「行政院長」劉兆玄上任接近四個月以來，由於受國際大環境影響及受困於陳水扁留下的「爛攤子」，在經濟領域上顯得一籌莫展，束手無措，難以兌現「九萬兆」的承諾。但在非經濟領域，劉兆玄卻常常有令人驚喜的表現。前日，劉兆玄主持的「行政院」跨部會會議，就通過了「教育部」的提案，決定調整中文譯音政策，改採漢語拼音，就是一項令人驚艷的決策。這項決策，不但把前朝民進黨當局顛倒了的歷史再顛倒過來，而且也有利於台灣地區與國際接軌，提升台灣的國際競爭力。當然，在兩岸所使用的文字、語言，已經是在漢字華語一體的基礎上，又增加了拼音一體，亦有利於兩岸的文化融合，更有利於台灣民眾抗禦「文化台獨」。
從尚在大陸時期開始，國民政府就一直採用「國語注音」，作為學校識字教育及字辭典注音的工具。一九四九年之後，祖國內地的小學校仍都繼續沿用這種「國語注音」。直到一九五八年，國家文字改革委員會研擬出以拉丁字母為基礎的「漢語拼音」，才全面取代「國語注音」。近年來，隨著中國國際地位的日益提高，漢語拼音被推廣到全世界並得到國際社會承認。一九八六年，聯合國決定，中國地名、人名的英文拼串方法，全部採用漢語拼音模式，如過去「北京」的英文是「PEKING」，此後一律採用漢語拼音的「BEIJING」。國際標準組織（ISO）也已接受中國申請注冊，認定漢語拼音為漢語標準。因此，漢語拼音是國際通行的中文拼音模式，外國人學習中文，也基本上是從漢語拼音入手。尤為重要的是，全世界各種主要文字的電腦資料庫，都是以漢語拼音作為包括台灣地區在內的中國地名、人名的譯音。
上世紀末，李登輝當家時的台灣當局為了配合「務實外交」及「走出去」的策略，開始研擬台灣地區的地名、人名外文譯音，也採取漢語拼音。經過四年多的研究工作，當時的台灣當局認為，漢語拼音具有標準和國際化的功能及優勢，是其他的任何拼音方案都無法取代的。為此，當時的「行政院」副院長劉兆玄，於一九九九年七月二十六日宣佈將採用漢語拼音，並責成「教育部」研擬具體實施方案。而當時的「教育部長」楊朝祥，是榮毅仁的外甥，積極執行劉兆玄的指示。但是，卻有「獨」派人士提出反對意見，其理由是漢語拼音是中國大陸發明及使用的，如果台灣地區也予以採用，就會給予國際社會「台灣已與中國統一」的印象。此「理由」受到李登輝的重視，曾「吹風」要「教育部」暫緩執行。緊接著台灣「總統」選舉「變天」，劉兆玄的指令也就不了了之。
然而，由馬英九出任市長的台北市政府，堅持台北市的地方自治權，不理會李登輝的暗示明令，由市政府民政局主持，陸續將台北市的路牌、交通標示牌等，更換上分別用中文及以漢語拼音標示的英文，以方便海外遊客識別。據說，此項工程耗費了二千多萬元。此舉獲得外國遊客的贊賞和肯定，認為給他們帶來了很大的方便。另外，「交通部」也將全島八成以上的高速公路路名牌，以漢語拼音方式標示英文。
陳水扁上台後僅不到半年，就全面推翻劉兆玄、楊朝祥的決策，指示「教育部」棄用漢語拼音，改推充滿本土色彩的「通用拼音」。當時任「教育部長」的曾志朗，雖然認同及支持漢語拼音，但為了避免落得個如同唐飛的立場，祇好採取堅持個人學術觀點及不得失執政黨的雙管齊下手法，將漢語拼音與「通用拼音」方案一同提交「行政院」定奪，將矛盾上交。但是，陳水扁和「行政院長」張俊雄仍是決定，採用「通用拼音」方案，並繞過曾志朗，由屬於民進黨「新潮流系」的「教育部」副部長范巽綠公佈「中文譯音統一規定草案」，規定島內人名、地名、街名的中文英譯拼音，均採用「通用拼音」。
所謂「通用拼音」，是台灣地區一群本土意識濃厚的文字工作者研發而成，其主要創製者為「中研院」民族研究所研究員余伯泉。它同樣亦採用拉丁字母來拼串，但就考慮閩南語及客家話、原住民語的因素多些。實際上，如果單純用漢語拼音來翻譯原住民語、閩南語及客家語，確實是有不夠準確之嫌，這原理與漢語拼音也無法準確拼出粵語的發音一樣。因此，余伯泉等人所研發的「通用拼音」，是既能標示國語，又能標示台語的拼音方式。
為此，「通用拼音」與漢語拼音相比，約有百分之八十五左右的音節是拼法完全一致，另有百分之十五左右的音節，是以台灣「本土語」發音拼音。它雖然能準確地拼出台灣地區一些方言的發音，但在使用之後，卻造成了極大的困擾。比如，一個外國人要在台灣地區以外的圖書館，查閱台灣地區的某一個人名或地名，他在電腦輸入關鍵字時，因為歐美的圖書館都是採用漢語拼音，故如果他打的字是與「通用拼音」相同的百分之八十五那部份的話，就不會有問題；但如果他不幸打的關鍵字正巧是不相通的百分之十五的那一部份，他就根本無法在電腦中查出所需要的內容，或是查出來的資料是錯的。相反，既然漢語拼音的主要功能是對台灣的地名、人名作英文譯音標示所用，而台灣的地名、人名在向國際作英文翻譯時是以國語為發音標準，那麼，漢語拼音就完全適用，而無須考慮那個方便於準確拼串方言發音的「通用拼音」。後者只是適用於以閩南語、客家語及原住民語發音識字的場合。
由此可見，漢語拼音與「通用拼音」之爭，雖然在表面上看，是一場「學術」之爭，但卻隱潛著「大中國」與「台灣本土」意識，及「統」與「獨」理念之爭。這從分別堅持兩種不同拼音人士的省籍、政黨、政治立場等背景中，就可以管中窺豹，一目了然。
在再次「政黨輪替」後，由於從馬英九、劉兆玄到曾志朗（現任「政務委員」，受命主持負責研擬並提案改用漢語拼音的「行政院」國際生活環境推動小組的工作），都是主張採用漢語拼音的，故在行政實務操作中，都在「鴨子划水」般地轉用漢語拼音。比如，在北京奧運期間，台灣當局的相關外文宣傳品，都使用了「BEIJING」的英文中譯。而一些政府官員的名片，其英文譯音也採用了漢語拼音。
其實，馬政府要調整中文譯音政策，也是在實施「通用拼音」七年多來的實踐中，證明了「通用拼音」「窒礙難行」。實際上，中文譯音路名是給外國人看的，在採用外國人看不懂的「通用拼音」後，外國人到台灣旅遊觀光，簡直是「霧煞煞」。更重要的是，當民進黨當局整日價叫嚷要「開拓國際空間」時，但其對外文宣材料都是採用「通用拼音」，使到其宣傳效果大打折扣。為此，連民進黨中人也不以為然。比如，高雄市長陳菊為了向世界各國推銷「世界運動會」，毅然決定採用漢語拼音。這也就難怪，在再次「政黨輪替」後，有過外國留學經驗、深知「通用拼音」難以與國際接軌，及漢語拼音已成為國際主流的馬英九、劉兆玄、曾志朗等人，那麼決斷地要將被陳水扁一伙顛倒了的歷史，再顛倒過來了。