中國國民黨榮譽主席吳伯雄在會晤中共總書記胡錦濤時提出的「一國兩制」論，連日來在台灣地區引發激烈爭論。擔心將被進一步擠壓對「國家定位」及大陸政策論述權的民進黨，雖然也明知「一國兩區」論符合《中華民國憲法》，陳水扁執政八年也未能在實質上跳脫這個框框，但卻硬是要將之與「一國兩制」等同起來，予以猛烈批判，斥責馬英九自我矮化為「馬區長」，甚至揚言要在「五二零」馬英九宣誓就職之日上街遊行；而屬於泛藍陣營的學者、政客則一致叫好，聲稱這是為兩岸進行政治談判尋求突破口。不過，也有不少人擔心，由於台灣方面將「一國」定位為「中華民國」，恐怕將會得不到北京方面的認同。就連馬英九的大陸政策重要智囊、曾任「陸委會」副主委的趙建民也指出，台灣內部的問題，在於好不容易對「九二共識、一中各表」有了共識，這是雙重模糊，可是「一國兩區」如何與「九二共識、一中各表」銜接？「政府」必需做好；而且大陸堅持「各表一中」即「同屬一中」的概念，因此「一國兩區」如何與「同屬一中」有所區隔，這是一個關鍵。
這就是「一國兩區」論的吊詭之處。而且，連這個「一國兩區」概念究竟是否出自馬英九的授意？現在也是撲朔迷離。吳伯雄在「胡吳會」後的記者會上，直說他只「受人之托，忠人之事」完成任務，「他（馬英九）不會講他不同意、不授權，或他沒講過的話」。以吳伯雄作為台灣地區執政黨的榮譽主席這麼崇高的地位，授權讓他向對岸最高領袖傳話的，肯定是比他地位要高的人。再從事後「總統府」發表的聲明，更是進一步補強吳伯雄在記者會上的講話內容看，也確是如此。但是，馬英九卻一直沒有正式承認。這就只能是以「馬英九意圖透過吳伯雄放出試探氣球」來解釋。如果獲得大陸方面的認可，及台灣社會主流的共識，就作為台灣方面下一階段的兩岸政策定位；如果遭到強烈反對，就返回原點。
那麼，馬英九為何要放出這個試探氣球？看來，主要是他受到幾方面的壓力。其一、是在島內，他的大陸政策論述權受到了民進黨的威脅，因而必須搶佔制高點。實際上，馬英九之所以在選情欠佳之下仍能贏得此次「總統」選戰，連他自己也說是「九二共識」的勝利。然而，民進黨在敗選之後，終於也正視了「中國大陸因素」，蔡英文、陳菊都先後鼓勵其基層黨員應當到大陸走走看看，民進黨「三隻小豬」更是應邀出席了主題為「鞏固深化、開創新局」，而三個議題也分別是「二零零八至二零一二年兩岸關係歷程的啟示」、「鞏固深化兩岸關係和平發展的思路與途徑」及「對二零一二至二零一六年兩岸關係發展前景的展望」的第十屆兩岸關係研討會。既然是「開創新局」，當然就是要在突破兩岸關係當前只是停留在經貿關係合作的滯局，進入進行兩岸政治對話甚至是政治談判的新階段的同時，也要做好民進黨的工作，促使支持那百分之四十五的民進黨支持者的轉化。
如果連民進黨人及其支持者都轉而認同「九二共識」，國民黨的「兩岸政策專利權」就將被削弱甚至是被奪走，今後就再難以獨享大陸政策的「紅利」。因而，必須拉高兩岸政策論述的層級，使得民進黨無能力進行仰攻，以便繼續將大陸政策「專利權」牢牢掌握在自己的手中。而「一國兩區」論就是比「九二共識」的位階有所提高，因為「九二共識」是將「一中」的內容模糊化或是擱置，而「兩區」則是打破了這個模糊化，並將之明顯化，尤其是強調了「中華民國」。
這一招，看來是湊效了，「一國兩區」論遭到了民進黨的激烈反對，就證明瞭這一點。但民進黨這樣做，與蔡英文從當初不承認「九二共識」，到後來卻不得不默認一樣，都是極為愚蠢的。因為民進黨的《台灣前途決議文》，就已接受了「中華民國」的「既成事實」，只是不承認其「主權」及於大陸地區而已，陳水扁掌權時也是這樣做的，這連民進黨內一些較為理智的資深黨員，也是看到了，並也已有「一中憲法」不能忽略大陸的思想準備。因此，說不好民進黨人對「一國兩區」論的態度，又將重走回對「九二共識」的「否定之否定」的老路。
其二，是在兩岸關係上，馬英九同樣也遇到了極大的壓力，那就是在他的第二個任期內，他雖然已經沒有連任壓力，但仍有歷史評價壓力，而未來台灣地區沒有選舉活動，馬英九估計北京將會向他施加進行政治對話的壓力。在雲南騰沖舉行的兩岸關係研討會的主題及三個議題，就是一個清晰的訊號。這一點，馬英九應是也已感到避無可避的了。因此，他提出的「一國兩區」論，可能就是為了應對這個壓力的抗壓牆。大陸方面倘若能從「互不承認對方主權，互不否認對方治權」的層次，提升到承認台灣「中華民國」的定位，台灣方面當然是樂於進行政治對話。然而，這是大陸方面面堅決不能接受的，因為北京對「一國」的定位，是中華人民共和國，如果承認了就等於是否定了以至是「消滅」了中華人民共和國，就是接受「三民主義統一中國」。這絕對不可能。而馬英九也正是看到了這一點，因而「一國兩區」就正是抗拒進行政治對話的「有力武器」。台灣泛藍陣營某些學者認為「一國兩區」可為兩岸進行政治對話打開突破口，這只不過是站在「中華民國」的角度上，而忽略了北京的「一個中國」原則不容更改的政治立場。說不好，這也是馬英九授權吳敦義在博鰲論壇上，與李克強會晤時提出的新主調。
其三，就是台灣方面在「參加國際空間活動」的議題上，有可能是要爭取以「中華民國」的身份來實現。世界上，吳伯雄在於胡錦濤的會晤過程中，既提出了「一國兩區」論，又尋求「外交空間」。這與「一國兩區」，只能是得到的，只能是參加一些可以不同國家意義的組織。而他在會晤後的記者會上，則將「一國」詮釋為「中華民國」。那就等於是要求北京同意台灣以「中華民國」的名義參加國際活動了。
當然，「一國兩區」論在反「台獨」方面，由於堅持「兩岸同屬一中」，堅持「憲法一中」，是有其可取之處的，這也正是泛藍陣營不少學者雀躍鼓舞的主要原因之一；但倘是使用在兩岸關係方面，卻是無益的甚至是有害的。因此，對「一國兩區」論必須「一分為二」地分析，辯證地看待，既不能全盤否定，也不能完全贊同。要肯定的，是其在堅持「一個中國」方面；要否定的，是其對「一中」的定位是「中華民國」，不但不符中華人民共和國擁有全國絕大部份土地及絕大多數人民的事實，及聯合國第二七五八號決議對中國席位擁有者的認定，以及世界上大多數國家承認中華人民共和國政府是代表中國的唯一合法政府的大趨勢。
很明顯，「一國兩區」論的定義及內涵，連吳伯雄也深感無法在胡錦濤面前開口，因而沒有將馬英九授權授權內容展開論述，只是提出這個概念，等到在會晤後的記者會上，才全盤托出。從這可看出，厚道的吳伯雄是有點心虛，未能百分之百地完成馬英九之托。且看牙尖嘴利的吳敦義在博鰲論壇上，是否敢向李克強無忌直說。