是不給職的，在黨中央也沒有具體職權，繼續使用也沒有什麼不妥，但如以依法治黨的觀點出發，還是朱立倫的認知較為正道。當然，他為了避免影響黨內和諧，及避免連戰、吳伯雄等黨內元老滋生不愉快情緒，而並沒有公開表態表明究竟是取消還是繼續保留榮譽正副主席的稱銜，但以「前主席」的稱銜稱呼連戰、吳伯雄，已經是含蓄而又明確的「借代語言」。
朱立倫並非法學專業出身，他在美國修讀的是會計學博士席位。但卻比修讀法律博士學位的馬英九，更懂得嚴格依照黨內規章行事。其實馬英九要授予連戰、吳伯雄榮譽主席，除了是含有安撫性質之外，其實也不是什麼壞事，起碼符合當時的黨意民心，而且也方便兩人先後代表國民黨前往大陸進行國共平臺的活動。因此，倘馬英九能夠想得周延一些，在全代會上提議聘任連戰為榮譽主席之時，先行提議修訂黨章，增設「榮譽主席」一章，就具有合法性及正當性了。
實際上，《中國國民黨黨章》的第四章是「總理」，第五章是「總裁」，第六章才是「主席」，這是在孫中山」蔣介石先後逝世後，隨後召開的黨代會為了紀念兩人，而制定了這兩個章節，將兩人生前分別在黨內擔任的「總理」或「總裁」職務，永遠保留給二人。而此後的黨魁，就以「主席」稱之。因此，既然要增設「榮譽主席」，也應透過修訂黨章而為之，而不是隨意授之，顯得並不嚴肅。何況，馬英九為了防止「九合一」選舉敗選後，自己可能會被「逼宮」引咎辭職，以示負責，因而在有黨代表強烈反對下，仍要主導全代會修改黨章，增設「本黨黨員為總統時，自其就任總統之日起即兼任本黨主席，卸任總統時亦同免兼任之，不適用本條相關選舉產生及任期之規定」的「馬英九條款」，為何當年在授予連戰榮譽主席，及後來再增聘吳伯雄為榮譽主席時，就沒有想到要為此而修訂黨章，增設「榮譽主席」的章節？
朱立倫依法領黨的作為，還表現在處理王金平黨籍案方面。在「九月政爭」中，朱立倫就以「家和萬事興」來表達對王金平的同情，及對此事可能會影響國民黨團結的憂慮。而在補選黨主席過程中，他也表達了在當選後將會妥善處理該案的態度，甚至明確表明將會撤案。但在首次主持中常會，當有二十多位中常委和四十五位「立委」連署提案，要求黨中央撤案時，他卻是裁示「緩處理」，但又任命「王系」色彩濃厚的副秘書長黃昭順代理考紀會主委，等於是讓「王系」人馬處理「王案」，「解套」的意味十分強烈。
朱立倫這樣做，有其苦衷。一方面，「解鈴還須系鈴人」，撤銷王金平黨籍的決定雖然是馬英九作出的，但在程序上卻是由考紀會來執行，因而撤案還需由考紀會自行解套，這才符合程序規定，而無須由當初並不贊成撤銷王金平黨籍的現任主席來進行「職務繼承」。何況，這也可以在馬英九與王金平之間取得平衡，兩面討好或不得罪，也能維繫考紀制度，避免由此而讓全黨滋生「不怕考紀會」的渙散情緒，從而藉此維護黨紀，促進黨內團結，並鞏固自己的領導地位。
朱立倫倘是將「王案」退回考紀會處理，由於黃昭順是」王系」人馬，相信將會以導向有利於王金平的方式處理。並在此基礎上，針對法院有關國民黨考紀會並非是由黨代會選舉產生，因而其所出的處罰決定不具民意基礎，而須宣佈無效的裁決，而研擬修改黨章。這樣，就更凸顯朱立倫依法領黨的精神。這就可在客觀上，型塑他比馬英九更高明的形象。