馬英九在其第二任「總統」就職前夕，出席海基會新廈落成啟用儀式。本來，該新廈已於四月九日正式遷入使用，而其啟用儀式卻要安排在馬英九的第一個「總統」任期即將結束，第二個「總統」任期就要開始的時候舉辦，在海基會來說，當然是要藉此機會，彰顯自己在馬英九掌政後恢復兩岸談判中所獲成就；而在馬英九的角度，則是要再次提醒台灣民眾，馬英九在四年任內的政績還是裴然的，尤其是在兩岸關係事務方面，與陳水扁八年任內兩岸關係不但一無進展，相反還搞得十分緊張相比。因此，在民進黨要動員數萬群眾走上街頭參加「嗆馬」行動的時刻，這個「肢體語言」就更具有特殊意義。
正因為如此，馬英九出席海基會啟用儀式的致辭內容，及其某些「小動作」所要表達的「潛台詞」，就值得仔細嘴嚼。
在「潛台詞」方面，陪隨馬英九出席海基會新廈啟用儀式的嘉賓，有理所當然的「立法院長」王金平，候任「副總統」吳敦義，「陸委會」主委賴幸媛，及海基會首任董事長辜振甫的遺孀辜嚴倬雲等。而令人感到好奇的是，還有「國安會」秘書長胡為真，「國防部長」高華柱。
不知這樣的「陣容」，是出自海基會發出的請柬安排，還是來自馬英九及其幕僚對出席新廈啟用儀式陪同名單的規劃？因為由軍事及安全部門的巨頭出席旨在「化干戈為玉帛」的海基會新廈啟用儀式，與兩岸關係和平發展的現狀和前景都似是極不合拍，甚至還會令人產生「倒退回當年兩岸軍事冷戰對峙狀態」的錯覺。
如果說，胡為真的出席，按照《中華民國憲法增修條文》第二條第四款關於「總統為決定國家安全有關之大政方針，得設國家安全會議及所屬國家安全局，其組織以法律定之」，及《國家安全會議組織法》第二條「會議定位」關於「國家安全會議，為總統決定國家安全有關大政方針之諮詢機關。前項所稱國家安全，系指國防、外交、兩岸關係及國家重大變故之相關事項。」的規定，兩岸關係事務是「國安會」負責的業務之一，也就說得過去的話；那麼，高華柱的出席，則似是令人難明所以。
實際上，在過去實施「戒嚴」及《動員戡亂時期臨時條款》之時，兩岸關係事務確實是與軍事對峙緊密關連的，因為當時的「國策」就是「反攻大陸，還都南京」，因而實行類似現在朝鮮「先軍政策」的軍事體制，連「金門談判」也是由軍人參與並「監談」。但自大陸方面的全國人大常委會《告台灣同胞書》發表，及台灣方面的廢止《動員戡亂時期臨時條款》之後，海峽兩邊都將兩岸關係事務的定位為非軍事狀態，並朝著結束國共內戰的方向發展。在「胡連會」《兩岸和平發展共同願景》中，更是將「促進終止敵對狀態，達成和平協議」列為第二次序，僅次於「置頂位置」的「促進盡速恢復兩岸談判，共謀兩岸人民福祉」，並明確地指出國共兩黨及兩岸當局都應「促進正式結束兩岸敵對狀態，達成和平協議，建構兩岸關係和平穩定發展的架構，包括建立軍事互信機制，避免兩岸軍事衝突。」為此，馬英九去年十月在「總統」競選過程中，還表明將在第二個「總統」任內，將與對岸進行洽簽「兩岸和平協議」的談判。
但在此時此際，「國防部長」竟然出現在主要職掌為進行兩岸關係的海基會的新廈啟用儀式上，則不禁令人有與上述精神背道而馳的感覺。如果高華柱是趁此機會，表達與大陸解放軍談判或有所默契地共同捍衛南海領海主權，及保衛釣魚島，當然是符合兩岸關係事務的情境背景，並更為符合馬英九當年在美國哈佛大學修讀法學博士學位時，是研究東海大陸架及釣魚台的主權歸屬，後來據此博士論文出版《從新海洋法論釣魚台列嶼與東海劃界問題》一者的學術背景。
因此，只能以另一角度為切入點，馬英九是趁在第二個「總統」任期的前夕，再次強調「國防」、「外交」及兩岸關係事務是他作為「總統」的專屬職權。實際上，台灣的政治體制有點怪異，本來按照《行政院組織法》規定，「外交部」、「國防部」、「陸委會」都是隸屬於「行政院」的一級機構，其負責人也是「行政院會」的出席者亦即「閣員」。而「憲法增修條文」的「國家安全會議」設計，則將上述部門及其業務透過《國家安全會議組織法》劃歸「總統」。這是「雙首長制」的設計，「行政院」就成了「經濟內閣」，必須讓出「外交」、「國防」及兩岸關係事務的大權。因此，馬英九籍著出席海基會新廈啟用儀式，把「國安會」的組成人員都拉來作陪，但卻缺少了一位「外交部長」。
馬英九在致辭中，表示過去制定兩岸相關法規，很多已經與現實有段距離，因此「陸委會」已開始全面檢討大陸事務法規，務必能讓他趕上時代，因應未來的發展。
馬英九的這個談話倘是衝著「修訂兩岸關係條例」而來，應該是令人感到振奮的。因為「兩岸關係條例」是在一九九二年七月三十一日頒佈的，受到當時兩岸關係形勢的局限，對發展兩岸關係仍然設置許多障礙。盡管後來幾經修訂，仍是難以適應急速發展的兩岸關係新形勢，確實是需要全面翻新修訂了。實際上，在七次「陳江會」所簽署的十六項協議中，就有一些內容因受到《兩岸關係條例》的限制，而未能達至最臻完美。
但事後江丙坤卻向媒體表示，馬英九的談話內容，主要是針對海峽兩會互設辦事機構事宜，而不及於其他，尤其是並非針對台商兼任政協委員一事，則未免令人感到失望。江丙坤說，修例只是及於海峽兩會互設辦事機構，是因為大陸海協會曾就兩會互設辦事機構提過案，但照「兩岸關係條例」規定，兩會要互設辦事處需要立法，還待「陸委會」展開相關法律的研究工作，兩會互設辦事處的進度將視立法進度決定。不過，江丙坤又指出，台商在大陸兼任政協委員，屬於「特邀」、「特聘」性質，並非正式編制，也只有針對台商權益的建議權，海基會曾就相關議題提出報告，送交「陸委會」。
其實，海峽兩會互設辦事處，已有法源依據。實際上，《財團法人海峽交流基金會捐助暨組織章程》第四條就規定：「本會之主事務所設於臺北市，並得視業務需要，在海外及大陸地區設置分事務所」。據此規定，海基會已在台灣地區的中部、南部設立了分支機構，當然也為其在大陸設置辦事機構提供了法源依據。另外，「兩岸關係條例」第六條更是規定，「為處理台灣地區興大陸地區人民往來有關之事務，行政院得依對等原則，許可大陸地區之法人、團體或其他機構在台灣地區設立分支機構。」既然是「對等原則」，台灣當局當然也可批准海基會在大陸設立辦事機構。
現在，就只剩下專為執行上述兩個法規進行具體細則性立法的問題，通過修法而增訂此規範。但既然是要修法，就宜趁此機會，一併就已經暴露出來的不適合形勢發展的條文內容，也進行適當修訂。比如，在台刊發大陸地區廣告，大陸企業在台招商，台灣人民出任大陸地區的榮譽職務，大陸學生在台就讀權益，甚至是全面修訂，這就是為馬英九建立「歷史評價」的極佳機會之一。