曾任台灣中央警察大學校長和中國國民黨「國大」黨團書記長，在台灣「修憲」過程中發揮重大作用的「憲法學」權威謝瑞智博士指出，「公民投票」雖然是民意表達的最後決定權，符合民意政治的精神，但大多數人民常依一己的利害而投票，不能平心靜氣顧全大局以判斷法律的價值。實際上人民對政治與法律的知識也不足，缺乏判斷完整法律的能力，而法律的深奧牽涉範圍的複雜，就是一般法律家殫精竭慮，亦難完全瞭解其立法原意，尤其憲法又涉及法律與政治雙重層面，因此極易受到宣導而投票支持，致常有少數統治多數的現象，或因贊否概採多數決方式，故多數壓迫少數的現象亦將無法避免，而且一些政客也可籍公民投票方式將立法與行政責任分由全民負責，以脫卸自己的政治責任。
實際上，「公民投票」容易催生民粹主義，從而滋生諸多負面效應，這連長期以來鼓吹「公投入憲」的親綠學者也不諱言。在由「新世紀文化基金會」於二十世紀最後一年主辦的旨在推動「公投入憲」的《公民投票與台灣前途》研討會上，就有「獨派」學者在鼓吹要通過「本土化」來實現「台獨」的「量變」，進而透過「公民投票」來實現「台獨」的「質變」的同時，亦即要將「公投」作為「台獨」的工具的同時，也不得不指出，「公民投票」具有很多缺陷。其中後來在陳水扁時代曾任過「陸委會」副主委及駐美「副代表」的「中央研究院」歐美所助理研究員黃偉峰博士在其《由國際經驗看公民投票》論文中指出，必須釐清「公民投票」的以下幾個疑慮：一、「公民投票」是否缺乏代議民主的理性審議？二、「公投」是否被用來規避政治責任因而削弱代議機構？三、選民是否無知無能而不適合決定「公投」事務？四、黑金介人「公投」的效力為何？
後來被陳水扁委任為「司法院大法官」的台灣大學法律系教授許宗力博士在其題為《憲法與公民投票－－公投的合憲性分析與公投法的建制》的論文中更是指出，「公民投票」存在著以下幾對矛盾：
一、導致最大民主正當性VS犧牲少數權利的矛盾。雖然「公民投票」可以獲取更大的民主正當性，使得人民無須透過民意代表就能將其意見表達出來，但「公民投票」也容易為特殊利益團體所操縱，從而可能會對複雜而涉及多方面的議題，以過度簡化的方式做成資訊的傳播，進而影響民意的表達與立法議程。個別投票行為人會根據自己對單一議題的偏好作投票決定，在「多數決原則」加上「票票篤值」對個人偏好強度一視同仁之下，就會出現多數人微弱的贊成無關緊要的利害關係勝過少數人強烈的反對事關重大的權益損害的現象。因此，採用直接民意程序，將會越過代議民主所建立的制衡體系以及立法程序的過濾效果，開啟少數權利被侵害的途徑。
二、提升政治參與民主教育VS過度預期人民決策理性的矛盾。「公民投票」雖然可藉著由下而上形成決策的過程，廣泛的討論與資訊的流通而使人民對該議題有充分的認識，但在實施「公投」的過程中，人民無法有充裕的時間去仔細評估各方案之間的異同優劣。那些僅受過有限教育的人士將難以理解提案的內容，因而難以將其政策立場轉化為選票表達出來。
三、透明而同步於民意的政策VS破壞政策持續性的矛盾。雖然「公民投票」所採行的允許人民在選舉以外的時間介入政治程序，或改變民意代表、政府官員決定的政策，從而迫使代議士不得不致力於真實民意的反應，但與此同時，「公民投票」的存在，尤其是賦予國會少數黨提案權的「公民投票」，將不可避免地使無法在國會貫徹其主張的少數意見動輒就籲請人民反對國會決議。況且民意如流水，倘要求國家政策時時與民意同步的話，難保不會破壞國會多數的政策形成、政策持續能力，以及弱化國會的責任準備。
四、加強立法效能VS立法怠情與程序扭曲的矛盾。雖然「公民投票」的運用可對決策發揮監督的功能，使立法和行政更有效率，但立法者也會利用「公民投票」機制，將那些具高度爭議性的燙手山芋丟還給人民來作決定，以免得罪任何選民。而在國會的議案討論過程中，議案的反對者可能會迫使議案支持者在議案中附加特定內容，企圖讓該案在「公民投票」時更容易被否決；甚至反對者會在正式的協商中「保留實力」，將其重要論點留待「公民投票」此一主戰場提出。這樣一來原本完整的立法程序不免遭致扭曲。
五、補救不彰的政黨功能VS弱化政黨功能的矛盾。雖然「公民投票」有助於對政黨無法吸納的議題表達意見，補救國家和社會、統治者與被統治者之間的意見落差，但「公民投票」的允許某一團體進行跨政黨的聯合行動以參與政策決定程序，容易造成紊亂政黨體系，弱化政黨功能。
六、對抗專家政治VS業餘的侵入的矛盾。雖然「公民投票」容納了較多的聲音與選擇可能，有助於人民對抗政府因持續擴張而出現的專家依賴傾向，但正因為現代社會的政策議題複雜而充滿技術性，只有全職的民意代表和專業的政府官員才是對所可能採取的行動及行動結果的最適評估者。政策或規範的達致應該透過專家的研究和國會中的協商，而不應由人民的「是」或「否」票決作決定。尤其是在人民欲行使創制權而必須提出一個完整的法律案時，最容易形成所謂「業餘的侵入」問題而幹擾國家整體決策體系的合理性和一致性。
七、穩定代議民主制度VS破壞代議決策機制的矛盾。雖然「公民投票」可以使令到人民不滿意的國會及政黨的表現得到修正，而不必背棄他原先支持的政黨，但直接民主使人民擁有太大的權力而破壞了代議決策機制中人事權、政策權區分的制衡政策。國家的行政與立法機關功能都會因「公民投票」的使用而弱化，因為無論對議案做再詳盡的分析，再謹慎的判斷，「公民投票」的存在就代表著決策高度不確定性。而且，今日的人民並不具備直接民主源起時的同質性，要代表各不同利益立場的眾人共同參與政治議題的討論，必然會造成社會資源的過度動員。所以「公民投票」不適於作為重要政治議題達成妥協或決策的方式。唯有代議的立法機關才能提供一個協商共識、緩和衝突的理想場所。
也有論者指出：如果「公民投票」運用不當，將會衍生許多問題，包括：一、「公民投票」無法提供辯論的空間，決策品質將受影響；二、一般人民對複雜的公共政策問題，較無興趣且認知不足，強迫其做決定，容易導致錯誤決策；三、政府的決策過於依賴「公民投票」，易造成政府與民意代表推卸責任及怠慢；四、「公投」涉及的議題，一般民眾缺少共識，又具高度情緒性，「公投」不但不能解決問題，往往還會給社會製造問題，形成對立、不安；五、就技術層面而言，「公投」僅針對正反意見，二選一的選擇太過簡化，複雜的公共議題可供選擇方案往往遠多於兩個。因此，「公投」不是很適宜的決策或立法工具；六、就各國經驗來看，「公投」常淪為少數財務狀況良好，有動員能力利益團體的工具，對民主政治的運作，有不良影響。因此，「公投」運用不當，很可能會傷害代議民主制度，擾亂原本安定的政治運作過程，呈現庸俗化的決策行為，萎縮民主政治成長的空間。一旦被濫用，或被當作一種以少數人利益對抗多數人權益的工具，則「公投」不但不能保障人權，反而可能成為傷害多數人權益的罪魁禍首。
實際上，「新澳門學社」所鼓吹的「熊貓命名式公投」，就是不嚴謹、隨意性及可能會發生重複投票「灌水」等現象，玷污政制發展的嚴肅性。
（發自貴陽）