由於有六個即佔四分之一強的縣市已升格為直轄市而不在二零零九「三合一」選舉之列，而這些縣市無論是人口還是經濟實力都強於參與選舉的十七個縣市，故這個「三合一」選舉尤其是其中的縣市長選舉，是一個並不完全的選舉，因而不論國民黨的選績如何，都不應將之視為「馬英九的中期試」。但綠小勝藍大敗的選舉結果，卻又確是給馬英九敲響了警鐘：不但是其「光環」已經黯淡，而且其作為執政黨和政權領導人所必備的魄力，也已被證明是大缺失。如果這種若勢在未來兩年多內未能得到改善，二零一二年的「總統」衛冕戰，獲得連任的機率就將會大降，這將會對兩岸關係和平發展的前途構成嚴重的威脅。

國民黨雖然是執政黨，掌握了行政資源，但由於馬英九的個人魅力不再、頭上光環退色，陳水扁貪腐弊案的「紅利」已經消費殆盡，及馬英九失去陳水扁「反輔選」的奧援，而丟失了馬英九力保的宜蘭縣。而「選戰菜鳥」蔡英文卻首次打贏了沒有陳水扁參與的選戰，即使不是大贏，但也贏得光彩，在明年五月競選黨主席時，那些一直覬覦其位子的人包括陳菊、許添財等，將不得不考慮她的這一重大利基。而由於在民進黨勝選的四個縣市中，屏東縣的曹啟鴻和宜蘭縣的林聰賢都是屬於「新潮流係」，這不啻是為曾被打成「十一寇」的「新潮流」間接「平反」，再加上操盤選戰的民進黨秘書長吳乃仁是「新潮流戰略之神」之一，因而「新潮流」再次全面掌握民進黨選戰主導權的機會大增。在此情況下，一直與「新潮流」保持盟友關係的蘇貞昌、蔡英文，獲民進黨提名為二零一二「總統」選舉候選人的機會甚高。而蘇貞昌的行政執行力和政治魄力顯然遠優勝於馬英九，蔡英文也同樣具有馬英九的「清流」特質，而且其本人並未曾捲入過任何官非－－盡管馬英九的「特別費案」最後被判無罪定讞，但畢竟是曾經遭司法機關控告、審判－－因而二零一二年民進黨倘是推出「蘇蔡配」，馬英九的「衛冕戰」就將戰得很辛苦。如果萬一選戰策略失誤，隨時都會敗選。

實際上，馬英九的光環已經黯淡。四年前的縣市長選舉，國民黨的總得票率為歷史上最高的百分之四十九點八，比民進黨的百分之三十八點一九高出十一點六個百分點；但今次國民黨只有百分之四十七點八八的總得票率，盡管與自己相比，只是下跌二個百分點左右，但民進黨的總得票率卻猛增至百分之四十五點三二個，與國民黨只相差兩個百分點！這證明民進黨已從谷底反彈。更嚴峻的是，一九九七年的那場民進黨大勝，奪得十二個席次，國民黨只有七個席次的縣市長選舉，國民黨的總得票率為百分之四十二點六二，民進黨則為百分之四十一點二二，兩者只相差一點三九個百分點。也就是說，國民黨今次的總得票率如果再下滑一個百分點，隨時會發生一九九七年之憾！另外，今次選戰的一個最大特點，是再次上演「團結的民進黨小勝分裂的國民黨」。在二零零五年縣市長選舉之前歷次選舉，幾乎都是「團結的民進黨戰勝分裂的國民黨」；但自「扁案」爆發後，就扭轉了過來，變成了「團結的國民黨戰勝分裂的民進黨」。如今，隨著陳水扁一審被判有罪，而蔡英文也已與陳水扁進行柔性切割，「扁案」的紅利已經消費殆盡，因而民進黨有機會再次團結，戰勝因驕傲而重演分裂的國民黨。

這次選戰的其中一個最大的後遺症，就是極有可能會影響馬政府的大陸政策。實際上，馬英九早在選前就表示，將視乎選民的投票意向來決定是否調整大陸政策。而這次選戰國民黨的總得票率如此之低，這就要看馬英九如何解讀。如果是解讀成「選民不滿意政府兩岸政策」的話，馬英九為了避免得失選民，便將會收緊兩岸開放的腳步，兩岸「ECFA」協商就將會是拖得就拖，一直拖到二零一二勝選， 無連任壓力之後，才有可能恢復正常進度，甚至是加快速度，將「損失了的時間搶回來」。至於兩岸政治對話，就更將是在他任內也不會進行。

這次選戰的第二個後遺症，是有可能使民進黨掌握「修憲」及「罷免總統」的提案權。實際上，如果說馬英九本人在「三合一」選舉中所受到的影響，還是屬於「務虛」的話，那麼，緊接著要進行的「立委」補選，對國民黨所造成的影響就將是「實務性」的了。因為一旦民進黨再拿多兩個議席，就將突破「立委」總數的四分之一，取得「修憲」及「罷免總統」的提案權。盡管還須經過三分之二或四分之三的「表決關」，並還須進行「公投」，要成功並不容易，但只要民進黨一旦提案，就將對馬英九造成很大的衝繫。

這次選戰的第三個後遺症，是將影響明年底的直轄市長選舉。目前，除合併升格了的台中市如是由胡志強出選仍將是國民黨的禁臠，大高雄市和大台南市仍是民進黨的天下之外，如民進黨推出蔡英文出戰台北市長，蘇貞昌出戰新北市長，估計不但是新北市將會失守，政績甚佳的「老縣長」蘇貞昌將戰勝政績平平的周錫瑋，而且與老市長馬英九特質相似的蔡英文，將嚴重威脅現任台北市長郝龍斌。盡管以台北市藍大於綠的基本盤，郝龍斌或許還可「低票當選」，但仍須提防藍營心冷不出來投票。實際上，今次縣市長選舉就是如此，作為藍營大本營的桃園縣，竟流失了近三十萬票。

這次選戰的第三個後遺症，是將會影響兩年之後的「總統」選舉。現在最關鍵的，是最有勝選機會的蘇貞昌、蔡英文，是否會被民進黨內也有意出選「二零一二」的謝長廷等人運用權謀，將其分別鎖死在台北市和新北市長選舉上。如果兩人輸選，不符民進黨人的提名慣例；如果是選贏了，就不可能剛上任就要為參加「總統」選舉而宣佈辭職，因需要補選而勞民傷財，將直接影響選民的觀感。

除了蘇貞昌、蔡英文之外，馬英九即使光環消退，民進黨內其他人都不會是馬英九的對手。但他將肯定不會拿到二零零八年百分之五十八點四五的高得票率，而有可能是低票當選。這對曾經要做「全民總統」，因而事事處處遷就泛綠選民的馬英九來說，將應是一個絕大的諷刺。