馬英九成功爭取連任後，因受「總統」選舉及其他因素影響而停頓了的海峽兩會協商，又擺在海峽兩會的桌面上。目前，海峽兩岸相關主管部門都正在加緊企劃及洽商中，按海峽兩會逢雙數的會談在台灣舉行的慣例，第八次商談將在台灣舉行，已確定的協商議題是兩岸投資保護協議和海關合作。至於具體地點，則有兩個說法，其一是已經落成濱海並將在四月九日正式喬遷使用的大直海基會新大廈，因為在圖則設計時就已安排了可作兩會談判使用的多功能大廳，而海基會喬遷後的首次兩會協商就在此進行，可算是一份金錢難買的「大賀禮」。其二是花蓮縣，由於花蓮縣長有許多對外相對封閉的度假村，有利於維安，而花蓮縣長傅崑萁也希望能籍此提高當地觀光業的知名度。其實，在一定意義上，也可說是海峽兩岸對傅縣長的一個小小獎勵，因為他在「總統」選舉後期，為催發「棄宋保馬」效應發揮了關鍵作用，是馬英九能夠順利連任的許多因素中的一個不可或缺的重要因素。如果馬英九未能連任，海峽兩會的協商是否能繼續舉行下去，也就大有疑問。
正在以全國政協委員身份出席第十一屆全國政協第五次會議的海協會長陳雲林，前日在接受兩岸記者訪問時，就談到了此問題。據台灣記者報導，雖然他說台北海基會新大樓和花蓮都不排斥，不過，言談之中還是流露出比較「呷意」花蓮的想法。但更重要的是，陳雲林透露了海協會已經開始研究與台灣海基會互設綜合性辦事機構的議題，並希望能排入兩會協商日程。他認為，這是兩岸良性互動的重要標誌，將提升兩岸關係發展水平，為兩岸民眾解決更多實際問題，推動兩岸關係和平發展。至於兩會互設的綜合性辦事機構是否可核發入境證件及簽注，陳雲林指出，互設辦事處有利於台灣民眾，只要方便台灣民眾到大陸經營合作、探親及各方面，大陸都願意做，但這方面「雙方看法不是很一樣」。陳雲林還強調，兩會互設綜合性辦事機構不存在任何敏感問題，希望外界不要解讀成政治問題。至於成立後的功能設計，他說，「內容怎麼辦，賦予什麼功能，這雙方都需要各自批准。」
陳雲林的這番話，可說是向海峽兩會協商議題提出了一個難度較高的項目，
因為台灣方面認為兩岸兩會互設辦事處的談判，雖然沒有政治談判之名，但卻有政治談判之實，按台灣方面現在對進行兩岸政治協商的態度，是必須謹慎因應的。為此，有官員指稱，兩岸主管機關對於互設辦事處的積極程度「比較不一樣」，存在落差。台方認為，兩岸對兩會的職掌和定位期待不同，儘管兩會都是被授權的民間機構，但台方仍傾向維持「政府白手套」功能，對將來的辦事處能否核發簽證，還有所保留。尤其是核發簽證屬於政府權利，一般是具有正式政治地位的大使館或領事館才能擁有的權限。而大陸政府體系與台灣不同，對兩會的定位也有分歧；面對陸方願意由兩會處理簽證問題，台方認為此一權限已等同官方機構，有違最初設置兩會的功能和職掌，因此還有待兩岸關係的進展與朝野共識，才可能往前突破。
但正因為如此，在海基會初創時期，受李登輝「兩岸對等政治實體論」的影響，倒是海基會希望能在大陸地區設立辦事處，以凸顯「對等」關係。另外，當時李登輝大搞「務實外交」，將台灣駐在沒有「邦交」國家的機構「正名」為「代表處」和「辦事處」，因而反而是大陸方面對此議存有疑慮。由此看來，現在是輪到大陸方面想通了，因而能夠靈活看待「辦事處」的問題。實際上，北京就同意至少是沒有公開反對「陸委會」設置在香港、澳門的機構「正名」為「辦事處」。而台灣方面卻是扭扭擰擰了。或許，台灣方面的如意算盤是，倘若要在海峽兩岸互設辦事機構，就應像「陸委會」派駐香港、澳門的辦事處那樣，是由「陸委會」派出機構專駐大陸地區，以凸顯「兩岸對等政治實體」。作為「對等」條件，大陸國台辦也可在台灣設置代表機構。但這顯然是並不現實的，倘若真的是提出這個訴求，只能是增添困擾。只有在簽署「兩岸和平協議」之後，或許可以採用某些適當的方式，實現此一設想。
其實，由海峽兩會來在兩岸互設辦事處，好處很多。誠然，關於互相簽發旅行證件的問題，的確是兩岸政治體制不同，在大陸地區是由公安部出入境管理局委託香港、澳門的中旅社受理台灣居民的申領「臺胞證」的手續（港澳居民的「回鄉證」也是如此），但台灣方面卻未委託台灣地區的旅行社辦理「入台證」，而是直接由移民署處理，但授權「陸委會」派駐香港、澳門的辦事處收受申請書件。其實，即使中旅社也不具有直接簽發旅行證件的權力，而是代為收件而已，簽發證件的權力還是由公安機關的出入境管理部門來行使。按此，海基會倘在大陸地區設置辦事處，就可作為收件單位，如同「陸委會」派駐香港、澳門的辦事處機構一樣，送件返台後，由移民署簽發。
海峽兩會互設辦事處，又何止是方便辦證那簡單。目前，在大陸地區經商、工作、學習、居留的台灣居民已有約一百萬人之譜，而每日在大陸地區旅遊、公幹、探親的台灣居民也起碼有上萬人次，他們如在大陸地區遇到意外、患病、丟失證件，以至是因為涉嫌犯案而被拘捕，都在在需要海基會出面。而目前的做法，只能是海基會致電致函大陸海協會，要求給予關注及協助；在遇到重大事件時，則由海基會派員前往大陸地區處理。但終究是不方便，而且由於兩岸交流工作日趨頻繁，確實是不如直接向大陸派駐辦事處更為方便。
而與此同時，目前大陸居民每日在台灣旅遊、參訪、考察起碼超過一千人，隨著政策的開放，也將有大陸學生在台灣公私大學就讀，大陸商人也可到台灣投資，他們的權益也需要維護保障。雖然在大陸遊客遇到意外時，海協會委託海旅會駐台灣辦事處出面處理，但仍屬間接進行，而且也不碰觸大陸居民因涉嫌觸犯台灣法律而遭拘捕等的問題。
台灣方面又推搪說，台灣內部還有修法的問題，必須經過「立法院」修訂《兩岸人民關係條例》賦予法源之後，海基會才能就此議題和海協會展開協商，也才能化解綠營的阻力。但其實並不是這麼一回事。《兩岸關係條例》授權海基會處理兩岸人民交往有關事務的條文在第四條至第八條，其中第六條就規定「為處理台灣地區與大陸地區人民往來有關之事務，行政院得依對等原則，許可大陸地區之法人、團體或其他機構在台灣地區設立分支機構。」這個條文雖然在字面上是規範大陸地區的法人、團體或其他機構在台灣設立分支機構，但既然有「依對等原則」之說，顯然也包含了台灣的「團體、法人或其他機構」，包括海基會在大陸地區設立分支機構。
實際上，《財團法人海峽交流基金會捐助暨組織章程》第四條亦規定，「本會之主事務所設於臺北市，並得視業務需要，在海外及大陸地區設置分事務所。」這也是法源依據。當然，「依對等原則」，大陸海協會當然也可在台灣地區設置辦事處。