自雖然受到蔡英文敬重和信任，但因是「老藍男」而無法適應民進黨政治生態的林碧炤辭去「總統府」秘書長後，此職位一直懸空了兩個半月，仍未有填補。顯見，蔡英文是要將此職位，發揮更大的作用，除了是必須履行其本身的職責之外，還需發揮著並非是其法定職能的作用。換句話說，就是蔡英文是以自己的某些個人目的，來選擇「總統府」秘書長的繼任人。

按法律規定，「總統府」秘書長承「總統」之命，綜理「總統府」事務，並指揮、監督所屬職員，亦即統領「總統府」內的大小事務。但在實務上，卻並不止於此，而是承擔著更重要的責任，包括與「五院」亦即「行政院」、「立法院」等的聯絡協調，與朝野各政黨的鼎鼐調和，與社會各種政治勢力的縱橫捭闔等。林碧炤曾任「國安會」副秘書長，具有一定的鼎鼐捭闔能力，讓當年奉李登輝之命研擬「特殊兩國論」，從而得到他全力支援協助的蔡英文，留下了深刻的影響。否則，就不會在民進黨內人才濟濟，且眾人對此職位虎視眈眈之下，找了這個「老藍男」出任「總統府」秘書長。如果以單純業務觀點看，蔡英文的眼光還是不錯的。

但台灣地區畢竟是個意識形態作主的泛政治化社會，作為「政治中樞」的幕僚長，不是「只顧埋頭拉車，不顧抬頭看路」這麼簡單。其一，是必須符合民進黨的意識形態；其二、必須配合蔡英文「爭取民進黨長期執政」的政治任務；其三、必須適合民進黨人的行事風格，還有派系林立的政治生態。這三點，曾經長期在國民黨「深宮裡闈」內行走，熏染就泛藍「性格」及「風格」的林碧炤，顯然是不合格，至少是幫不上忙，只能做些行政雜務，端的是「大管家」的角色。因此，連那個應該參與的高層協調決策會議也未有出現。就此而言，蔡英文需要的是一位能幫助她決策的「總統府」秘書長，而不是一位「大管家」。林碧炤顯然是未能承擔得起這個重任。

本來，蔡英文在去年一月勝選後，當初在籌建「總統府」班子時，是有意讓在自己出任民進黨主席時，出任民進黨秘書長和智庫主持人，幹得有色有聲的吳釗燮出任「總統府」秘書長，以繼續弼輔自己，並希望能讓邱義仁重新出山，出任「國安會」秘書長的。邱義仁思維縝密，論述犀利，而且也擅長於選戰操盤尤其是戰略分析，因而是「國安會」秘書長的最佳人選。但邱義仁似乎在二零零八年涉入「巴新案」後，官司纏身，心灰意冷，對再次出任政治公職興趣缺缺。尤其是得知黃志芳將會出任「新南向辦公室」主任，與「國安會」人員同樣在「總統府」上班後，就更不願接任「國安會」秘書長，因為他極為不忿黃志芳在「巴新案」中，對其落井下石的表現，因而與其有「不共戴天之仇」。

由於邱義仁拒接「國安會」秘書長，蔡英文只好讓吳釗燮「頂上」；並找來自己當年在「國安會」工作並為李登輝研擬「特殊兩國論」時，得到其實質幫助的「國安會」副秘書長林碧炤，也不顧得他是「老藍男」，填充原應屬於吳釗燮的「總統府」秘書長職缺；另一方面則滿足邱義仁的意願，讓他出任亞東協會的會長。實際上，他曾在日本留學及講座研究，對日本政情極為熟悉，因而在蔡英文競選「總統」過程中，安排她訪問日本，得以見到安倍晉三的弟弟；而他之所以願意「屈貶」自己出任此職，其實是為了制衡在「前方」的駐日代表謝長廷，繼續「新潮流系」與謝長廷的恩恩怨怨——儘管自己已經不再參與「新潮流系」的活動，但心仍在「新潮流系」，以「永遠的流員」為自況。

然而事實證明，吳釗燮雖然忠心耿耿，但卻缺乏出任「國安會」秘書長所需的戰略思維及政治頭腦，因而在處置「雄三誤射」等危機事件時頗為被動，這也構成了蔡英文的民調陷入「死亡交叉」的重要因素。因而不少人說，倘「國安會」秘書長是邱義仁，就不會至於如此。因此，蔡英文有意重邀邱義仁接任「國安會」秘書長，而吳燮釗則改任「總統府」秘書長或是駐美代表。這樣就是各適其所用對人，而且還可排走「老男藍」林碧炤或高碩泰。

而在後來，林碧炤「未排自走」，由「總統府」副秘書長劉建忻暫時代理，卻是兩個多月未見「真除」。吳釗燮也並未被按照原計劃接任「總統府」秘書長，仍然呆在「國安會」秘書長的位子。可能是後來適逢美國總統大選，特朗普「爆冷」當選後，其對台海政策亂了章法，讓蔡英文又驚又喜但更疑慮，需要「知美派」吳釗燮繼續鎮守「國安會」，以加強對美國政情的蒐集及研究。

那麼，「總統府」秘書長是由何人接繼？較早前的傳說，卻是邱義仁。尤其是在蔡英文於去年最後一日，蔡英文在年終中外記者會上大動肝火，攻擊對岸「正一步步地退回對台灣分化、打壓，甚至威脅、恫嚇的老路」之時，政壇上就悄悄流傳，蔡英文對自己即將執行「英捷專案」出訪，可能會遭遇對岸「突襲」，包括在她抵達尼瓜拉瓜之前，尼國宣布與台灣當局「斷交」，讓蔡英文「落面」及吃「閉門羹」，也包括在她啟程出訪當日，解放軍「遼寧號」航空母艦在南海演訓後，回程時經過台灣海峽；倘此，蔡英文就將會委任邱義仁為「總統府」秘書長，借助他當年在「扁朝」時先後出任「國安會秘書長」和「總統府秘書長」時，那種對外實施「烽火外交」，對內進行「割喉戰」的謀略，向北京「示威」。不過，蔡英文對由邱義仁出任「總統府」秘書長，還是有一定顧慮的，就是擔心會被其「綁架」，架空自己，而為所欲為。

而在昨日，也是民進黨「新潮流系」資深「流員」的前「立委」林濁水，卻在《美麗島電子報》發文指出，據來自「總統府」方面的消息稱，蔡英文已經積極安排台南市長賴清德接任「總統府」秘書長。如果賴清德沒有意願，考慮的是「行政院」副院長林錫耀或是「國安會」秘書長吳釗燮。也就是說，邱義仁已經「被除名」。

倘此則消息屬實，這個事態就顯示，當初蔡英文的「對岸突襲」之憂，是杞人憂天，因而無需起用邱義仁，以免自己被綁在邱義仁的「戰車」上，徒遭對岸批評「破壞現狀」。而蔡英文要將賴清德出任「總統府」秘書長，就反而是要將賴清德「鎖」在自己的身邊，予以看管盯緊，防止他在外面的「廣闊土地」裡馳騁縱橫，深耕廣種，積累參與二零二零年「總統」大選黨內初選時的政治資本，向她施以「突襲」，奪走自己的「總統」大選代表權。