最近，陳水扁和馬英九兩人在卸任後皆面對司法問題，而目前看來，馬英九面對的官司比陳水扁還多。媒體報導，控告馬的案件2015年有127件，2016年迄今有17件，僅僅兩年就有144件。但正式公佈與馬英九有關的司法案件有24件，已經分派給10位法官處理。這24則司法案件，有2件事實明確列為「偵字案」，其餘22案因為犯罪細節待查證，暫時列為「他字案」偵辦。
總的來說，相關司法單位並沒有公佈馬英九涉及的案件，但可能是「貓纜、內湖捷運、美河市、大巨蛋圖利遠雄、黨產交易案、國民黨產侵佔案、外患罪、特別費認養流浪犬馬小九、藝人郭美珠拍到領帶卻未收到的詐欺案、納莉風災廢弛職務罪、黃世銘洩密案」等等。
「臺北市大巨蛋案」
根據臺北市政府廉政透明委員會完成的「遠雄大巨蛋案調查報告」，在大巨蛋案議約過程中，馬英九和趙藤雄在2004年9月20日會面時，避開正常議約程式及錄音錄影，擅自放棄臺北市政府應獲得的「營運權利金」，以修改合約方式圖利遠雄，免除遠雄的營運權利金。
「國民黨產三中交易案」
國民黨旗下「中投公司」控告「中影」買家莊婉均、羅玉珍的判決書中披露，國民黨在出售「三中」契約裏，暗藏「回算機制」。「中投公司」在2006年4月27日與羅玉珍、莊婉均簽約，將價值98億元（新臺幣，下同）的「中影」以31億元賤價賣出。不過，合約清楚載明，若羅、莊兩人在未來三年內出售中影文化城、華夏大樓、新世界大樓等不動產，超出下限價格部分，必須與中投「分享利潤」。例如，倘若華夏大樓賣價超過15億，超出價額，「中投」82.5%持股部分必須給「中投」，而且「中投」還能指定羅、莊兩人把不動產賣給誰；如未能在三年內售出，「中投」仍可以下限價優先購買。
更重要的，羅、莊與時任「中影」董事長的蔡正元所簽署的秘密協議書載明，蔡正元以見證人身份參與此交易案，約定「中影」交易案分五次付款，第一、二次由莊婉均支付，第三、四、五次由蔡正元辦理增資、減資，拿賣出「中影」資產的所得來支付。這顯示出此筆交易是買空賣空。
「國發院土地交易案」
「國發院」大部份土地是國民黨從葉姓農家購得。1954年1月，國民黨未經地主葉中川同意，隨即佔用葉家4筆約8393坪土地興建房舍。葉中川不斷陳情後，國民黨在1961年左右同意簽訂租約，但每年租金僅新臺幣850元；然而，葉家每年卻需要繳納田賦折征代金、土地價稅、防衛捐等等約1770元。
葉中川眼見無法收回土地，只好向國民黨提議以當時公告地價每坪約400元的半額（即200元）賣給國民黨，但國民黨回絕。然而，1962年1月，葉中川在一份載明「雙方喜悅各無反悔」的契約上簽字，被迫以每坪5元、總價4萬多元將土地賣給國民黨。不過，葉中川始終拒絕領取這4萬多元。最後，國民黨在2005年以42.5億元賣給元利建設。
馬任黨主席的國民黨在2005年賣給元利建設前，被疑利用市長相關職權變更都市計畫，
將「國發院」土地的「機關用地」變更為「第三種住宅區」，有圖利國民黨與建商之疑。不過，「特偵組」以查無不法結案。
「富邦並北銀案」
馬英九擔任臺北市長任內同意富邦金控並購臺北銀行，北銀44個分行共擁有3545.63坪土地，以及27126.6坪樓地板面積不動產，在交易時未被列為資產重估鑒價，以早年購人價格作為交易計價基準，不僅損害臺北銀行股東及市政府權益，也有圖利私人財團之嫌。
此外，臺北銀行是於當時為業界體質佳的銀行之一，逾期放款比率低，臺北銀行獲利能力為富邦銀的2.7倍，1股臺北銀行只能換取1.142股的富邦金控股份，被認為是圖利他人。
馬英九於2006年11月卸任市長前，在沒遴選、沒招標、沒簽約的情況下，直接批公文下令由富邦擔任「代理市庫」,將市政府400多個機關學校公款款項，平均月存量高達約600-700億元存款均放在富邦銀行，而且60億元以下存款還不必付利息給市政府。
「美河市案」
美河市案臺北地院判決北府聯開處前處長高嘉濃10年徒刑、課長王銘藏4年徒刑，認定二人犯行致使臺北市政府受5億餘元「權值損失」之損害。不過，傾綠律師黃帝穎認為美河市案判決違反兩大「經驗法則」，有罪的小官可能只是馬英九、郝龍斌的「余文」。價值百億元的美河市案，決策層級豈是處長與課長可擅自決行，臺北市府在美河市案「圖利」財團是事實，可是決策的首長卻未被究責，不符經驗法則。
此外，美河市案爆發時，民進黨籍臺北市議員徐佳青指出，全案是馬英九擔任臺北市長時核定、簽約，日勝生不僅取得美河市聯開案，並在短短10年取得無數開發案、資產暴增；郝龍斌上任後，捷運局長常岐德、秘書長陳裕璋都是馬的人馬，質疑馬英九才是背後關鍵的影武者。
「貓空纜車案」
馬英九市長任內發包的貓空纜車，營運初期狀況連連。2007年，時任民進黨籍北市議員莊瑞雄等人到北檢告發，指控臺北市未驗收確實即營運載客,導致貓纜營運初期屢屢故障又求償無門，質疑馬英九有背信、圖利廠商之嫌。另一位民進黨議員徐佳青在2009年指出，由16名學者專家組成的貓纜問題調查小組，發現貓纜塔柱基樁與契約不符，足足少了100多公尺。T16和T17塔柱之間應有的塔柱卻消失，維護塔柱的1600萬經費流向不明。後來，T16因颱風被掏空，竟又編列1.3億元修復。此案從設計到施工被綠營認為疑點重重。
「黃世銘案洩密罪案」
2013年，「馬王之爭」震撼臺灣社會。2015年2月，臺灣「高等法院」認定黃世銘洩露偵察中的偵辦內容與通聯記錄等機密事項，依違反「通訊保障及監察法」以及「洩密罪」,判決黃世銘1年3月有期徒刑定讞。至於馬英九在「馬王之爭」中涉及一次「洩密罪」與兩次「教唆洩密罪」，據台「高等法院」黃世銘案相關判決及卷證資料，馬英九罪嫌重大。