馬英九「三•二二」狂勝後，目前正在島內進行「謝票」活動，出現了不少溫馨、熱烈場景。但似乎「謝票」的日程不宜安排得太長太多，因為他是在陳水扁搞亂了的「爛攤子」之上就職的，「撥亂反正」的任務相當繁重，有必要「高興一晚就好」，戒慎恐懼，提前介入，盡快籌備接收政權的工作，以便在甫一就職就能迅速進入角色，「小馬」識途，輕車上路。

然而，馬英九似是已有「勝利衝昏頭腦」的跡象。除了是「謝票」期搞得太長之外，還說了一些頗為輕率的話。比如，關於「中正紀念堂」正名的問題；又如，在尚未與美國取得默契之前，就丟出帶有「虛榮感形式主義」色彩並令到美國感到為難的「五•二零」前訪美的話題。其實，這些都不是馬英九當前的當務之急。現在他要做的，應是如何組建一個強有力的「政府」班子，以盡快兌現其在競選時向全體台灣民眾作出的承諾，及回應七百多萬張選票的熱切期待。其中，又以財經及大陸兩大範疇事務的班子，尤為重要。另外，也須開始搭構「五•二零」就職演說的框架。這篇只有萬餘字的講稿，表面看似容易，其實不然，恐要經過多次反覆推敲，不妨將其作業期安排得長一些。

馬英九必須提前籌備接收政權事宜，還鑑於陳水扁目前正在加緊毀滅證據，購買了五十七台碎紙機日夜加班銷毀文件，及「扁政府」趁在移交政權之前，在各政府部門安插自己的親信，或是各部門首長為自己的幕僚機要安排出路。因此，馬英九實在有必要盡速設立一個政權交接監察機構，嚴防陳水扁及「扁政府」在移交政權之前的「奧步」行為。

具體來說，根踞一分研究報告所建議，馬英九應當盡速成立「總統當選人辦公室」，下設「總統交接委員會」，置有總指揮一人及副總指揮、成員各若干人，負責「總統」交接的決策、指揮及管制，並監察及糾正陳水扁在移交政權方面的「奧步」行為。另設秘書處和業務處，專責政權交接的實務工作。其中秘書處包括交接儀式組、公關新聞室、對外聯絡室、管控室和總務室；業務處包括「國家」安全組、優先施政計劃組及一般政務組。

「總統交接委員會」的工作重點，是檢視陳水扁及「扁政府」各部門的組織執掌、重大政策、決策流程、人事問題並撰寫報告。主動與現任部會官員聯絡，建立與各部會之間的交接窗口，定期聽取業務、人事、檔案、預算和財產交接簡報；將前述各種報告彙集後撰寫業務交接計劃案、人事建議案、交接典禮案，向候任「總統」馬英九簡報並聽取指示，再依據指示修改各項計劃；在馬英九作成交接決策並公佈人事案後，向新的部會首長進行簡報，並協助及早熟悉相關業務。

有關研究報告指出，為避免「總統交接委員會」的運作不公正，或引發與競選團隊的緊張關係，總指揮與副總指揮最好避嫌不要擔任新政府的關鍵性職位（例如「行政院」秘書長或「行政院長」）。準此，有可能會出任「總統府」秘書長的詹春柏，或有機會出任「行政院長」的劉兆玄等人，就不宜出任「總統交接委員會」的正副總指揮。

在人事安排上，應在專業能力和個人忠誠之間取得平衡，避免政治酬庸，阻礙政策的推行。具體做法是先統計可任命的職位數目，並將各種職位依據重要性、專業性、代表性和酬庸性進行分類後再擬出建議名單，提供「準總統」馬英九參考。此外，應爭取留任各部門優秀人員（至少在新政府成立初期）並善用常任文官，避免機構記憶和重大政策的中斷，更重要注意人事更動是否會引起特定族群和團體的激烈反彈。

在確定各部會人事後，應舉辦政務官職前培訓活動，協助熟悉業務以及和文官、國會、媒體、政客的溝通及協調工作；新任官員應拜會各部會，聽取簡報，完成交接前的工作。

在政權交接後一週內，「總統交接委員會」應完成善後工作，並在解散前提出移交工作檢討報告。

新「總統」馬英九應以安定人心和政局為考量，在初期盡可能先延續既有的體制、法令和政策，避免引發具有實質否決權的勢力的強力抵制和挑戰。於鞏固政策後，再考慮推展體制性和結構性的政策。

在執政之初的蜜月期，馬英九應優先推行較能立竿見影的改革，透過所謂的「隧道效果」，逐步擴大支持群眾，再以之為後盾來推行較困難的改革。

馬英九及新「新政府」在就職一個月後應系統地檢討各部門的運作情況，加強縱向的溝通和橫向的聯繫，以及資訊的流通和政策的協調，並透過各種活動促進「政府」各部門在組織上和議題上的整合。