延宕了將近兩年共四個會期的「兩岸關係條例修正草案」，昨日傍晚終於獲得通過。台聯黨提出的不核發大陸配偶身份証及戶口名錄、無選舉權、不得擔任公職及組織政黨，大陸學校不得到台灣招生，兩岸通航非經主管機關許可不得航行至大陸地區等五項「修正動議」，盡管獲得十餘名民進黨籍「立委」違紀支持，但在民進黨、中國國民黨及親民黨黨團的聯手反對下，均以極為懸殊的差距遭到否決。民進黨團與國、親兩黨黨團首次「攜手合作」，使到「兩岸關係條例修正草案」的獲得通過及台聯黨團開歷史倒車圖謀的徹底破產，這除了是因應了「歷史潮流不可阻擋」的發展規律之外，也折射出陳水扁選情緊急，民進黨不敢在「兩岸直航」及涉及到人權問題的「兩岸人民婚配自由」等問題上逆歷史潮流而動，以避免失去大量選票。
實際上，國、親兩黨要搶在「總統」大選啟動之前完成「兩岸人民關係條例修正草案」及「總統副總統選舉罷免法修正草案」等法案的立法程序的心態，十分明顯。另外，民進黨團也決意要讓「司法院組織法修正草案」能在距離十月六日期限屆滿後最短的時間內完成立法程序。而台聯黨團則要逆歷史潮流而動，為兩岸關係發展製造障礙，及阻擋連戰，宋楚瑜當選「總統」、「副總統」，就「總統副總統選舉罷免法修正草案」提出「阿諾〔台生〕條款」、「宋楚瑜條款〔候選人欠稅不得參選〕」限制所折射出的焦急情緒，也頗為強烈。於是，四黨黨團都下達了「甲級動員令」，要搶在「雙十」三天假期之前進行「決戰攻防」，令到原已排定日期前來港澳地區參加「雙十」活動的朝野各黨「立委」代表，也被迫臨時決定取消行程。經過激烈較量，台聯黨團提出的所有的條款動議，均遭民、國、親三黨黨團聯手封殺。台聯黨團決意杯葛的「不同政黨候選人可以同組參選」條款，也獲順利通過，為「連宋配」參選提供了法源依據。
十一年前頒佈的「兩岸關係條例」，採取了一些放寬兩岸交往交流限制的措施，相對台灣當局原來所持的「三不」立場來說無疑是一大進步，客觀上有利於兩岸交流和往來，應當予以必要的肯定。但是，該「條例」仍然阻撓直接「三通」，而且用立法形式限制兩岸關係的進一步發展，繼續歧視大陸人民，有些限制和歧視性的規定反而因為「條例」的正式實施而變得更為嚴格。經過十一年來的實踐，已經証明該「條例」不但未能適應兩岸關係發展的實際情況，而且也極為不利於台灣經濟的繁榮發展。因此，前年七、八月間召開的「經發會」，確定以「積極開放，有效管理」取代現行的「戒急用忍」政策。為適應這一政策轉變，當局著手修改「兩岸關係條例」，但進度甚慢。國、親兩黨黨團被迫於去年六月間在國民黨籍「立委」章孝嚴所提動議的基礎上，提出「直航動議案」。經過「陸委會」主委蔡英文與國、親黨團緊急斡旋協商，達成全面修訂「條例」的共識。但「行政院」去年九月下旬向「立法院」送交「條例」的修正草案之後，又遭台聯黨團強力阻撓，而親民黨籍「立委」馮定國等人亦提出了比「行政院版」更為激進的「給我直航，其餘免談」訴求，使到「修正草案」先後在去年十一月間及今年七月初的「臨時會」上，均未能如期完成立法工作，據說曾急得蔡英文淚灑議場。
因此，盡管昨晚通過的「兩岸關係條例修正草案」，仍有一些不如人意之處，對徹底解除「戒急用忍」束縛所邁的步子仍不夠大，但在目前階段而言，尤其是在「台獨」勢力猖獗，大搞「台灣正名」、「一邊一國」、「兩國論」、「推動新憲法」等「台獨」活動之際，能使「條例」仍能守住「國統綱領」的底線，而且也對大陸當局提出的一些涉台政策作出了善意的回應，相對地還是有利於兩岸關係的發展的，因此還是顯得頗為難能可貴的：
一、該「修正草案」在第一章「總則」的第一條，仍保留「國家統一前」的提法，堅持了「國統綱領」的底線，而其第二條有關「名詞定義」的規定，仍是使用「台灣地區」、「台灣地區人民」及「大陸地區」、「大陸地區人民」的概念，並將「大陸地區」繼續定義為「指台灣地區以外之中華民國領土」，也符合「國統會」關於「一個中國」涵義的詮釋。這對「一邊一國論」、「兩國論」、「催生新憲法」等「台獨」逆流，不啻是一記有力的鞭笞。
二、在兩岸通航方面，由過去的「全面禁止」修正為「許可制」，為兩岸「直航」賦予了法源依據，對台灣當局企圖拖延「三通」具有一定的制約作用。而且，也對北京提出的「民間對民間，行業對行業，公司對公司」協商「直航」事宜的提議，作出了善意的回應，設立了「複委托機制」，亦即由「陸委會」授權的民間機構，得以和大陸的民間機構進行協商，使到兩岸兩會將不再是唯一的協商管道，這也等於是台灣當局間接承認意圖在尚未回到「一中」立場及承認「九二共識」之前，就催迫大陸當局恢復兩會談判的圖謀，已經失敗。
三、對大陸企業赴台投資或從事業務活動並設立分公司或辦事處，由「全面禁止」改採「許可制」，並准許民眾攜帶「財政部」所定限額的人民幣進出台灣。與此同時，也對台商赴大陸投資放寬限制。這些，均有利於兩岸經貿交流的深入發展。
四、台灣人民進入大陸地區廢除「許可制」，改採一般出境查驗制度。從事經貿活動的大陸人民也從過去的禁止在台灣地區停留，改為得依法令在台灣地區停留，居留期最長三年，期滿後得申請延期。在此基礎上，以「許可制」方式，允許大陸人民、法人、團體或其他機構在台灣地區購置房地產物業。這有利於兩岸人民交往。
五、由過去的全面禁止台灣地區各級地方政府或各級地方立法機關，與大陸地區地方機關締結聯盟，改為「半開放制」，亦即在經「內政部」會商「陸委會」報請「行政院」同意下，可以從事該項兩岸地方政權機關的交流活動。
此外，還有大陸配偶可以定期申請在台定居，大陸學校可以赴台招生等新規定，都有利於兩岸人民交往交流，也符合人道精神。
當然，這項「修正草案」的立法精神，只是如蔡英文所言「貼近兩岸關係現狀」，亦即是將現在「檯面下」已進行的事務予以「檯面化」而已，仍然缺乏前瞻性及開拓性。而且，在目前階段急需解決的大陸學歷認可，大陸人民赴台旅遊，台商擔任大陸地區人大、政協等政治公職……等事項，仍未得到回應。因此，也就只能以「雖可接受，仍不滿意」來評價這項「修正草案」了。