粵港澳大灣區包含「兩個制度，三個關稅區」，不僅在行政制度方面存衝突的地方，而且在經濟制度方而也標準不一。粵港澳三地的協同發展要求各種要素能自由流動，但是，內地出於安全問題的考慮，對港澳開放有限，阻礙了粵港澳三地的融合發展。由於缺少統一規劃，粵港澳三地的產業存在競爭過於激烈的情況，造成了一定程度的內耗。

（一）「一國兩制」的包容性問題

「一國兩制」是粵港澳大灣區的獨特優勢，也是粵港澳大灣區協同發展的制度障礙。資本主義制度與社會主義制度的差異，不僅造成了行政制度上的障礙，還產生了不同的市場經濟制度和法律體系。

1.行政制度

「一國兩制」下的粵港澳三地合作面臨著不可逾越的行政制度壁壘，特別是香港內部而臨界「泛政治化」和「立法亂象」等問題，導致很多旨在先行先試、推動制度創新的合作領域被阻撓甚至擱賢。如廣深港高鐵的「一地兩檢」制度歷時7年才剛破冰，原因就在於香港立法會的拖畓和紛爭。

港英時期，香港政治制度屬於權威獨裁制，不存在立法會或者特首選舉，香港政府的最高總督由英國政府直接任命，管理制度和法律體系也照搬英國。隨著香港回歸前「選舉制度」的引進，不同利益團體為選票明爭暗鬥、相互掣肘，嚴重影響了粵港澳三地的合作推進。依舊以廣深港高鐵為例，原定香港段於2015年竣工及通車，但因為各種利益團體參與其中，2015年11月底被迫將目標完工期修訂為2018年第三季度，並且預算還追加了196億港元，而一河之隔的深圳段早已完工，等候通車多時。廣深港高鐵香港段的困境只造幾年來粵港澳合作工程頻頻遇阻的冰山一角，近年來、香港在多項粵港澳合作基建工程方面出現嚴重超支或者延誤的情況，比如港珠澳大橋香港段工程由原定的2016年底完工延誤至2018年，大橋的香港口岸造價也由原定的304億港幣增至358.9億港幣。

粵港澳大灣區上升為國家戰略，要求粵港澳三地在制度上嘗試突破創新，但是，涉及不熟悉領域的制度創新，對傳統政府部門和公務員提出了難題。目前，粵港澳大灣區的制度創新主要集中在中國（廣東）自由貿易試驗區。中國（廣東）自由貿易試驗區的制度創新很多為新領域、新議題、新突破，這就對傳統政府部門架構和職能，也對公務員的綜合素質和能力提出了更大的挑戰。基於改革的風險性以及政府免責機制的不完善，很多領域的制度改革不了了之。同時，香港公務員體系沿用港英時期的架構和管理模式，擅長執行，不擅長設計，而且香港政府一直奉行「小政府、大市場」的不干預理念，對制度和政策設計的重要性認識不足，嚴重妨礙了粵港澳三地合作制度的創新。

中國（廣東）自由貿易試驗區一直往推動粵港澳大灣區發展，率先探索粵港澳深度合作新制度、新模式，但是，即使是粵港澳大灣區中制度創新最積極的中國（廣東）自由貿易試驗區，也不具備全面推進粵港澳合作制度創新的實力。深圳前海蛇口自貿片區管委會引進了一批專業人員從事制度創新研究，亦設置對港合作事務處，但仍處於發展的初級階段。廣州南沙自貿片區沿用之前的區一級政府管理架構，公務員隊伍的考核和知識儲備與粵港澳大灣區制度創新需求不匹配。

總體上，國際金融領域、新興業態領域等湧現的新問題，不是粵港澳三地一般職能部門和工作人員可以簡單解決的。想要進一步促進粵港澳深度合作，需要在粵港澳三地行政體制方面做出突破。

2.法律制度

由於粵港澳「一國兩制三法域三法系」的現狀和政治制度、經濟條件、社會環境的迥異，使得三地在法律理念、法律體系、法律解釋、法律淵源以及立法和司法等方面存在著較大差異。

在法律體系方面，目前粵港澳大灣區並存指內地以憲法為主的社會主義法系，以普通法系為基礎、依據英國的海外屈地法律制度的模式違構起來的香港特別行政區法律體系，以及以內地法系為基礎、依據葡萄牙的海外屬地法律制度的模式建構起來的澳門特別行政區法律體系三種法律體系。

作具體法律內容方面，既有規制側重點的不同，又有一般法作適用上的不同，還有國際條約適用上的差異。如香港一直十分強調通過經濟立法來規範市場經濟，僅經濟類法規就達兩百多項，幾乎占現行五百多項成文法例的一半。

粵港澳三地法律對許可權規定的差異較大。在行政管理許可權方面，港澳特別行政區政府依據基本法的規定，享有自行處理行政事務的權力，而廣東不爯儕這方面的權力。在立法權限方面，港澳特別行政區均享有高度立法權，令國性法律基本都不在特別行政區實行，而廣東無權進行創制性立法。在司法權限方面，港澳享有獨立司法權和終審權，除對國防外交等國家行為無管轄權外，對特別行政區所有案件均有審判權，而在廣東則情況不同。

粵港澳之間法律差異的實質是不同立法權來源導致的差異，是單一制的主權國家內部的區域法律差異，是特定時期內中央法律與享有高度自治權的特別行政區內地方法律之間的差異，是能夠在差異中尋求合作，通過協調解決的。可以按照既維護國家主權尊嚴，又維持港澳「一國兩制」下法律獨立性的原則，通過平等協商簽訂區域法律協定等方式來加以解決。

3.經濟制度

粵港澳三地由於利益博弈，在經濟制度方而設咒了制度壁壘，導致粵港澳大灣區內部要素不能自由流動。金融開放方面，一些蕋於宏觀審憤的金融領域無人敢於先行先試，改革思想稍顯保守。人才流動方面，香港對內地高端人才的引進力度甚小，儘管出於保護本地人才不受外來優秀人才衝擊的考慮，但長遠來說對香港有百害無一利。合作園區建設方面，港澳地區的出發點在於對土地的開發權和使用權，而內地的出發點在於發展經濟。粵港澳三地利益訴求的差異，使得制度設置更為固化，合作推進速度較慢。

此外，為了保護地方產業，部分香港傳統的優勢服務業為保持其行業權威和經濟地位，長期不對內地開放。如執業醫師和執業律師等專業服務業領域的人才引進力度相對較小，不僅限制了香港本地醫療服務和法律服務的人才供應，還限制了香港專業服務對內地的輸出。

另一方面，雖然廣東9城及中國（廣東）自由貿易試驗區為打破粵港澳三地之間的經濟制度壁壘，規劃出專門的區域對接粵港澳合作，但是如果香港、澳門的產業對廣東9城及中國（廣東）自由貿易試驗區造成較大衝擊，為了保護重點產業的發展，亦會採取限制的政策措施。

4.監管制度

中國（廣東）自由貿易試驗區基於海關和金融兩個領域高風險、難監管的特徵，依據宏觀審憤監管原則，實施「一線放開，二線高效管住」的監管模式，在這兩個領域以「試點」的方式進行壓力測試以積累監管經驗。中國（廣東）自由貿易冗驗區與香港在貨物檢驗檢疫和互認、金融業雙向開放方面，仍有較大的改革空間。相較中國（廣東）自由貿易試驗區對金融和海關監管的不斷開放，香港對金融業和海關的監管卻顯得更嚴格、更保守。

香港很多管制措施沿用港英政府時期頒佈的政策，未能與時俱進，及時修訂。除了不合時宜、阻礙經濟發展外，還間接引致政治和民生問題。如郊野公園和荒地灘塗的開發有利於解決香港土地房屋造成的社會撕裂問題，但是由於香港土地開發一直沿用港英時代頒佈的《法定圖則》，一塊土地從生地到熟地要花費5~11年的時間，嚴重影響著民生工程的進度開發最容易的落馬洲河套地區，由於香港土地和建築開發的僵化規制，從土地平整到落成要經過重論證，耗時7年，這樣的低效率會對粵港澳三地的專案合作與經濟往來造成極大的負而影響。

（二）缺少法定性聯盟機制

雖然符利於促進粵港澳大灣區深度合作的制度安排已經開展多年，如199S年成立的「粵港合作聯席會議」，2004年在廣州簽署的《泛珠三角區域合作框架協定》等。但粵港澳大灣區正式上升為國家戰略之後，粵港澳三地政府在聯盟機制的設立上仍未有重大突破。由於「一國兩制」的原因，粵港澳三地的協調發展受到制度因尜的影響，而且，粵港澳大灣區涉及三個省級行政單位，分不出主次，也就沒能確立領導權。目前，尚未成立能統一調配粵港澳三地資源、協調三地產業發展的法定性聯盟機制，若繼續以粵港澳三地政府談判、協商的形式推進粵港澳三地合作的話，原先的制度障礙將不會削減。

目前，粵港澳三地的合作以自發性的產業和投資貿易合作居多。香港政府方面，與內地合作的議題和「一帶一路」的議題備受關注，但搓香港與中國（廣東）自由貿易試驗區的議題卻關注甚少，重視度不高。澳門政府方面則是側重和珠海的通關和投資合作兩個方面，對整合粵港澳大灣區資源的機制設計探索研究也比較少。

從粵港澳合作的格局來看，深圳與香港開展較為緊密的市場合作，澳門與珠海開展比較緊密的政府主導合作，廣州與香港、澳門的合作則較為鬆散。正是由於粵港澳大灣區缺少法定性的聯盟機制，使得粵港澳三地合作沒有得到整體性和一致性的思考與頂層設計，導致目前粵港澳合作規劃不足，合作相對鬆散。

（三）要素流動受限

由於粵港澳三地監管制度不同、對各產業的政策差異較大等原因，粵港澳大灣區生產要素沒法在三個地區自由流動。一方面是因為各項基礎設施尚未對接，另一方面是因為行業准入門檻不同、檢驗檢疫標準差異、關稅制度不同。

1.基礎設施互聯互通程度低

內地金融市場與香港金融市場是相互隔離的兩個市場，缺少統一的交互平臺。雖然股票市場「深港通」已經落地，港交所前海聯合交易中心也在前海深港現代服務業合作區落戶，但是，粵港澳大灣區的債券市場、黃金市場、銀行間市場等金融市場組成部分尚未實現與香港對應金融市場的對接，缺少統一的交易平臺。

中國內地出於資訊安全的考慮，在電信和互聯網領域對港澳均是有條件開放，不僅港澳地區的居民難以登陸內地的重要網頁獲取準確的資訊，內地居民獲取的港澳資訊也不完善。粵港澳三地之間的資料傳輸體系還不完善，資料傳輸效率較低，電信領域對港澳開放度也有限，與港澳對接的國際通信通道效果有限，不利於粵港澳三地的資訊交流。

粵港澳三地的交通體系還未全面對接，交通基礎設施還需要進一步完善。由於港澳政府的管理制度等問題，多項有利於粵港澳合作的重大工程項目遭到拖延甚至擱置，廣深港高鐵香港段就是鮮明的例子。同時，能夠自由往來粵港澳三地的機動車數量有限，導致地鐵相連的各口岸人員擁擠，過關時間較長，不利於人員在粵港澳三地流動。

2.人員不能自由往來

粵港澳大灣區的居民不能在粵港澳三地自由往來，需要辦理簽證才能往來粵港澳三地，且往來次數有限，廣東9城居民即使辦理了香港、澳門自由行，1周也只能去1次香港，1個月去兩次澳門。

其次，香港、澳門實施人才准入措施，部分專業服務產業不對內地開放，也就不允許持有內地牌照的專業服務者在香港、澳門直接提供專業服務。香港、澳門的產業保護政策，雖然減少了產業遭受內地的衝擊的可能，但是也妨礙了優秀專業人才在香港集聚。

3.貨物通關問題

香港是世界上最自由的港口，開放程度最高，但是事中事後監管也最嚴格，擁有與國際高標淮經貿規則相適應的檢驗檢疫標準和稅收安排3目前，內地許多商品仍達不到香港檢驗檢疫的標準，不利於粵港澳三地的貨物通關。粵港澳大灣區擁有三個完整的關稅區，而且，三地的關稅制度差異較大，導致貨物在粵港澳三地流轉時面臨納稅標準不一的局面。

（四）資金往來受限

雖然香港是中國內地的超級聯繫人，無論是外商投資還是對外投資，主要都是通過香港進行，但是，由於內地外匯管制較為嚴格，人民幣國際化水準較低，限制了粵港澳三地資金的自由往來。

1.外匯管制

與香港、澳門允許本外幣自由流動相比，內地嚴格限制外匯流動，對外匯的監管十分嚴格。其中，在出口外匯管理方面，內地要求企業必須在規定時間內按照官方公佈的結售匯率，將出口貿易賺取的所有外匯結售給指定銀行。在進口外匯管理方面，企業必須征得外匯管理局的批准，方能在外匯管理局指定的銀行兌換規定額度的外匯，用於購買進口商品。在對非貿易外匯收入管制方面，與出口外匯管理的模式大同小異，也是規定企業或者個人須按照外匯管理局的有關規定，按照官方公佈的結售匯率，將所有或者部分外匯結售給指定銀行。同時，禁止個人和企業攜帶、托帶或郵寄黃金、白金或白銀出境。

由於內地要求強制結匯，使得外匯不能在粵港澳地區內自由流動和使用，從資金流動的角度看，內地的外匯管理制度增加了資金流動的流程，只有將外匯換成人民幣才能在粵港澳大灣區中的廣東9城自由流動。

2.香港離岸人民幣中心地位減弱

長久以來，香港是內地最大的人民幣離岸市場，是國際人民幣結算的核心之一，在人民幣的國際化進程中有不可磨滅的功勞。但是，近年來香港作為中國離岸人民幣中心的地位有所下降，對粵港澳大灣區的人民幣跨境流動而言，造成了一定負面影響。

從香港人民幣存款和存款證總量上看，自2014起，香港人民幣存款和存款證總量開始逐步下降，從過1萬億元人民幣減少至近6000億元人民幣。在人民幣匯率前景尚未明朗的情況下，香港人民幣存款和存款證總量於2016年底，比6個月前進一步下跌了21.5%，至6251億元人民幣。其中，人民幣客戶存款下跌23.2%，企業客戶存款的下跌幅度超過個人客戶存款。另一方面，存款證餘額的跌幅由2016年上半年的46.8%收窄至下半年的7.5%。

儘管人民幣流動資金池收縮，銀行的人民幣流動性管理依然健在，資金池的規模足以支援大量人民幣支付及金融交易。人民幣即時支付結算系統的日均成交金額于2016年高企於8636億元人民幣。人民幣貸款餘額在2016年上半年出現調整後，於下半年恢復增長2.6%。另一方面，香港銀行處理的人民幣貿易結算金額於2016年下半年降至21769億元人民幣，較上半年下跌8%。雖然由香港匯出至內地的匯款繼續下跌，但是，包括由內地匯入香港的匯款及離岸市場之間經恢復溫和增長。

預期香港人民幣流動資金池仍會受到人民幣匯率走勢的不確定性影響，對粵港澳大灣區的跨境人民幣使用造成障礙。

（五）產業合作不均衡

粵港澳三地的產業合作正穩步推進，但是，由於缺少頂層設計，粵港澳三地缺少戰略層次的合作，各城市產業合作不協調。

與香港產業合作方面。往經歷兩次金融危機和SARS衝擊後，香港產業分化、固化、單一化和空心化趨勢明顯。一邊是高增值、低就業的金融業、房地產業、專業服務業，另一邊是低增值、高就業的旅遊業、餐飲住宿業、零售業等傳統服務業，具有知識科技含量的智慧製造產業長期缺失。一直以來，香港金融、貿易、會計師、律師及醫療等優勢服務業產生的「虹吸效應」擠佔了科技產業的發展要素，令其起色不大，香港創新科技發展的氛圍一直缺失。

在「小政府、大市場」的不作為、難作為的雙重理念影響下，香港政府的扶持效果甚微，當其他經濟體紛紛發展知識經濟時，香港已錯失向知識經濟轉型的視窗期。目前，粵港澳大灣區中與香港合作最為緊密且效果顯著的是前海深港現代服務業合作區，但合作產業依然絕大部分為金融、貿易和物流業。

與澳門產業合作方面。博彩旅遊業的「一業獨大」依舊是澳門產業結構的硬傷。各界亦對澳門經濟多元化發展長期關注，提出了許多寶貴意見，但微小的經濟體和土地的先天制約令澳門的經濟多元化發展願景淪為「談得多，實現的少」。目前，澳門與珠海的產業合作相對緊密，但也僅限於旅遊業的單向投資，雙方互動投資和多元化投資仍有很大的拓展空間。