隨著選戰的深入進行，及陳由豪三封傳真函的公開，自我標榜為「清流」並聲稱「反黑金」的陳水扁，卻越來越暴露出其與黑金勾結的真面目。而他所接受的諸多政治獻金中，就有「通緝要犯」陳由豪捐贈給與他關係密切的「福爾摩沙基金會」，以及他的競選總部。

眾所周知，「福爾摩沙基金會」是陳水扁為參加各種選舉而成立的「金庫」。實際上，無論是在「立委」、台北市長，還是二零零零年的「總統」大選中，「福爾摩沙基金會」都為陳水扁扮演了關鍵性的「金庫」角色。而這個「福爾摩沙」的稱謂，也可窺見陳水扁早就懷有「台灣獨立」的潛意識。──「福爾摩沙」是葡語「美麗」的音譯。當年葡國人的「航海拓展」事業擴展到日本時，葡國船員從台灣島沿海經過，看到台灣島的美麗風光，於是以葡語高聲呼贊「美麗」。此後，在外國出版的地圖或地理著作中，都把台灣標記為「FORMOSA」。直到一九七一年中國恢複在聯合國的合法地位後，經過中國代表團的交涉，聯合國的文件和聯合國各會員國的出版物，才逐漸棄用「FORMOSA」。但是，台灣地區的黨外人士仍念念不忘這個明顯地是要將台灣疏離於中國大陸的稱謂，故他們在創辦全島性的政治反對雜誌時，就將其命名為《美麗島》。「美麗島事件」發生後，陳水扁作為案中被告者的辯護律師，開始走上政治活動道路。因此，他後來所成立的「金庫」組織，就起名為「福爾摩沙基金會」。既是念念不忘「FORMOSA」所蘊含的「台灣獨立」涵意，也是為了凸顯自己與「美麗島事件」的密切關係。

「福爾摩沙基金會」成立於一九八七年。在此之前，陳水扁擔任社長的《蓬萊島》雜誌因刊登一篇指責馮滬祥的論文是抄襲美國學者著作的評論文章，而被馮滬祥以「誹謗罪」提出控訴。地方法院一審判決陳水扁罪名成立，判刑一年，並須民事賠償二百萬元。而在此之前，陳水扁參選台南縣長失敗，吳淑珍遭遇車禍又花了一筆巨額的醫療費用，手頭拮据。陳水扁出獄後，擔任「輪椅立委」吳淑珍的「特別助理」，並在「立法院」率先成立了第一個「國會議員專屬辦公室」。為培養自己的人脈和親信，及為自己參加政治選舉籌措經費，便成立了「財團法人福爾摩沙基金會」。後來陳水扁參選兩次「立委」、兩次台北市長，及參加二零零零年「總統」大選，「福爾摩沙」都是關鍵性的金庫。而真正讓陳水扁人脈壯大的，是在陳水扁擔任台北市長的四年。「福爾摩沙基金會」與「台北市文化基金會」互相呼應。這兩個私自打造的「政商軍團」，一直是比民進黨黨中央還要大。

陳水扁在擔任台北市長期間，透過「福爾摩沙基金會」接受的政治獻金不計其數，包括後來被檢調單位約談前直奔陳水扁總部求救的台鳳集團總裁黃宗宏，及因為大手筆開發台北市而透過當時的新聞處長羅文嘉捐輸的國揚候西峰。不過，這些企業一出事，陳水扁也就立即劃清界線，深怕被涉及。在國民黨籍台北市議員的壓力之下，陳水扁曾經公佈「福爾摩沙基金會」和「台北市文化基金會」的部份資金來源，其中有不少是來自國泰、富邦等大財團的捐助。

但是，當時每當有人提出「福爾摩沙基金會」的問題時，「扁團隊」都口徑一致地說，「福爾摩沙基金會按規定必須接受市教育局監管，每年國稅局都查稅」。然而，「福爾摩沙」的神秘，連許多擔任過陳水扁「國會助理」的「扁團隊」成員都不清楚，十幾年來的財務大臣黃維生都是由吳淑珍親自指派。在二零零零年大選時，黃維生還擔任過為陳水扁充任相當重要財務籌措角色的「扁帽一族股分有限公司」的董事。今年，為了不落人口舌，已經擔任一銀金控監察人多年的黃維生，不再擔任「福爾摩沙」的財務長，而是改由陳水扁夫婦最信賴的御醫──新光醫院副院長黃芳彥擔任。

「福爾摩沙」的董監事，幾乎都是與陳水扁關係最久的企業人士。除了去年新任的台視董事長江霞之外，十五年來「福爾摩沙」的董事變動並不大，包括華裕藥業公司負責人蔡橫松、盛新貿易董事長林繁男，統一翻譯社社長方振淵，台北農產運銷常務董事林漢溪，另外還有東昇金屬公司董事長洪登科，律師梁穗昌，通信海空運輸公司董事長林文傑等。而「福爾摩沙」的董事長職務，則由吳淑珍親身披掛上陣。

這群「福爾摩沙」的董事，幾乎都是陳水扁選舉時的重量級椿腳。而取名「福爾摩沙」的這個基金會，也吸收了一批「台獨」意識相當濃重的企業人士。故此，「福爾摩沙」的董監事都是清一色的本土企業主。現在是「台北市扁擔會會長」的林溪漢，是陳水扁的義工部主任，並曾自掏腰包為陳水扁支付龐大的「立委」助理費用。洪登科曾任「福爾摩沙聯誼會」創會會長，及陳水扁選市長、陳定南選省長以及彭明敏選「總統」時的財務負責人。

值得注意的是，「福爾摩沙」的成員，大多是國際扶輪社三０八四區北門扶輪社的社員。其實，陳水扁也是這個扶輪社的成員。一九八七年吳淑珍帶著輪椅選上「立委」，靠的就是陳水扁在扶輪社的社友們全力相挺。而陳水扁在扶輪社中的英文名字，就叫做「福爾摩沙」，故「福爾摩沙基金會」的直譯，就等於是「陳水扁基金會」。也正因為陳水扁與扶輪社有此淵源，故國際扶輪社的年會，也曾在台北市舉行；而台灣地區的一些扶輪社組織，也曾上演過「抗議」北京要其冠上「中國台北」的地域名，並提出要「正名」的鬧劇。