魯迅先生在《沉渣的泛起》一文中，深刻地揭露了在日寇入侵的國難聲中，猶如攪動了停滯的池塘，各色沉渣——包括一批反動政客在內的各色人物，都跳出來顯示自己的存在。他們把什麼表演滑稽的舊影片、警犬、中藥益金草之類的東西都捧出來，說是「愛國」、「救國」行動。魯迅先生一針見血地指出，這種種表演並非為了解救國難，而是為了「將更多的利益榨取到自己的手裏」。
目前台灣地區對「一國兩區」論的反應，就頗有「沉渣泛起」的態勢。實際上，中國國民黨榮譽主席吳伯雄在與中共總書記胡錦濤會晤時提出的「一國兩區」論，引起的各種反應，無論是馬政府及泛藍陣營中的政治人物或學者予以大力支持，認為它堅持了「中華民國」主體，承認兩岸同屬「一中」，連一直批評馬英九的統派也認為「一國兩區論」定位有助於兩岸和平發展，還是在民進黨內，既有人認為它符合《中華民國憲法》的定位，也有人批評它「矮化台灣」，這都是正常的反應，而從目前來看，是正面反應大於負面反應。但是，在大浪淘沙之下，卻也有「沉渣」泛起，由於「一國兩區」論堅持「兩岸同屬一中」，這使得頑固堅持「台灣獨立建國」立場的「獨派」社團終於忍耐不住了。曾經於二零零四年在李登輝的支持下，具體操辦「二二八百萬人牽手護台灣」活動的民進黨籍「立委」李應元，昨日就聯袂「獨派」社團「台灣社」的社長吳樹民、台聯黨籍「立委」林世嘉舉行記者會，聲稱「一國兩區」論凸顯了《中華民國憲法增修條文》「預設了與中國統一的文字，違反多數人民意志」，因此他將提案修改「憲法增修條文」，刪除其中「為因應國家統一之需要」的文字，並明確規範兩岸現狀的變動，須經「公投」決定。
這是一個危險的訊號！因為李應元要推動「修憲」的標的，是要在台灣地區進行一次「統獨公投」。實際上，根據二零零五年六月第七次「修憲」之後的《中華民國憲法增修條文》第十二條的規定，「憲法之修改，須經立法院立法委員四分之一之提議，四分之三之出席，及出席委員四分之三之決議，提出憲法修正案，並於公告半年後，經中華民國自由地區選舉人投票複決，有效同意票過選舉人總額之半數，即通過之，不適用憲法第一百七十四條之規定。」這就顯示，倘若民進黨黨團在「立法院」提出主旨為刪除「憲法增修條文」中「因應國家統一之需要」文字的「修憲案」，一旦獲得「立法院」通過，就必須交付全民公投複決，而且其主文有可能是「你是否同意刪除《中華民國憲法增修條文》第十二條『為因應國家統一前之需要』詞句」，這就是「統獨公投」了。
倘真的這樣做，就將是抵觸《反分裂國家法》第二條「世界上只有一個中國，大陸和臺灣同屬一個中國，中國的主權和領土完整不容分割。維護國家主權和領土完整是包括臺灣同胞在內的全中國人民的共同義務。」「臺灣是中國的一部分。國家絕不允許『臺獨』分裂勢力以任何名義、任何方式把臺灣從中國分裂出去。」的規定，北京也就被迫要執行《反分裂國家法》第八條關於「『台獨』分裂勢力以任何名義、任何方式造成臺灣從中國分裂出去的事實，或者發生將會導致臺灣從中國分裂出去的重大事變，或者和平統一的可能性完全喪失，國家得採取非和平方式及其他必要措施，捍衛國家主權和領土完整。」所賦予的責任，採取「非和平方式及其他必要措施」，來國家主權和領土的完整。 目前經過海峽兩岸人民的努力，好不容易才形成的兩岸關係和平發展的良好形勢，就因「獨派」社團的輕舉妄動而受到損害，台灣社會化民眾就將陷入動盪不安的困境。因此，凡是一切渴望和平穩定、繁榮富足的台灣居民，都必須設法遏止「獨派」的這一圖謀。
在國際社會上，台灣「獨派」社團的這一行為，也將抵觸聯合國第二七五八號決議的精神，及《中美聯合公報》中所揭櫫的「一個中國」政策。而且，也是抵觸陳水扁在美國政府施加壓力之下，於二零零零年五月二十日就職時宣誓的「不會推動改變現狀的統獨公投」的。因而必將遭到包括美國政府在內的國際社會的強烈反對，民進黨更將是永遠失去美國政府僅餘的同情和支持，因而將難以東山復出，捲土重來，再次實現「政黨輪替」，亦即將永遠處於在野地位。
當然，按照「修憲」門檻，「獨派」社團的圖謀將難以得逞。首先，民進黨「立法院」黨團是否願意為其背書？按照「憲法增修條文」規定，「修憲案」必須由四分之一「立委」提議，目前民進黨和台聯黨共擁有四十三名「立委」，約佔「立委」總數的百分之三十八，已經超過四分之一的「提議門檻」。因此，李應元就樂觀聲稱「對於跨過四分之一連署門檻很有信心」。而從目前情況看，雖然三名台聯黨籍「立委」將會完全支持，民進黨籍「立委」中也有支持的，但民進黨黨團卻未必會為此背書，因為黨團必須聽從黨中央指揮，而現在的黨中央掌握在尚算較為理智的中執委和中常委的手中，未必願意冒這麼大的政治風險。何況，即使是在民進黨籍「立委」中，也不泛頭腦較為清醒者，也不願趟此渾水。
退一步來說，即使民進黨中央遭到「獨派」社團的劫持，被迫同意由民進黨黨團提出「修憲」議案，也將無法跨過「立法院」提出「憲法修正案」這一關。因為民進黨黨團的提議必須在有四分之三（即八十五名）「立委」出席，出席「立委」四分之三（即至少六十四名）決議之下才獲通過。而民進黨和台聯黨的「立委」湊足也只是四十三人，即使能拉攏那麼幾名無黨籍和國民黨籍的「立委」「帶槍投靠」，也遠湊不足此數。既然未能成案，就更無法交付全民公投複決了。
因此，「獨派」社團和李應元此舉，是「明知不可為而為之」，只不過是「表態造勢」而已。這也難怪，自蔡英文敗選檢討報告鼓勵民進黨基層黨員到大陸走走看看，接任的代主席陳菊也持同一態度，而民進黨「三隻小豬」也到大陸雲南騰沖出席主題為「鞏固深化、開創新局」的兩岸關係研討會後，綠營的「台獨」神主牌有所鬆動，至少是不再以大陸為敵。再加上民進黨內也有不少人認為「一國兩區」符合《中華民國憲法增修條文》及《兩岸關係條例》的表述，連陳水扁在掌政時也未能突破此架構。這就形成了「一國兩區」直接衝擊「台獨黨綱」和《台灣前途決議文》的「國家定位」，而讓「獨派」極為鬱悶、焦慮。因此，「獨派」也就必須發聲，否則就將不但是「失職」，而且今後再難以立足矣。
也有民進黨籍「立委」雖然不滿「一國兩區」論，但卻懾於《反分裂國家法》的威力，而小心翼翼地避開了「修憲」，改為主張「釋憲」的。實際上，民進黨團就認為「一國兩區」論「違憲」，因而研議聲請「釋憲」。但這也受到曾提出與「一國兩區」論相似的「一個國家兩個城市」論的謝長廷的反對。他指出，這是個政治問題而不是法律問題，「憲法」的政治性相當高，「大法官」又是由馬英九提名的，如何期待「大法官」反對馬英九的政策？
由此，吳伯雄及向其授權的馬英九，在提出「一國兩區」論後，收到了讓「獨派」社團暴露了其色厲內荏真面目的「副產品」成果。這可能是始料未及的。